На території парку знаходиться 24 озера, які за походженням відносяться до різних генетичних типів. Найбільше озеро Світязь, площа якого становить понад 2,6 тис. га з найбільшою глибиною −58,4 метрів (саме тому його називають «Українським Байкалом»).