З часом стратегічно розташоване на шляху давніх морських шляхів місце зазнало повільного занепаду. У результаті португальської окупації Малакки керівний центр султанату перемістився до району Джохор що між Малаккою та Сінгапуром. З цього часу Сінгапур підпорядковано султанатові Джохору.