Середня температура січня коливається від +2…−2 °C у долинах і передгір'ях південного заходу і півночі республіки до −20 °C і опускається нижче на Памірі. Абсолютний мінімум температури досягає −63 °C на Памірі (Булункуль). Середня температура липня від +30 °C у низинних долинах південного заходу до 0 °C і нижче на Памірі. Абсолютний максимум температури становить +48 °C (Нижній П'яндж).