Виконавча влада здійснюється урядом, що призначається і очолюється президентом. Кожен з островів (відповідно до розділу II Конституції) має велику ступінь автономії в Союзі, в тому числі мають власну конституцію, президента і парламент. Президента союзу почергово обирають різні острови. Теперішній федеральний президент Ахмед Абдалла Мохамед Самбі є представником острова Андиджан.