В 1544 році відновлює лікарську практику в Марселі, а в 1546 році бореться з чумою на південному сході Франції в Екс-ан-Провансі. За самовіддану працю лікаря він був удостоєний парламентом Екс-ан-Провансу довічної пенсії. Існують легенди про чудодійну силу створених ним ліків, проте до наших днів дійшли рецепти, що не виходять за рамки традиційної медицини XVI століття. У 1547 році Нострадамус одружився з Ганною Понсарден, і від цього шлюбу народиться згодом шість дітей, у тому числі Сезар де Нотрдам.