Деякі мусульманські лідери оцінюють мусульманське населенням у понад 32 млн осіб, або понад 80 % загальної чисельності населення, це дуже спірно, оскільки колись, за часів єгипетської колонізації, більшість або майже все населення Судану були християнами. Майже всі мусульмани — суніти, хоча існують значні відмінності між послідовниками різних сунітських гілок віровчення. Дві популярні гілки сунітського напрямку «Ансар» (Ansar) і «Хатміа» (Khatmia), однак у країні почали спостерігатися (хоча в невеликій кількості), громади послідовників шиїтської гілки послідовників пророка Мухаммеда.