У спекотні місяці, особливо в січні, температура зазвичай перевищує +30 °C, а в найхолодніший (липень) може опускатися нижче +20 °C. Найбільше опадів (до 5000 мм) випадає на південному заході Сан-Томе, найменше (до 1000 мм) — у низинах на півночі, це обумовлено тим, що острів знаходиться в зоні південних пасатів, а гори затримують велику частину вологи. На острові Принсіпі більшу частину опадів приносять північні пасати, тому в північній частині острова випадає більше 1800 мм опадів, а в південній — менше 500 мм. Сезон дощів триває із жовтня по травень.