Інквізиція була офіційно заснована на Мальті у 1561 році. У 1565 році Мальта була обложена османами, цей напад отримав назву «Велика Облога Мальти». У 1566 році, після перемоги над османами було закладено місто Валлетта XVIII—ХІХ століття Мальта була захоплена Наполеоном у 1798 році під час його походу до Єгипту, інквізицію було скасовано, влада лицарів закінчилася.