Адміністративним центром островів став Джалуїт, а з 1887 по 1906 року адміністративні функції виконувала «Джалуїтська компанія». Верховні вожді іроїдж залишилися при своїй владі, але знаходилися під контролем колоніальної німецької адміністрації. 1906 року німецький уряд встановив прямий контроль над Маршалловими островами, а адміністративний центр розташувався в місті Рабаул в Німецької Нової Гвінеї.