Під час громадянської війни Олександр Богомолець сам запропонував представникам нової влади комплекс протиепідемічних заходів (Саратову і всій губернії тоді загрожували холера і епідемічний висипний тиф). Був старшим епідеміологом Саратовського губернського відділу охорони здоров'я, членом комісії з боротьби з тифом та консультантом-епідеміологом санітарного відділу Південно-Східного фронту Червоної Армії.