Також Ющенко намагався домовитися з Вселенським патріархом Варфоломієм щодо надання Томосу про автокефалію для Української православної церкви, але тоді цьому завадив патріарх РПЦ Алексій ІІ, який терміново прилетів до Києва, незважаючи на те, що не мав запрошення. Це було у липні 2008 року.