У подружжя народжувалося багато дітей, але вижили тільки троє — старший син Олександр, який став професором фізіології, і дві дочки —Наталія й Ольга. Онук Олександра Герцена Петро Олександрович Герцен був відомим ученим-хірургом, засновником Московської школи онкологів, директором московського Інституту для лікування пухлин, який в наш час названо його іменем (Московський науково-дослідний онкологічний інститут імені П. О. Герцена).