Президентові залишили право вносити на розгляд Верховної Ради України кандидатури Генерального прокурора і Голови Служби Безпеки, проте через конфлікт тодішнього Президента з Прем'єр-міністром, посаду Голови Служби Безпеки України довго займали виконувачі обов'язків, а щодо генерального прокурора точилися «гарячі» дискусії. Хоча в президента було право вето на прийняті Верховною Радою України закони та провладна більшість в кулуарних домовленостях з фракцією комуністів та регіонів в принципових питаннях двома третіми його долала, наприклад, закон «Про кабінет міністрів» від 2007 року, який був прийнятий на виконання змін до конституції та звужував повноваження Президента України.