Академія поділялася на три відділи, кожен з яких мав у своєму складі кафедри, інститути або комісії, які, своєю чергою, об'єднувалися у наукові центри навколо того чи іншого академіка ВУАН і, тим самим, сприяли зосередженню зусиль науковців довкола певного напрямку чи проблеми. Такі центри були автономними та самостійно визначали тематику своїх досліджень. Тобто, академія не мала жорсткої ієрархічної структури.