Батько — киянин Іван Вернадський (1821—1884) — науковець-економіст, противник кріпацтва, прибічник соціалістичних ідей та громадського землеволодіння, прихильник ідей ринкової економіки. Дружина Володимира Івановича теж з давнього українського роду Старицьких. Свої роздуми про долю України науковець виклав у багатьох працях, зокрема, в статті «Українське питання і російська громадськість».