Російська влада була вороже налаштована до вченого, наказ по губернському жандармському управлінні про його ув'язнення був датований ще 30 серпня 1914 року. 28 листопада 1914 року Грушевського заарештували за звинуваченням у австрофільстві, шпигунстві та причетності до створення Легіону Українських січових стрільців. Утримували його у Лук'янівській в'язниці до 18 лютого 1915, за цей час його допитували не менше 16 разів. Слідство вів підполковник Самохвалов.