У січні 1993 року за рекомендацією Вадима Гетьмана і за підтримки тодішнього Голови Верховної Ради Івана Плюща обійняв посаду голови Національного банку України. Перебував на цій посаді до грудня 1999 року — голова правління Національного банку України (у 1997 вдруге переобраний на цю посаду). Під керівництвом Прем'єр-міністра Павла Лазаренка (заступив на посаду 28 травня 1996 року) та Голови Нацбанку Віктора Ющенка — з 2 по 16 вересня 1996 року в Україні була успішно проведена грошова реформа (введено в обіг гривню), створено Державну скарбницю, розпочато будівництво Банкнотно-монетного двору. У 1997 році за рейтингом впливового фінансового журналу «Global Finance», Віктор Ющенко увійшов до шістки найкращих банкірів світу.