Очолив Історико-філософську секцію Наукового товариства імені Шевченка, створив і очолив Археографічну комісію НТШ (1896—1913). Грушевський залучив до роботи в НТШ студентів, молодих викладачів. Він займався редагуванням «Записок Наукового товариства імені Шевченка», і саме завдяки його організаторським здібностям вдалося видати більш ніж 100 томів. У цей час він познайомився з Іваном Франком і разом вони привернули міжнародну увагу до україністики.