Мати, Катерина Семенівна, походила з мішаної родини зрусифікованого німця С. Ф. Беккера — лікаря, учасника війни 1812 року, підполковника у відставці та польської дворянки Лідії Шатковської. Стосовно свого походження Миклухо-Маклай зробив нотатки на берегах рукопису нарису про своє життя і подорожі, який йому надав для ознайомлення Е. С. Томассен: 1882 року мандрівник, перебуваючи в Австралії, прокоментував уживання титулу «барон», яким його нерідко нагороджували в пресі: Родина Микола Миколайович мав трьох братів і сестру: старший брат — Миклуха Сергій Миколайович (1845–1895);