Наприкінці XVIII століття Євпаторія стає центром караїмізму, куди переїздить духовний глава караїмів — гахам (у 1917 році переїхав до Стамбула). 1798 року в місті споруджено порт, а Євпаторія отримала право на безмитне ввезення і вивезення товарів (порто-франко). У 1840-х роках в Євпаторії мешкало близько 11 000 осіб.