У Києві Канигін близько зійшовся з працівником відділу агітації та пропаганди ЦК Компартії України Віталієм Врублевським (згодом — перший помічник першого секретаря ЦК КПУ Володимира Щербицького. Відразу після знайомства із Врублевським Канигін починає активно працювати у сфері прадавньої історії, досліджуючи арійське походження українців. У 1992 році Юрій Михайлович обирається членом президії Міжнародної громадської організації "Міжнаодна академія інформатики".