Під його керівництвом розроблені статути НТШ (1896, 1898, 1901, 1903, 1904 років), в основу яких були покладені суто наукові, а не політичні й культурні завдання, що викликало опозиційні настрої щодо нього. Реорганізуючи НТШ в академічну установу світового рівня (створення бібліотек, музеїв, збирання архівного матеріалу), Грушевський сприяв переходові української науки в Східній Галичині від поодиноких індивідуальних історичних пошуків до організованого, колективного й систематичного вивчення історії України та створив власну наукову школу (Іван Крип'якевич, Василь Герасимчук, Степан Томашівський, Іван Джиджора, Михайло Кордуба, Іван Кревецький, Омелян Терлецький), яка виконувала освітню (підготовка істориків-професіоналів) і дослідницьку (вивчення широкого кола проблем історії України) функції.