В серпні 1887 року вдруге виїжджав у малинський маєток до матері. В лютому-березні 1888 року вчений перебував на лікуванні в клініці Віліє при Військово-медичній академії під наглядом знаменитого лікаря — професора Боткіна. В останні місяці свого життя Миклухо-Маклай робив спроби продовжити роботу над першим і другим томами «Подорожей», підготував останні статті — «Острівець Андра» та «На декілька днів до Австралії»; склав автобіографію; обмінювався листами з Л. М. Толстим. Смерть