У 1957—1963 рр. завідує відділом давньої української літератури Інституту літератури АН УРСР. Помер М. К. Гудзій 29 жовтня 1965 р. Наукова діяльність У своїх наукових дослідженнях Гудзій основну увагу приділяв вивченню давньої літератури з часів Київської Русі до XVIII ст. Гудзієм було складено російськомовну хрестоматію давньої російської літератури Хрестоматія по давній російській літературі XI—XVII століть () (1935) та російськомовний підручник Історії давньоруської літератури () (1938).