Протягом року навчався у чоловічій гімназії при Історико-філологічному інституті князя Безбородька (раніше — Гімназія вищих наук, зараз — Ніжинський державний університет ім. Гоголя). До цього початкову освіту отримував удома. За успіхи в навчанні Саша Богомолець був нагороджений похвальним листом і книгою І. Тургенєва «Записки мисливця». З дитинства Сашко захоплювався читанням.