Різновиди морфеми з відмінностями в позиціях фонем пишуться однаково: водá [вʌдá] — вóды [вóды], дуб [дуп] — дубы [дубы]. Фонетичний принцип використовується у невеликому числі випадків: у написанні префіксів з кінцевою фонемою /з/: разбить, безоружный (перед буквою, що передає голосну і дзвінку приголосну), але воспалённый, исписать (перед буквою, що передає глуху приголосну); у написанні ы замість и на початку кореня після префіксів з твердою приголосною на кінці: предыстория, разыграть тощо. Нечисленні випадки і традиційного типу написання: собака, генеалогия, колибри, расти, доброго, ночь (але луч) тощо.