Але головним досягненням став «Путеводитель по Средней Азии от Баку до Ташкента в археологическом и историческом отношениях» (Ташкент, 1893), за який вчений одержав орден Станіслава ІІІ ступеня (1893 р.) та орден Бухарської Золотої Зірки ІІІ ступеня (1894 р.) і чин колезького асесора (цивільний чин VIII класу). В Середній Азії Яворницький і далі напружено працював над історією козаччини, зокрема над другим томом «Истории запорожских козаков» (СПб., 1895), а також над книгою про кошового Івана Сірка, що вийшла друком 1894 р. в Петербурзі.