Гіпотеза коеволюції суперечила визначенню вірусів як неклітинних частинок, залежних від клітин-хазяїв. Утім, нині багато фахівців визнають віруси стародавніми організмами, які з'явилися, імовірно, ще до поділу клітинного життя на три домени. Це відкриття дозволило сучасним вірусологам переглянути і переоцінити ці три класичні гіпотези.