Всі мікроорганізми, які живуть у вагіні, можна поділити на три групи: Облігатні мікроорганізми — найпоширеніші, які постійно присутні у вагіні; Факультативні мікроорганізми — які можуть зустрічатися тільки у частини жінок; Транзиторні мікроорганізми — випадково туди занесені.