До розробки ефективних методів діагностики, лікування та профілактики ВІЛ-інфекції в західних країнах пневмоцистна пневмонія була однією з безпосередніх причин смертей ВІЛ-інфікованих. У країнах, що розвиваються, пневмоцистна пневмонія залишається однією з перших ознак СНІДу в недіагностованих осіб, хоча, як правило, не розвивається при числі CD4-лімфоцитів менше 200 в 1 мкл крові.