Якщо ж вірус, потрапляючи в гриб, проявляє свою вірулентність, то реакція гриба на це може бути різною: зниження або підвищення вірулентності у патогенних видів, дегенерація грибниці та плодових тіл, зміна забарвлення, придушення спороношення. Некапсидовані вірусні РНК передаються через анастомози незалежно від мітохондрій. Вірусні захворювання можуть завдавати шкоди грибівничим підприємствам, наприклад, спричинити порудіння плодових тіл печериці, зміну забарвлення у зимового опенька, що знижує їх комерційну цінність. Віруси, що породжують гіповірулентність грибів-патогенів, можна використовувати для боротьби із захворюваннями рослин.