Тим не менш після загибелі свого старшого брата Тимоша він розглядався батьком як спадкоємець гетьманської булави. У 15 років Богдан Хмельницький призначив Юрія наказним гетьманом, доручаючи йому підготовку війська до битви під Ташликом. Під опікою полковників Івана Богуна та Григорія Лесницького він оволодів шаблею та мушкетом і очолив козацький похід на Семиграддя. У квітні 1657 року на раді в Чигирині Богдан Хмельницький домігся передачі влади сину Юрію.