Реплікація вірусу запускає синтез мРНК ранніх генів вірусу (з винятками для вірусів, що містять позитивну РНК), синтез вірусних білків, можливо, складання складних білків і реплікацію вірусного геному, яка запускається після збудження ранніх або регуляторних генів. Після цього може йти (у комплексних вірусів з великими геномами) ще одне або кілька кіл додаткового синтезу мРНК: «пізня» експресія генів призводить до синтезу структурних або віріонних білків.