За часу її існування тут вчилися молдовський поет Алексей Матеєвич та , у майбутньому — митрополит Румунської православної церкви. Тут також здобули освіту відомі українські культурні діячі: філософ Памфіл Юркевич, диригент Олександр Кошиць та літературознавець Сергій Єфремов. Після Жовтневого перевороту 1917 року Київська духовна академія була закрита 1918 року, а її будівлі передані Дніпровській військовій флотилії. 1935 року радянською владою був зруйнований Богоявленський собор Братського монастиря, який належав до академії.