У 1948 році над 15-річним Юрієм розпочався судовий процес, і з настанням 16-річчя Юрія Шухевича було засуджено радянським режимом (на підставі рішення спеціальної наради ОСО МВС СРСР у Москві) на 10 років у радянській в'язниці у Володимирі винятково за політичну діяльність свого батька — Романа Шухевича.