У ВІЛ-інфікованих езофагіт, як правило, буває грибкової (кандидоз) або вірусної (вірус простого герпесу першого типу, цитомегаловірус) етіології, у рідкісних випадках викликаний мікобактеріями. Хронічна діарея при ВІЛ-інфекції може бути спричинена бактеріальними (Salmonella, Shigella, Listeria або Campylobacter) і паразитними інфекціями, а також рідкісними опортуністичними інфекціями, наприклад, кріптоспороідозом, мікроспороідозом, Mycobacterium avium і вірусами (Такими, як астровіруси, аденовірус, ротавірус та цитомегаловірус; останній є причиною колітів).