Однак деякі віруси, зокрема ВІЛ і збудники вірусних гепатитів, здатні проскочити повз імунну відповідь, породжуючи хронічну хворобу. Антибіотики не діють на віруси, проте було розроблено декілька противірусних препаратів (див. вище).