Мати — Ірина Малаховська — охрестила Пилипа Орлика в православному віросповіданні. І хоча він розпочав навчання в єзуїтській академії Вільно, але для завершення освіти переїздить до православної Києво-Могилянської академії, де його вчителем був професор філософії, майбутній місцеблюститель патріаршого престолу — Стефан Яворський. Саме за рекомендацією Стефана Яворського молодий Орлик у 1693 році обійняв посаду секретаря канцелярії київського митрополита, а через короткий час був запрошений до гетьманської канцелярії в Батурин.