Під опікою університету діяла також мережа колегіумів по всій Україні, зокрема, гімназія «Києво-Могилянський колегіум» на столичній Троєщині. Президенти Брюховецький В'ячеслав Степанович 16.11.1991-31.08.2007 Квіт Сергій Миронович 01.09.2007 — 25.12.2014 Мелешевич Андрій Анатолійович 25.12.2014 — 17.12.2019 Квіт Сергій Миронович 27.01.22 — дотепер Навчання