Робочими мовами в університеті є українська та англійська. 27 січня 2023 року, на 40-ій сесії Академічної конференції університету було затверджено нові Правила внутрішнього розпорядку НаУКМА, згідно яких у стінах Києво-Могилянської академії заборонили спілкуватися російською мовою. Як було повідомлено, дане правило стосується також й міжособистісного спілкування поміж викладачами, студентами, адміністративним персоналом.