Фаза проникнення Через рот (орально) вібріони потрапляють у шлунок, де частина їх гине у кислому середовищі, а частина, пройшовши цей бар'єр, потрапляє у тонку кишку, де є сприятливе для вібріона лужне середовище. Фаза колонізації кишкового епітелію Завдяки адгезивним властивостям, вібріон прикріплюється до мікроворсинок клітин слизової оболонки тонкої кишки і розмножується на їх поверхні без продуктивного ушкодження ентероцитів і розвитку запалення. Вібріони утворюють своєрідні колонії у вигляді бляшок, але в то й же час у тонкій кишці зберігається значна кількість ентероцитів, що не контактували з холерними вібріонами і їх токсинами та продовжують виконувати свої фізіологічні функції.