Багато промислових технологій заміняються технологіями, що використовують ферменти і мікроорганізми. Такі біотехнологічні методи переробки сільськогосподарських, промислових і побутових відходів, очищення і використання стічних вод для одержання біогазу і добрив. У низці країн за допомогою мікроорганізмів, одержують етиловий спирт, що використовують як пальне для автомобілів (у Бразилії, де паливний спирт широко застосовується, його отримують із цукрової тростини й інших рослин). На спроможності різноманітних бактерій переносити метали в розчинні сполуки або накопичувати їх у собі, засновано вилучення багатьох металів із бідних руд або стічних вод.