У полі зору дослідника були приватні колекції запорозької старовини, найбільшими з яких, за оцінкою Яворницького, були збірки Георгія Алексєєва та Олександра Поля на Катеринославщині й Василя Тарновського на Чернігівщині. У 1887 р. вчений здійснив подорож до Соловецького монастиря в пошуках документальних свідчень про останнього кошового отамана Запорозького війська Петра Калнишевського, який по ліквідації Запорозької Січі був ув'язнений у Соловецькому монастирі, де просидів 25 років, там помер і там похований.