10 листопада 1723 року — розгніваний Петро І наказав ув'язнити Полуботка, старшину і всіх, хто допомагав їм, до Петропавлівської фортеці. Середина 1724 року — проти Павла Полуботка було сфабриковано справу про начебто таємні зв'язки з гетьманом у вигнанні Пилипом Орликом. Того ж року справу Полуботка віддано на розгляд Вищого суду.