Для зібрання необхідних на початку коштів було створено Науково-дослідний центр «Спадщина Києво-Могилянської академії», Міжнародний благодійний фонд відродження Києво-Могилянської академії та Києво-Могилянську Фундацію Америки. Багато приватних осіб жертвували власні бібліотеки для новоствореного університету. Також ремонт і облаштування нових корпусів були значною мірою профінансовані приватними особами. Так, бакалаврська бібліотека була відреставрована за допомогою Фундації Омеляна та Тетяни Антоновичів і тепер носить ім'я Антоновичів.