Провід церкви продовжував здійснювати митрополит Йосиф Сліпий протягом довгих 18 років свого тюремного ув'язнення. Після його звільнення в 1963, завдяки старанням папи Івана XXIII, в 1964 році підпільну церкву в Україні очолив сповідник віри митрополит Василь Величковський, а потім його наступник — митрополит Володимир Стернюк. Незважаючи на всі зусилля режиму, під проводом підпільної ієрархії продовжувалося церковне життя на Батьківщині та в місцях заслань: діяли підпільні семінарії та монастирі, зроджувалися нові покликання до священицького та монашого життя.