За своєю природою подібний до звичайного смерчу. Водяний смерч може утворитися в разі проходження звичайного смерчу над водною поверхнею. На відміну від класичного смерчу, водяний смерч існує всього 15-30 хвилин, набагато менше в діаметрі, швидкість руху і обертання нижче в два-три рази, не зобов'язаний супроводжуватися ураганним вітром. Існують і додаткові відмінності.