Для більш ефективного використання місця на диску файлова система може об'єднувати сектори в кластери, розміром від 512 байт (один сектор) до 64 кбайт (128 секторів). Перехід до кластерів відбувся тому, що розмір таблиці FAT був обмежений, а розмір диска збільшувався. У разі FAT16 для диска об'ємом 512 Мб кластер буде складати 8 КБ, до 1 Гб — 16 Кб, до 2 Гб — 32 Кб і так далі.