Засновником науки вважають швейцарського вченого Франсуа-Альфонса Фореля, який проводив багаторічні лімнологічні дослідження на Женевському озері, результати яких вийшли окремою монографією 1904 року, вперше сформулював цілі й задачі науки, видав першу настанову зі спостереження за режимом озер 1901 року. Попервах дослідження озер рухались в двох напрямках: гідролого-географічному (загальний опис, гідрометричні вимірювання окремих елементів режиму) та гідробіологічному (дослідження окремих елементів флори і фауни, спроби пошуку загальних закономірностей).