До недоліків сміттєспалювання зазвичай відносять: високі витрати порівняно до інших видів переробки ($280—750 на одну тонну відходів на рік); проблеми експлуатації внаслідок змінного складу відходів і утворення шлаків і золи; не всі види відходів можна спалювати; можливість розсіювання в навколишнє середовище речовин, що утворюються в процесі спалювання.