Основні проблеми, вивченням яких займається наукова інформатика: семіотичні основи наукової інформації і наукової комунікації, моделювання інформаційних процесів і систем; властивості і закономірності документальних інформаційних потоків, автоматизація семантичної (смисловою) обробки інформації (автоматизація реферування, індексування, перекладу);