Експедиції А. П. Андрєєва впродовж 1857—1866 років комплексно досліджували Ладозьке озеро; В. І. Дибовського і В. Годлевського впродовж 1870-х років — Байкал. Значний внесок у розвиток лімнології зробили російські вчені Дмитро Анучин (Верхньоволзькі озера — 1894—1895), Юлій Шокальський (Ладозьке озеро — 1897), Лев Берг (Аральське море — 1899—1902, Іссик-Куль — 1903), Глеб Верещагін, Євген Марков (Севан — 1911), В. Н. Лебедєв (камчатські озера — 1908—1909). 1906 року Олександр Воєйков запропонував метод обчислення теплозапасу озер.