В 1999 році відбулася ще одна реорганізація ІОЦ, пов'язана з переорієнтацією його роботи в бік сучасних інформаційних технологій. На території було проведено капітальний ремонт, відбулася зміна технічного обладнання, кардинально змінено штатний розпис та завдання центру. Підрозділи ІОЦ Секретаріат Регіональна мережева академія CISCO Сектор мережевих технологій Сектор впровадження нових технологій Бюро методичної підтримки продуктів Microsoft