Існує кілька реалізацій MPI, у тому числі безкоштовні й комерційні, переміщені й орієнтовані на конкретну комунікаційну мережу. На кластерах СКІТ-1 та СКІТ-2 використовується комерційна реалізація Scali (для мережного з'єднання через SCI) і безкоштовна Open MPI (для мережного з'єднання через Infiniband). Як правило, MPI-програми побудовані по моделі SIMD (single instruction — multiple data), тобто для всіх процесів є тільки один код програми, а різні процеси зберігають різні дані й виконують свої дії залежно від порядкового номера процесу.