Війна набула затяжного виснажливого характеру. Посуха і голод, епідемії чуми, кримсько-татарські набіги, польсько-литовсько-руські (українські) рейди і морська блокада, здійснювана Польщею і Швецією, спустошували Московію. Представники боярства почали виступати проти продовження боротьби за вихід до Балтики. У 1564 році царя покинув командувач західною армією князь Андрій Курбський, видав агентів царя в Лівонії та брав участь у наступальних діях поляків, литовців і русинів, зокрема в поході на Великі Луки.