Принципи роботи в межах ІФА — принцип федералізму, вільного договору і взаємодопомоги. Для покращення координації і зв'язку в межах ІФА, а також для відкритого контакту з громадськістю та іншими групами анархістів і організаціями, був заснований Міжнародний секретаріат, повноваження якого нерегулярно переходять від однієї федерації IFA до іншої. Для налагодження інформаційного обміну і міжорганізаційної співпраці IFA також близько контактує з іншими організаціям анархістів, наприклад з Міжнародною асоціацією трудящих (МАТ) — анархо-синдикалістським інтернаціоналом.