Крім цього папи вели боротьбу за відновлення морального обличчя кліру католицької церкви. Так, Павло IV (учасник комісії Павла III) вигнав з Рима 113 єпископів, що незаконно залишили свої єпархії, при ньому сотні ченців були відправлені знову у свої монастирі. Переслідуванню піддавалися навіть кардинали, запідозрені в аморальності.