Маргарита Ангулемська померла досить рано — у 57 років 21 грудня 1549 р. Реформаційну справу Маргарити Наварської згодом продовжила її єдина дочка, Жанна д'Альбре, яка наважилась піти далі і проголосила у королівстві Наварри офіційною релігією кальвінізм.