В період реформації від католицизму відокремився протестантизм, який в свою чергу також поділився на кілька течій. Внутрішні церковні розколи відбувалися і всередині найбільших конфесій, наприклад Папська схизма в кінці XIV століття, або поява «неканонічних» православних церков.