Для керування Інквізицією на різних рівнях призначались домініканці та францисканці, монахи з двох нових тоді жебручих орденів, значно рідше — монахи з інших орденів. Для єретиків, що не хотіли відректися від єресей, була призначена смертна кара, для виконання якої їх передавали до рук світської влади. Папа Інокентій IV у 1252 році дозволив Інквізиції застосовувати тортури. Тут треба помітити, що за весь час існування Інквізиції вона ніколи не застосовувала тортури так масштабно та жорстоко, як світська влада.