Жуль Борде закінчив Брюссельський університет, де в 1892 отримав ступінь доктора медицини. У 1894–1901 працював у лабораторії Іллі Мечникова в Пастерівському інституті в Парижі. У 1901 році Жуль Борде організував Пастерівський інститут у Брюсселі, директором якого залишався до 1940 року. Протягом 1907–1935 років одночасно викладав бактеріологію в Брюссельському університеті.