Деякі його духовні твори, як, наприклад, «Miserere» і фуга на два хори «Tu es Petrus», написані для папської капели, виконуються дотепер. Скарлатті вважають засновником форми італійської увертюри: allegro, andante, allegro, а також створення трьохчастинної арії. Серед найкращих опер зрілого періоду: «La Rosaura» (1690) і «Pirro e Demetrio» (1694).