У цей період своєї діяльности Кримський вів наукову полеміку з Олексієм Соболевським, який пропагував гіпотезу Михайла Погодіна про те, що давні кияни були росіянами, які тільки в період монгольської навали відійшли на північ. Із Лесею Українкою його поєднувала щира дружба, теплі приятельські стосунки. Вона не раз радилася з ним про свої твори, ділилася планами, прохала підказати літературу для вивчення. Агатангел Кримський залишив гарний спогад про Лесю Українку «Із спогадів щирого друга».