Главою церкви, відповідно до Духовного регламенту, став сам Петро І як «правоверия же и всякого в Церкви Святый благочиния блюститель». Офіційно потребу такої управлінської реформи у церкві мотивували тим, що за патріаршого правління церква була незалежною, а патріарх був рівним імператору (що абсолютно відповідало канонічному праву православної церкви), а імператор Петро І вважав такий стан речей «неправильним і небезпечним».