Після її закінчення, Єлеазар стає студентом Києво-Могилянського колегіуму. В роки навчання був одним з найкращих учнів, добре опанував церковнослов'янську, грецьку та латинську мови, не раз перемагав у наукових диспутах, крім традиційних для колегіуму дисциплін вивчав твори європейських філософів. Після смерті дядька, Феофана Прокоповича, його підтримував київський митрополит Варлаам Ясинський.