Чергова стипендія дозволила йому продовжити навчання в Кентербері-коледжі у Крайстчерчі (тепер ). На ті часи це був маленький університет, де навчалось 150 студентів і викладало всього 7 професорів. Резерфорд захоплюється наукою і з першого дня починає дослідницьку роботу.