Сім'я 7 лютого 1770 року Клінтон одружився з Сарою Корнелією Теппен (померла в 1800). У них було п'ять дочок і один син: Кетрін Клінтон (5 листопада 1770 — 10 січня 1811). Перший чоловік: Джон Тейлор, другий: П'єр Ван Кортленд-молодший — син віцегубернатора Нью-Йорка П'єра Ван Кортленда.