Згодом, перебуваючи на посту президента, Кеннеді ініціював створення зв'язків у сфері безпеки з Ізраїлем. Його вважають засновником американо-ізраїльського військового союзу (який буде продовжений наступними президентами). Кеннеді припинив ембарго на постачання зброї, що було накладено на Ізраїль адміністраціями Ейзенгауера та Трумена. Описуючи захист Ізраїлю, він був першим, хто ввів поняття «особливих стосунків» (як він описав його Голді Меїр) між США та Ізраїлем.