Навіть у такому юному віці йому вдалось вдосконалити способи копіювання оздоблення могил. У 1892 році він працював протягом одного сезону під опікою Фліндерса Петрі в Амарні, столиці заснованій фараоном Ехнатоном. З 1894 року до 1899 року Картер працював з Едуардом Невіллем у Деір ель-Бахарі, де він записував настінні рельєфи храму Хатшепсут.