29 вересня 1943 р. німецька окупаційна адміністрація в Італії заарештувала Онацького як визначного українського націоналістичного діяча за його постійне критичне ставлення до німецького націонал-соціалізму: відбув в ув'язнення спочатку в Італії, а потім в Берліні та Оранієнбурзі. У травні 1945 року повернувся до громадської діяльності у Римі.