Ідучи з притулку, Гапон забрав із собою вихованку Олександру Уздальову, яку згодом зробив своєю громадянською дружиною (за канонами православної церкви, вдовий священник не має права на повторний шлюб). У тому ж році він був відрахований з 3-го курсу академії, причому причиною виключення була нездача перехідних іспитів. Голова опікунської ради Микола Анічков написав на Гапона донос до Охоронного відділення, і Гапон був викликаний туди на допит. Ця подія стала приводом для його знайомства з Департаментом поліції.