У січні 1901 року його перевели на транспорт «Карісбрук кастл», а наприкінці цього року молодший лейтенант королівського військового флоту Шеклтон уже ніс вахту на містку експедиційного судна «Діскавері» Британської антарктичної експедиції, яку очолював Роберт Скотт.