Багато мусульманських правителі, такі, як Аурангзеб руйнували індуські храми та гнали індусів, а деякі, такі, як Акбар, навпаки відзначались терпимістю. У середні віки індуїзм зазнав великих змін, в основному завдяки відомим ачарьям Рамануджі, Мадхві, та Чайтаньї. Послідовники рухів бхакті замінили абстрактну концепцію Брахмана, яку філософ Шанкара сформулював за кілька століть до цього, емоційно. і пристрасною відданістю Альваро до аватарів Бога, особливо до Крішни та Рами.