У 1939 році його реабілітовано, але в липні 1941 року, після початку німецько-радянської війни, НКВС заарештував його, як «особливо неблагонадійного», за звинуваченням в «антирадянській націоналістичній діяльности» й ув'язнив у Костанайському генералітеті. Офіційно Кримський помер року від виснаження в тюремній лікарні, але є версія, що він міг померти від жорстоких тортур. Його справа була остаточно припинена в 1957 році завдяки клопотанню Леоніда Булаховського, а в 1960 році він був офіційно реабілітований.