У 1989 році був обраний народним депутатом СРСР від КПРС. В останні роки існування Радянського Союзу Леонід Абалкін очолював урядову комісію з економічної реформи. Комісія розробляла варіанти переходу СРСР від командно-адміністративної економіки до ринкової моделі. У 1989 році Абалкін став першим заступником голови ради міністрів СРСР в уряді Миколи Рижкова.