У 1707 стає префектом Києво-Могилянської академії. У 1711 його беруть у складі почту царя Петра I в Прутський похід, під час якого в Яссах він виголошує з нагоди річниці Полтавської битви проповідь, яка сподобалася цареві. Після повернення до Києва Феофана Прокоповича призначено ректором Києво-Могилянської академії і професором богослов'я. Водночас він стає ігуменом Братського монастиря.