У предметах, що викладалися, він бачив тільки мертву схоластику, яка не давала йому відповіді на питання про сенс життя. Втративши душевну рівновагу, Гапон закинув навчання і влітку 1899 поїхав поправляти здоров'я в Крим. У Криму він відвідував місцеві монастирі, роздумуючи, чи не піти йому в ченці, однак вирішив, що життя в монастирі несумісне зі служінням народу. Великий вплив на Гапона справило знайомство з художником Василем Верещагіним, який радив йому скинути рясу та працювати на благо народу, і ліберальним вірменським публіцистом Григорієм Джаншієвим.