2 липня 1569 року місто повторно отримало магдебурзьке право, а з кінця XVI століття у місті діяло братство. За підтримку Богдана Хмельницького у національно-визвольній боротьбі 1648—1657 років багато яворівців було страчено, а на місто наклали контрибуцію.