20 жовтня 1687 вже як гетьманський ревізор брав участь у Гадяцькому суді, а 7 грудня того ж року — у Полтавському. Шийкевич виконував різні доручення гетьмана Мазепи: брав участь в судах, розмежовував землі між селами різних волостей, вів розшук у справі Петрика, спостерігав за виборами полковника у Переяславі в червні 1690.