Тісно співпрацюючи з Михайлом Грушевським, Щербина присвятив головну увагу історії Києва: «О киевской старине» (три видання 1884, 1896, 1910) , «Киевские воеводы, губернаторы и генерал-губернаторы 1654–1775 гг.» (Чтения в историческом обществе Нестора Летописца. — 1892. — Кн. VI) , «Первый киевский археолог М. Ф. Берлинский» (1896) , «Прошлое Киева и его памятники» (1912) , «Боротьба Києва за автономію» (1925), «Нариси з історії Києва, 1654–1914» (1926), «Головні будівлі Печерської Лаври» (1926); «Документи до історії Києва 1494–1835 рр.» // Український археографічний збірник. — 1926. — Т. 1. Праці з історії Гайдамаччини: