Якубовського обвинуватили у злочинах за статтями 54-6, 54-8 і 54-11 Кримінального кодексу УРСР. Якубовського засудила «двійка» за сфальсифікованими звинуваченнями, 25 вересня 1937 р. його розстріляли в одній із київських в'язниць НКВС. Похований, ймовірно, на спецділянці НКВС, що розташована у 19 та 20 кварталах Биківнянського лісу (нині — територія Національного історико-меморіального заповідника «Биківнянські могили»).