Якщо така програма встановлювалась вручну, компіляцією з джерельних кодів, то СКП не знає про її існування і фактичний стан системи відрізняється від того, котрий очікується. Така ситуація може призвести до клопотів у майбутньому — при оновленні чи встановленні нових програм через СКП, тому адміністраторам потрібно докладати додаткових зусиль для підтримки системи у актуальному стані, оскільки СКП не зможе зробити це автоматично. Класифікація дистрибутивів В загальному дистрибутиви можуть бути: