Похований на Байковому кладовищі в Києві (надгробок — бронза, граніт; скульптор О. П. Скобликов, архітектор А. Ф. Ігнащенко; встановлений у 1979 році). Серед його учнів — Ісак Тартаковський, Ростислав Сильвестров, Петро Сулименко, Ганна Юхно-Гуревич, Володимир Югай, Михайло Бароянц та інші. Творчість Шовкуненко — автор численних портретів письменників Юрія Яновського, Павла Тичини, Максима Рильського, Івана Ле, Леоніда Первомайського, акторів Марії Литвиненко-Вольгемут, Бели Руденко, Наталії Ужвій у ролі Раневської, архітекторів Євгена Катоніна, Володимира Заболотного, скульпторів Миколи Лисенка, Бориса Яковлева, академіка Олега Богомольця, генерала Сидора Ковпака тощо.