В середині експедиції виїхав до Харкова, куди був призначений виконуючим обов'язки екстраординарного професора. Струве доручив Шидловському доставити до Харківського університету інструменти, які були замовлені для астрономічної обсерваторії Харківського університету, що планувалось побудувати. В середині вересня 1843 р. Шидловський прочитав вступну лекцію в Харківському університеті. Він викладав курси сферичної астрономії, визначення орбіт планет і комет, практичної астрономії, геодезії.