У 1957—1960 рр. — проректор з навчальної роботи. У 1960 р. О. І. Юрженко переїжджає до Одеси, засновує та завідує (до 1970 р.) кафедрою фізико-хімії полімерів та колоїдів в Одеського університету. З 1960 р. до 1970 р. — ректор Одеського державного університету імені І. І. Мечникова.