1924—1927 рр. — єпископ та архієпископ Полтавський. Після Полтави отець Юрій повертається до Одеси. 1928 р. він був призначений архієпископом Одеським і Миколаївським, і плідно працював на духовній ниві до вересня 1929 р., коли був заарештований за «контрреволюційну діяльність» органами ОГПУ. У цей же час були заарештовані й інші владики УАПЦ, серед яких митрополит Василь Липківський, архієпископи Михайло Борецький, Іван Павловський, Юрій Міхновський.