На даний час Ягорлицька затока входить до складу Чорноморського біосферного заповідника цілком. Південна частина затоки, акваторія навколо островів Довгий та Круглий, Кінських островів, кілометрова смуга вздовж Солоноозерної ділянки Чорноморського біосферного заповідника — загальною площею 13032 га — заповідна зона, решта затоки (Ягорлицький орнітологічний заказник) включено до складу ЧБЗ як буферну зону (Указ Президента України від 26 листопада 1993 року № 563/93 «Про біосферні заповідники»).