1998 р. втретє обраний народним депутатом України, належав до фракції Українського народного руху. Протягом грудня 1999 — березня 2002 р. був Головою Комітету з питань науки і освіти Верховної Ради України. 2002 року вчетверте обраний до Верховної Ради України за єдиним списком від блоку Віктора Ющенка «Наша Україна», входив до складу фракції «Наша Україна» й був першим заступником, а згодом Головою Комітету Верховної Ради України з питань науки і освіти та Головою спеціальної тимчасової комісії Верховної Ради України з питань майбутнього.