Займався науковою роботою в галузі гістології в Бреславі та Берліні. Опублікував ряд робіт, присвячених будові головного і спинного мозку, за які Паризька медична академія присудила йому Монтіонівську премію. Відомий французький фізіолог Клод Бернар запропонував Якубовичу залишитися в Парижі в якості асистента кафедри фізіології, проте той повернувся до Петербурга.