Закінчив словесний та філософський класи Києво-Могилянської Академії, після чого служив у Київській духовній консисторії. У 1773 р. залишив службу та вступив до Петербурзької медичної школи при генеральному сухопутному госпіталі. У 1779 р. закінчив навчання і отримав звання лікаря, служив лікарем артилерійського канонірського полку. З 1784 р. Шумлянського було відряджено за кордон для подальшого навчання.