Після приходу більшовиків зазнав політичних переслідувань. У 1921 р. арештовувався Вінницькою ЧК, після звільнення знову був затриманий Кам’янець-Подільською ЧК. В той період в ЧК не вистачало професійних кадрів, але Є.І. Шманкевич служити слідчим в апараті ЧК відмовився і був висланий до Харкова.