За зв'язки з одеськими робітниками засланий у Вологодську губернію (1877—1881). У 1901 р. за публічне домагання конституційного устрою в Росії Щербину заслано під домашній арешт на Кубань, де він пробув до 1920 р., працюючи в кубанському військовому архіві, збираючи матеріали до історії Кубанського козачого війська. Тут сприяв діяльності майбутнього Головного Отамана УНР Симона Петлюри.