Після нетривалого перебування на Середньому Поволжі поблизу Самари та Ставрополя, у кінці серпня 1918 року він із повноваженнями Всеукраїнського ЦВРК з'явився в нейтральній смузі, де розпочав формувати з повстанських загонів регулярні українські радянські військові частини. Як засвідчили очевидці, відтоді й надалі Щорс проявляв нетерпимість до есерів і всіляко намагався позбутися їх у лавах повстанців.