Переведений у 147-й піхотний Самарський полк. У 1904 — 1905 роках Микола Юнаків штаб-офіцер при управлінні 53-й резервної піхотної бригади. З 1905 до 1907 року — начальник штабу 1-го округу окремого корпусу Прикордонної варти. У 1906 році присвоєно звання полковник.