Після цього «каяття» Яворського обрано дійсним членом ВУАН. Відтоді він працював у Києві, бувши членом президії І Відділу (Історико-філологічного) ВУАН, його секретарем і фактичним керівником, бо голова цього відділу Дмитро Багалій перебував у Харкові. Але вже 1929 року його звинувачено в «націоналістичному ухилі» й усунено з історичного відділу Інституту марксизму. Арешт і подальша доля