Поблизу Шепетівки в урочищі Гусеньці під час археологічних розкопок виявлено курганний могильник зі скарбом кельтських сокир доби бронзи. На околицях міста височать кургани скіфо-сарматських часів. 1594—1772: Велике князівство Литовське і Річ Посполита Перша згадка про населений пункт датується 1594 роком: село Шепетівка входило до Кременецького повіту Волинського воєводства як володіння Андрія Ждярського.