У відповідь на феодальний гніт селяни та ремісники брали участь у повстаннях 1591—1593 років на чолі з гетьманом Криштофом Косинським та у 1594—1596 роках — під проводом Северина Наливайка. Під час визвольної війни в липні 1648 року, коли селянсько-козацькі полки Максима Кривоноса підійшли до Полонного, мешканці Шепетівки та навколишніх сіл поповнили лави українського війська. Тоді ж Шепетівку зайняло українське козацьке військо та залишило в ньому залогу, яка під час утворення восени 1648 року Волинського полку стала основою його Шепетівської сотні.