Тому з ініціативи Володимира Петровича 1936 року постановою Уряду СРСР № 632 був організований Інститут експериментальної офтальмології (нині Інститут очних хвороб і тканинної терапії імені В. Філатова АМН України), який він і очолював з 1936 до самої смерті. Перші два роки, не маючи ще власної бази, інститут містився в одній з будівель 2-ї клінічної лікарні, яка ніяк не могла вмістити всіх хворих, бажаючих оперуватися у відомого офтальмолога і лікарів, що прагнули зайнятися науковою роботою під його керівництвом. У 1939 році була закінчена споруда двох триповерхових корпусів і ряду підсобних будівель інституту. Завдяки енергії свого керівника, інститут швидко перетворився на одну з найкращих офтальмологічних установ СРСР.