Відповідно до постанови Раднаркому УСРР від 1 серпня 1930 р. «Про ліквідацію деяких науково-дослідних установ НКО та нову мережу цих установ» при ХІНО була ліквідована решта науково-дослідних закладів. З відродженням університету чимало наукових установ увійшло до його складу (Інститут теоретичної хімії, філія Українського зоолого-біологічного інституту, філія Українського геологічного інституту, філія Українського ботанічного інституту з садом при ньому, Український інститут математики й механіки, Інститут географії та картографії, Харківська астрономічна обсерваторія та Донецька гідробіологічна станція).