Однак, при використанні таких схем в деяких випадках доводиться йти на компроміси: так, нікотин містить як пиридинове ядро, яке походить від нікотинової кислоти, так і піролідинове ядро від орнітина, і тому його можна віднести до обох класів. Алкалоїди часто поділяють на наступні великі групи: