Крім річкових перевезень здійснюються морські перевезення судами типу «річка-море», у віддалені райони краю здійснюється «північне завезення». У Хабаровську — вантажний річковий порт і пасажирський річковий вокзал, Хабаровська ремонтно-експлуатаційна база флоту (ХРЕБ флоту).