Регулярну навчальну роботу на медичному факультеті можливо було розпочати лише в 1809—1810 акад. році, бо в перший рік роботи університету на цей факультет не було прийнято жодного студента через відсутність бажаючих навчатися медицині. Незважаючи на відсутність студентів-медиків у перші роки існування університету, медичний факультет активно працював. Було створено 6 спеціальних кафедр, а саме Анатомії, фізіології і судово-лікарської науки; Патології, терапії та клініки; Лікарського речовинослів'я, фармації та лікарської словесності; Хірургії; Повивального мистецтва; Худоболікування.