Вшанування пам'яті 23 листопада 1956 року Вчена рада Інституту прийняла рішення про увічнення пам'яті першого його директора. На фронтоні будівлі інституту було встановлено дошку із написом: «науково-дослідний інститут очних хвороб і тканинної терапії імені академіка В. П. Філатова», а в його робочому кабінеті був створений кабінет-музей академіка Філатова, де і сьогодні все зберігається в такому ж вигляді, яким і було за його офтальмолога.