Мати була котроюсь з доньок прикордонного старости. Михайло народився в Умані, де згодом став старостою, очолив Уманський полк. Ханенко мав трьох синів: один з жінкою знаходився під вартою в Дорошенка, другий на Чорному морі був взятий татарами в полон і відісланий до Константинополя, де його тримали в замку-тюрмі Єдикуле (Семивежний Замок) «Yedikule Zindanları», третій жив у тещі короля Речі Посполитої, вдови Яреми Вишневецького.