А вже 12 вересня 1996 р. Харківське Духовне Училище отримало статус Семінарії. Термін навчання був збільшений на два роки. Ректором Семінарії став Митрополит Харківський і Богодухівський Никодим. Перший випуск у Семінарії відбувся 21 травня 1997 року, коли 26 осіб отримали дипломи про закінчення цього навчального закладу.