З перших днів Другої світової війни на території СРСР частина викладачів та випускні курси студентів пішли на фронт, інститути були відправлені в евакуацію, де продовжували роботу з випуску лікарів, таких необхідних і на фронті, і в тилу. У грудні 1943 року наказом по Наркоматуохорони здоров'я СРСР обидва Харківських медичних інститути об'єднані в один під назвою Харківський медичний інститут Наркомату охорони здоров'я УРСР. 1944 року інститут реевакуювався до Харкова.