Кількість хромосом різних грибів становить 2-28, але більшість видів має 10-12 хромосом. Більші коливання відзначені у розмірах ДНК на гаплоїдний геном: від 0,015 нг у дріжджів Saccharomyces до 8,2 нг у зігомецету Entomophaga, тобто, вміст ДНК відрізняється більш як у 500 разів (у вищих рослин менш ніж у 100 разів). Найменші розміри геному має аскоміцет Aeshbya gossypii — 9,7 млн пар нуклеотидів (у цукроміцетних дріжджів — 13,5 млн, у більшості грибів — 25—40 млн). Це найменший геном серед усіх досліджених еукаріот (менші розміри ДНК мають лише нуклеоморфи деяких водоростей, але вони перебувають в ендосимбіотичних структурах, а не у вільноживучих організмах).