Уперше описав такі клінічні поняття, як «невизначений тип афекту» (при шизофренії), «принцип відповідності» психопатологічних симптомів, деталізував клінічні форми епілепсії та типи епілептичного недоумства, клініку атеросклеротичного галюцинозу, «слідові механізми в психопатологічному симптомоутворюванні», «гострі психопатичні стани», «тріаду Фрумкіна» (при шизофренії). Під керівництвом (консультацією) Я. П. Фрумкіна виконано 9 докторських, 38 кандидатських дисертацій. Його учні очолили кафедри та відділи медичних та науково-дослідних інститутів багатьох регіонів України.