Брат Михайла Олександер Ханенко (1865 — 95; див.) залишив низку історичних розвідок; третій брат Іван Ханенко (1817 — 91) публікував матеріали про Суразький повіт тощо; син Івана Івановича Ханенка, Богдан Ханенко (1849 — 1917) — відомий колекціонер мистецтва, археолог, меценат.