10 грудня 2014 року очолив Міжнародний секретаріат з безпеки та цивільної співпраці між Україною та НАТО. За словами Валентина Наливайченка, Євген Марчук мав представляти й координувати всю діяльність міжнародної співпраці в питаннях безпеки у форматі Україна — НАТО, Україна — ЄС. З травня 2015 року — представник України у підгрупі з питань безпеки Тристоронньої контактної групи на Мінських переговорах щодо ОРДЛО.