Через те, що СДПУ(о) ухвалила рішення підтримати Кучму на президентських виборах 1999 року, Марчук у грудні 1998 року склав із себе повноваження керівника фракції цієї партії в парламенті, а невдовзі взагалі вийшов з її складу і приєднався до депутатської групи «Незалежні». Брав участь у виборах президента України 1999 року, де у першому турі набрав 2 138 356 голосів (8,13 %), посівши 5 місце з 13 претендентів.