Співробітники як могли ховали цінні видання по підвалах, по місту збирали бібліотеки науково-дослідних медичних інститутів, особисті бібліотеки харківських професорів. Після війни групу співробітників бібліотеки нагородили медаллю «За доблесну працю у … 1941–1945 рр.» У 1948 році бібліотека перетворена в Харківську державну наукову медичну бібліотеку, і на даний час в її назві збережено науковий статус – Комунальний заклад охорони здоров'я Харківська наукова медична бібліотека.