Під час німецько-радянської війни інститут евакуйовано до міста Каттакурган Узбецької РСР. В евакуації він продовжив роботу з підготовки спеціалістів-аграрників, розвивалися наукові школи, запроваджувалися досягнення науки у виробництво. У жовтні 1944 р. виш повернувся до Харкова. У складних умовах воєнного часу та відбудови інститут очолював академік АН УРСР, професор О. Н. Соколовський.