У середині XIV століття, коли торгівлю на Чорному морі монополізували генуезці, Херсонес швидко занепав і був знищений татарами (1299 р. — нападом Ногая). Великий князь Литовський Ольгерд розбив кримськотатарське військо в 1363 році поблизу гирла Дніпра та продовжив свій похід у Криму, спустошивши Херсонес і захопивши тут всі цінні церковні предмети. Його наступник Вітовт в 1397 році пішов на Крим, дійшов до Кафи і знову зруйнував Херсонес.