За часів його керівництва внесено суттєві зміни до навчальних програм, запроваджено викладання економічних наук. Зусиллями вченого в 1894 р. відкрито першу в світі кафедру генетичного ґрунтознавства, а сам навчальний заклад здобув світове наукове визнання. Заслугою В. В. Докучаєва було укріплення викладацького складу інституту висококваліфікованими викладачами, запрошеними передусім із Петровської землеробської академії. Серед них: фізіолог і ботанік Є. Ф. Вотчал, лісівники М. М. Орлов і М. М. Бурий, економісти О. Ф. Фотрунатов та О. І. Скворцов, ґрунтознавець М. М. Сибірцев.