Але вже 7 грудня 1937 року на розстрільному списку, в якому було і його прізвище (у 1-й категорії, по Дніпропетровській області, під № 105), з'явилася резолюція: «За» і підписи — «Сталін, Молотов, Жданов». Розстріляний 12 січня 1938 року в Києві. За клопотанням вдови науковця Євгенії Філянської Микола Григорович Філянський реабілітований посмертно 21 листопада 1959 року Військовою колегією Верховного суду СРСР «за відсутністю складу злочину».