Для гетьманської резиденції Могила обрав місто Немирів на Вінниччині. Влітку 1687 року призначив наказним гетьманом полковника М. Булигу. Під час гетьманування Могили у 1686, 1687, 1689 роках за дорученням уряду Речі Посполитої складалися козацькі компути (списки, реєстри).