Віріон має суперкапсидну оболонку (ліпопротеїдну). Характерною особливістю морфології вірусу сказу є наявність глікопротеїнових шипів на ліпопротеїдній оболонці. Нуклеокапсид має РНК-полімеразу. До складу вірусу входить 5 основних протеїнів: