З причини спротиву діям влади Російської імперії в релігійній сфері 2 липня 1780 року Катерина II позбавила його російського підданства. Змушений був виїхати до Речі Посполитої, жив у своїй резиденції в Радомишлі. Після того, як 1781 року був обраний Київським митрополитом (греко-католицьким), нерідко мав конфлікти з російським послом у Польщі, оскільки активно боровся зі зростальним впливом православ'я серед греко-католиків. Розпочав будівництво в Радомишлі греко-католицького митрополичого центру, до якого входили катедральний храм Св. Трійці, митрополичий палац, бібліотека, духовна семінарія і парк. Заснував семінарії в Радомишлі та Житомирі.