Очолював РПО й УЕН голова РНК, до складу його входили серед інших наркоми оборони, воєнної промисловості, шляхів сполучення, фінансів (в УРСР — уповноважені цих союзних наркоматів); пізніше також нарком важкої промисловості та голова Держплану й Держбанку.