В його операх представлені усі тогочасні оперні стилі: опера буффа («Весілля Фігаро», «Дон Жуан» і «Так чинять усі жінки»; opera seria, наприклад Idomeneo; та Singspiel, з яких Die Zauberflöte є найвідомішим прикладом будь-якого композитора. У своїх пізніших операх він використовував тонкі зміни в інструментовці, оркестровій структурі та кольорі тону для емоційної глибини та позначення драматичних змін. Тут взаємодіяли його успіхи в опері та інструментальній композиції: його все більш витончене використання оркестру в симфоніях і концертах вплинуло на його оперну оркестровку, а його тонке використання оркестру для психологічного ефекту в операх, у свою чергу, відбилося в його пізнішому не- оперні композиції.