Скальковський знайшов і зберіг архів Коша Запорозького XVIII століття (нині в Києві), на підставі якого написав низку праць, зокрема «История Новой Сѣчи или последняго Коша Запорожского», тт. І—III (1840; друге видання — 1846, третє — 1885—86; сучасне перевидання — 1994), «Наезды гайдамак на Западную Украйну в XVIII ст. 1733—1768 гг.» (1845); документальні статті з історії Запорожжя та Правобережної України XVIII ст., серед них: «Филипп Орлик и Запорожцы» («Київська старовина», 1882), «Несколько документов из истории гайдамачества» («Київська старовина», 1885) та ін.