У 1918 р. після демобілізації Михайло Іванович повернувся до Харкова та працював на посаді прозектора на кафедрі оперативної хірургії і топографічної анатомії Медичної академії . З 1921 р. М. І. Ситенко — головний лікар Харківського медико-механічного інституту (згодом — Український науково-дослідний інститут ортопедії та травматології ). У 1926–1940 рр. — реорганізатор і директор цього інтитуту ( вже Українського науково-дослідного інституту ортопедії та травматології) і керівник першої в Україні кафедри ортопедії при Харківському інституті вдосконалення лікарів.