У цей час він страждав від депресії, його продуктивність теж знизилася. Основні роботи цього періоду включають останні три симфонії (39, 40, 41) 1788 року і останню з трьох опер Да Понте, «Cosi fan tutte», прем'єра якої відбулася у 1790 році. У цей час Моцарт багато подорожував, сподіваючись поліпшити свій фінансовий стан: навесні 1789 року він відвідав Лейпциґ, Дрезден та Берлін, а у 1790 році побував у Франкфурті, Мангаймі та інших німецьких містах. Ці подорожі мали лише частковий успіх, який не вирішував фінансових проблем Моцарта.