1 січня 1992 Слов'янський інститут було поновлено, він увійшов до складу АН Чеської Республіки. Директором інституту став професор Університету Фрайбурга А.Мєштян. Серед наукових заходів, проведених Слов'янським інститутом спільно зі Слов'янською бібліотекою при Національній бібліотеці Чеської Республіки, — міжнародна конференція «Російська, українська і білоруська еміграції в Чехословаччині між двома світовими війнами: Результати і перспективи проведених досліджень: Фонди Слов'янської бібліотеки і празьких архівів» (серпень 1995), ювілейні конференції, присвячені 75-річчю заснування Українського вільного університету (листопад 1996) та 80-річчю Музею визвольної боротьби України (жовтень 2005), в яких взяли участь історики України та української діаспори.