Від Чорного моря відокремлений вузьким Перекопським перешийком. Чонгарський півострів розділяє затоку на східну і західну частини. Дно Сивашу вкрите потужним шаром мулу завтовшки місцями до 10—15 м. Солоність від 22 ‰ (на півночі) до 87 ‰ (на півдні).