Після цього Микола Васильович одружився з гувернанткою Софією, з якою прожив до самої своєї смерті. Долі дітей і другої дружини Миколи Скліфосовського виявилися трагічними: син Борис помер у дитинстві, син Костянтин помер у 16 років через туберкульоз нирок, син Володимир покінчив життя самогубством теж у 16 років, син Микола загинув на Російсько-японській війні, син Олександр пропав безвісти у Громадянську війну, донька Софія, як припускають, втопилася в річці,