1449 року Богдан ІІ, батько Штефана, захопив молдавський трон за допомоги угорського магната-воєводи Яноша Хуняді. Проте вже в жовтні 1451 року Богдан загинув на учті від убивць, підісланих його братом Петру III Ароном, який перехопив престол. Рятуючись від дядька-вбивці малолітній Штефан був змушений шукати притулку в Угорщині.