401 до н. е. в першій же битві при Кунаксі поблизу Вавилона Кир Молодший був убитий, але грецьке військо, в якому було 13000 найманців, здобуло перемогу. Після зрадницького вбивства персами всіх грецьких стратегів, Ксенофонт був обраний серед нових провідників, які мали вивести греків з ворожого оточення (див. Похід десяти тисяч). Після восьмимісячного походу греки вийшли до узбережжя Чорного моря, втративши третину війська. Частина перейшла до фракійського царя Севта, а Ксенофонт з вірними йому людьми пристав на службу до спартанців, і з 399 до н. е. брав участь у війні з персами в Малій Азії.