Третім твором Аполлодора був великий (12 книг) коментар до так званого «списку кораблів» з ІІ книги «Іліади» Гомера, відомий в основному з великих цитат у Страбона, що дозволяють побачити як скрупульозну точність роботи філолога, так і здоровий глузд, що утримав Аполлодора від алегоричної інтерпретації в дусі Кратета із Малла.