Сучасний прапор міста прийнятий 8 червня 1992 внесений до Державного геральдичного реєстру Російської Федерації з присвоєнням реєстраційного номера 49. На гербі і прапорі Санкт-Петербурга зображені: скіпетр як символ столиці та імператорської влади, морський якір як символ морського порту і річковий якір як символ річкового порту. Прообразом послужив герб Ватикану, як міста Святого Петра.