З розгортанням громадянської війни та встановленням на Далекому Сході колчаківської влади Стешка, як кадрового військового, було покликано на службу та підвищено — отримав звання полковника й посаду помічника військового прокурора Приамурського військового округу. В лютому 1920 р., після поразки білогвардійців, Ф. Стешко разом з частинами чехословацького корпусу морем виїхав до Європи.