Вони поділялися на провінціальні суди (сільські, сотенні, полкові), при чому кожний вищий суд був апеляційною інстанцією для нижчого, та на центральні суди: Генеральний Військовий суд, Генеральна Військова Канцелярія і суд гетьмана. Генеральний Військовий суд, що існував при гетьманській резиденції, був спершу найвищим судом країни, але згодом допускалися апеляції від нього до Генеральної Військової Канцелярії, яка, на додаток до апеляційного суду, була судом першої інстанції для генеральної старшини, полковників, бунчукових товаришів і гетьманських «протекціоністів». Суд гетьмана виникає з його прероґатив як зверхнього судді держави з правом судити усі справи в першій або апеляційній інстанції. У системі судів того часу діяли також міські, сільські, домініальні і духовні суди.