Біологічне споживання кисню протягом п’яти діб (БСК5) для окислення органічних речовин, які містяться у воді р. Шостки в аеробних умовах змінювалося від 0,78 (12.05.2009) до 62,2 (10.07.1967) мгО2/дм³. Граничнодопустимий рівень БСК5 у водоймах рибогосподарського призначення 2,25 мгО2/дм³, для водойм господарсько-побутового й питного призначення - 3, гранична межа 3 категорії екологічної оцінки – 2,1 мгО2/дм³. У 59,65 % проб води БСК5 перевищувало ГДК для водойм господарсько-побутового й питного призначення і 79,78 % проб – граничну межу 3 категорії екологічної оцінки.