Після закінчення гімназії в 1904 р. С. І. Руденко вступив на природне відділення фізико-математичного факультету Імператорського Санкт-Петербурзького університету. У 1908 р. опублікував у Паризькому журналі «» свою першу статтю «Перекази і казки башкир». У тому ж році майбутній учений уперше взяв участь в археологічній експедиції, що займалася розкопками Мезинської палеолітичної стоянки.