На відміну від близьких до Запорожжя південних полків у Стародубському полку міцні позиції займала українська шляхта і козацька старшина. На території полку знаходилося багато міст, які мали магдебурзьке право (Стародуб, Почеп, Погар, Мглин, Новгород-Сіверський). Великими земельними угіддями на території полку володіла Києво-Печерська лавра. Після церковної реформи патріарха Никона у Московській державі у кінці 1660-х років на території Стародубського та сусіднього Чернігівського полків виникло 16 слобід переселенців-старообрядців (розкольників).