У результаті з 2000 року по 2006 рік, за даними «Бецелем», загинуло 4281 палестинців, з них 2038 — цивільні особи, тисячі людей були поранені і залишилися без даху над головою. Удари наносилися також по установах Палестинської Адміністрації та станціям палестинської поліції, багато міст, що раніше були передані під управління Палестинської автономії, були реокуповані ЦАГАЛом. Ізраїль звинуватив владу ПА в підтримці та організації терору. З весни 2002 року та до своєї смерті з невідомих причин восени 2004 року президент Палестинської автономії Ясир Арафат перебував під домашнім арештом у своїй резиденції в Рамаллі.