Полковий центр — місто Ніжин (тепер Чернігівської області). Сотні За час існування до Ніжинського полку входило 55 сотень. А саме: Батуринська (1654—1782), Бахмацька (1654—1782), Березанківська (1648—1654), Березнянська (1654—1672), Бобівська (1654—1663), Борзнянські дві (1654—1782), Веркіївська (1654—1782), Волинська (1654—1663), Воронізька (1654—1663; 1665—1668; 1669—1782), Глухівська (1654—1663; 1665—1782), Дівицька-Володькова (1654—1658), Дівицька-Салтикова (1654—1782), Дроківська (1654—1663), Заньківська (1758—1782), Івангородська (1654—1782), Киселівська (1654—1663), Кобижчанська (1654—1663), Конотопська (1654—1782), Коропська (1654—1663; 1665—1668; 1669—1782), Кролевецька (1654—1663; 1665—1668; 1669—1782), Кустівська (1654),