Він наказав у 1525 році піддати тортурам і стратити Куаутемока, останнього правителя ацтеків, а також мав намір зробити похід на Кубу і розправитися з Веласкесом (той помер у 1524 році). Такі непродумані рішення спонукали короля Карла V усунути Кортеса з посади, і через місяць після повернення його з походу в Гондурас, в кінці червня 1526 року в Мехіко прибув Хуан Понсе де Леон II (син першовідкривача Флориди), що раніше викривав злочини Кортеса і отримав призначення на посаду губернатора Нової Іспанії. Втім, через дуже короткий час новий губернатор помер (надалі Кортеса звинувачували в його отруєнні), наступні правителі, Маркос де Агіляр і Алонсо де Естрада також ставилися до Кортеса неприязно, і в кінці 1527 року Кортес був змушений покинути Мексику, прибути в Іспанію та дати звіт про свою діяльність.