Кортес зробив спробу захопити алжирського пашу Хайретдина Барбароссу, але сильний шторм ледь не знищив увесь іспанський загін. Похід виявився вкрай невдалим у військовому відношенні, і залишив Кортесу багато боргів, оскільки він споряджав експедицію на власні кошти. У 1544 році Кортес навіть подав позов королівському казначейству, але судові розгляди затяглися аж до 1547 року і не дали результатів. Кортес намагався повернутися до Мексики, але заразився на дизентерію, і помер поблизу Севільї, 2 грудня 1547 року в містечку Кастільєха-де-ла-Куеста у віці приблизно 62 років.