Єпархія отримала право називатися «Естонська Православна Церква». Єпископ Корнилій став предстоятелем Естонської Православної Церкви з титулом «Талліннський і всієї Естонії». 29 квітня 1993 в Пюхтицькому Успенському монастирі під головуванням патріарха Московського відбувся Собор Естонської Православної Церкви. На Соборі було вирішено відновити найменування «Естонська Апостольська Православна Церква», а також розробити новий Статут, прийнявши за основу Статут ЕАПЦ від 1935 року, і подати його на державну реєстрацію.