Папа Климент XIII приєднав всю колекцію братів Ассемані, що становила зокрема 202 сирійсько-халдейських, 180 арабських і 6 турецьких манускриптів. Наполеонівські війни стали фатальними для фондів бібліотеки: 1797 року 500 манускриптів було конфісковано французькою директорією. Проте 1815 року більшу частину вивезеного, за винятком 36 манускриптів, вдалося повернути до Ватикану. Бібліотека в XIX і XX століттях