Повністю вченого реабілітували в 1957 р. Під час свого ув'язнення С. І. Руденко досліджував елементи озерної хвилі та їх вплив на захисні споруди. За вдалі розробки в цій області його перевели у відділ гідрології Біломоро-Балтійського комбінату, де він вивчав режим р. Тулома. Результати своєї наукової діяльності в цій галузі Сергій Іванович представив як дисертацію на здобуття наукового ступеня доктора технічних наук.