Тоді ж Кароль стає студентом підпільної духовної семінарії, де розпочинає таємне приготування до священства. Його праця у «Сольвеї» та богословські студії тривали до нещасного випадку на початку 1944 року, коли він, збитий машиною, місяць пробув у лікарні.