Згодом стан манускриптів став погіршуватися зокрема через корозію чорнила. З ініціативи Франца Ірлі, префекта бібліотеки (1895 — 1914), 1898 року була організована міжнародна конференція, на якій обговорювалися нові методи реставрації рукописів. Нова лабораторія з реставрації була заснована 1890 року за папи Лева XIII (сьогодні лабораторія розташована в музеї К'ярамонті). У сучасній лабораторії кожна фаза реставраційних робіт супроводжується складанням точних карт і цифрових фотографій.