Зареєстрована ЕАПЦ проголосила себе правонаступницею довоєнної ЕАПЦ через правонаступництво Синоду в вигнанні, тому саме ця церква могла, відповідно до естонського законодавства, претендувати на майно, що належало ЕАПЦ до 1940 року. Незабаром права ЕАПЦ на майно були підтверджені і в судовому порядку.