Таким був перший в СРСР Інститут біології, морфології й експериментальної медицини ім. І. І. Мечникова в Харкові, де він обіймав посаду заступника директора з наукової роботи (з 1930 р.) . Помер В. Я. Рубашкін 24 червня 1932 р. після тривалої та важкої хвороби (склерозу вінцевої артерії серця) . Похований у Харкові на кладовищі № 2 . Наукова праця