Проте існування цієї Церкви починається після нападу монголів на Київ у 1240, коли загинув київський митрополит Іосиф, а в 1299 київський митрополит Максим переніс свою резиденцію (церковно-слов'янською — «сидалище») поближче до володарів Золотої Орди, до Владимира на Клязьмі, у ці часи засновується Сарайська єпархія, навертаються до православ'я ординські князі та знать. Митрополит Максим, хоча мав катедру у Володимирі на Клязьмі, але зберіг за собою титул Митрополита Київського й усієї Руси. Наступні митрополити перебували у Москві, що стала центром збору дані в ординському улусі. Разом із зміцненням Московії її митрополити намагалися позбутися залежності від Вселенськогого патріархату Константинополя, у юрисдикції якого й далі залишалася Київська митрополія.