За ці й інші заслуги митрополит Іпатій Потій 1609 чи 1611 р. іменував Рутського Свято-Троїцьким архимандритом, а 16 червня 1612 року видав привілей про возведення архимандрита Свято-Троїцького монастиря на єпископа Галицького і надання йому титулу «надворного владики» — керівника всієї церковної адміністрації. На посаді архимандрита не раз обороняв монастир від нападок православних жителів Вільна, які намагались повернути монастир у своє підпорядкування. Одного разу на нього навіть було вчинено замах, який здійснив віленський православний міщанин Максим Шембель, однак йому вдалося вижити. До заслуг Рутського належить і прилучення до унійної церкви Мінського Вознесенського монастиря, на що було отримано королівський привілей Сигізмунда ІІІ Вази 30 березня 1613 року.