До складу ефірної олії входять кетони (метилгептилкетон, мєтилгексилкетон, метилоктилкетон, метилнонілкетон, альфа-нонанон та ін.), на які припадає 90 % від її загального складу, пінени, метилсаліцилат, альфа-нонілацетат, лимонен, цимол, бензальдегід, мірцен, елімол, ундеканон, цимен, цинеол, кумінальдегід, цитронелол, карвакрол, гваякол, линалоол, капронова, капралова, пальмітинова та анісова кислоти, ундециловий спирт та інші аліфатичні спирти. Крім алкалоїдів і ефірної олії, у траві рути є фурокумарини і кумарини (бергаптен, псорален, ксантотоксин, рутарин, рутамарин, рутаретин, ізоімператорин, ізопімпінелін, умбеліферон, герніарин, скополетин, рафноретин та ін.), флавоноїдний глікозид рутин, лігнан савінін, гравеоленова кислота, акроніцин, смолисті та інші речовини.