Несприйняття Михайла Грушевського з боку керівництва ВУАН (Сергія Єфремова, Агатангела Кримського) впливало й на оцінку постаті та діяльності Федора Савченка як його довіреної особи. У 1924—1928 рр. — науковий співробітник, у 1928—1930 рр. — дійсний член Науково-дослідної кафедри історії України у Києві.