Коли в 1602 році помер ректор Віленської уніатської семінарії Петро Федорович, після настійливих прохань віленського католицького єпископа Бенедикта Войни, митрополит Іпатій Потій призначив Рутського на вакантну посаду. 1605–1606 рр. побував з папським леґатом Павлом Симеоном у Москві, де пропонував цареві Дмитру Самозванцю скеровувати московських юнаків на навчання у Велике князівство Литовське, тоді ж разом з леґатом Павлом невдало спробував здійснити подорож у Персію, згодом знову подався до Риму, щоб вручити новому папі Павлові V програму з'єднання церков.