У 1948 році завершує працю над докторатом і повертається до Польщі, де виконує функції вікарія парохії села Неговіце, а потім в одній із міських парохій Кракова. 1949 року Кароль Войтила у Кракові починає працювати з університетською молоддю та медиками у парохії святого Флоріана, а в 1950 році готує свої перші публікації. 1951 року бере дворічну відпустку, щоб підготуватися до університетських викладів.