Майже весь її єпископат, значна частина священників, ченців і активних мирян були розстріляні або заслані до таборів; богословські школи й інші форми релігійного навчання, крім приватного, були заборонені. Основним інструментом проведення партійної політики щодо Патріархії РПЦ було 6-е відділення ОГПУ, очолюване Євгеном Тучковим, який проводив політику роз'єднання і підпорядкування органам ОГПУ єпископату та інших осіб духовенства і мирян.