У 1836 році останки перенесли до спеціальної крипти в тому ж місці. У 1947 році останки розкрили та дослідили в Національному музеї антропології, дослідження підтвердили їх ідентичність Кортесу. Востаннє його останки перепоховали в 1981 році після погрози індіанської націоналістичної групи знищити їх. З тих пір, за наказом президента Хосе Лопеса Портільо, місце поховання Кортеса засекречене.