У той же час без згоди Константинопольського та інших східних патріархів самостійне проголошення московського митрополита патріархом було б незаконним. Якщо царя на Москві можна було поставити самостійно, силою і авторитетом православної держави, то засновувати патріархат без попереднього рішення цього питання пріоритетними катедрами було неможливо. Історичні обставини склалися сприятливо для завершення програми автокефалії Московської церкви через встановлення патріаршества лише до кінця XVI ст., в правління царя Федора Івановича. Важливу роль в переговорах з цього питання зіграв фактичний правитель Московії того часу — брат цариці Ірини Борис Годунов, майбутній цар.