Фонди бібліотеки налічують близько 1 600 000 друкованих книг, 150 000 манускриптів, 8 300 інкунабул, більш 100 000 гравюр та географічних карт, 300 000 монет та медалей. До структури бібліотеки входить Ватиканська школа бібліотекарів та лабораторія з реставрації та відтворення важливих манускриптів (факсиміле). З липня 2007 бібліотеку було тимчасово зачинено на реконструкцію та знову відкрито для відвідувачів з вересня 2010. Історичні періоди Вчені традиційно поділяють історію бібліотеки на п'ять основних періодів: