Патріарх Вартоломій I закликав РПЦ визнати митрополита Стефана в якості єдиного канонічного і законного першоієрарха Естонської Православної Церкви. Але Московська патріархія, вважаючи Естонію виключно своєю «канонічною територією», не визнала митрополита Стефана главою Естонської Церкви і відмовилася вступати з ним в будь-які офіційні відносини. Так, у серпні 2000 року Ювілейний Архієрейський Собор РПЦ підкреслив, що він (Собор) «… не вважає за можливе позитивно відповісти на пропозицію священноначалія Константинопольської Православної Церкви про визнання Російською Православною Церквою канонічного статусу автономії за церковною юрисдикцією Константинопольського Патріархату, яка присутня в Естонії з 1996 року, оскільки визнання за нею т кого статусу не відповідає в повній мірі історичного розвитку і сучасного стану Православ'я в Естонії.» Крім того, Собор постановив: