Так почалася історія Секретного архіву, розташованого за брамою Св. Анни. У XVII столітті зародилася традиція передавати до Ватиканської бібліотеки приватні колекції та королівські зібрання. Так, фонди бібліотеки значно поповнилися 1623 року, коли курфюрст Баварії Максиміліан I подарував папі Григорію XV більшу частину захопленої ним Гайдельберзької бібліотеки (так звана — Палатинська бібліотека) на знак подяки за допомогу в Тридцятирічній війні. 1815 року з Палатинської бібліотеки було повернуто до Гайдельберга 38 латинських та грецьких манускриптів, а також манускрипти з історії міста німецькою та латиною.