Бібліотека папи Боніфація VIII містила кодекси, прикрашені мініатюрами, зокрема 32 грецькі манускрипти із зібрання Фрідріха II. У вересні 1303 року частина його зібрань зазнала розграбування. 1310 року папа Климент V наказав перенести 643 особливо цінні рукописи до Ассізі, але 1319 року на місто напали гібеліни, внаслідок чого багато документів з цієї колекції також було загублено.