З 1931 р. він працював доцентом, а з 1935 р. — професором кафедри епідеміології Київського інституту удосконалення лікарів, де в подальшому він очолив цю кафедру. У 1939 р. водночас Сергій Никифорович був обраний на посаду завідувача кафедри епідеміології Київського медичного інституту, де плідно працював до 1948 року. Продовжував завідувати кафедрою епідеміології Київського інституту удосконалення лікарів до 1958 року, коли перейшов на роботу завідувачем вірусологічного відділу Українського інституту епідеміології та мікробіології, де працював аж до самої смерті.