Проте, пакунки для Ubuntu і Debian не обов'язково сумісні один з одним. Деякі розробники Ubuntu займаються також і ключовими пакунками Debian, тому вносять зміни до обох проєктів. У квітні 2005 засновник Debian Іан Мердок критикував Ubuntu за несумісність пакунків із Debian, кажучи, що Ubuntu дуже далеко відхилився від Debian Sarge, щоб залишитися сумісним.