Для підготовки до цього він навчався на курсі геології преподобного Адама Седжвіка, а опісля відправився з ним влітку на картографування порід в Уельсі. Через два тижні, повернувшись після нетривалої геологічної поїздки по Північного Уельсу, він знайшов лист від Генслоу, в якому той рекомендував Дарвіна як відповідну людину на неоплачувану посаду натураліста капітану «Бігля», Роберту Фіцрою, під чиїм командуванням через чотири тижні повинна початися експедиція до берегів Південної Америки. Дарвін готовий був тут же прийняти пропозицію, проте його батько заперечував проти такого роду пригоди, оскільки вважав, що дворічний вояж — це не що інше, як марна трата часу. Але своєчасне втручання його дядька Джозайя Веджвуда II схилило батька дати згоду.