З Гантером Дженнер засвоїв хірургічну техніку і, що важливіше, використання наукового методу, який його інструктор узагальнив так: «Нащо думати; чому б не спробувати експеримент?» Дженнер також був помічником Гантера з анатомії, препарував зоологічні зразки, привезені Джозефом Бенксом під час першого плавання з капітаном Джеймсом Куком у 1772 році. Тісна дружба між учнем і вчителем тривала до того, як Гантер помер від стенокардії в 1793 році. Дженнер зробив клінічні спостереження щодо стенокардії, але не опублікував того, що стосувалося Джона Гантера, який, як він знав, що страждає на цю хворобу.