Він також був у конфлікті з Алмейдою, бо відлучився зі служби без дозволу командування, і Алмейда подав рапорт на нього до португальського двору з негативною характеристикою, через що Магеллан потрапив у немилість короля Мануела I і той відмовив йому в підвищенні платні.