Гете вперше описав міжщелепну кістку людини, установив подібність у будові черепа людини й тварини, створив т. зв. хребетну теорію походження черепа, експериментально довів уплив середовища на будову й забарвлення квітів, запровадив науковий термін «морфологія» — вчення про форму («Про метаморфози рослин», 1790; «Вступ до порівняльної анатомії», 1795).