Спираючись на допомогу козацтва, Київське Богоявленське братство широко розгорнуло свою діяльність, стало значною перешкодою для запровадження унії в Україні. греко-католицький митрополит писав, що Київське Богоявленське братство, засноване без королівського привілею, веде активну боротьбу проти греко-католиків і, якщо воно не буде скасоване, то «важко думати про щось добре». З ініціативи Київського Богоявленського братства в Україні було відновлено православну церковну ієрархію, ліквідовану після проголошення Берестейської церковної унії 1596 року.