У серпні 1989 році переміг на президентських виборах у Південній Африці. У лютому 1990 року скасував заборону на діяльність Африканського національного конгресу, опозиційного руху, і звільнив з ув'язнення його лідера, Нельсона Манделу. У 1991 році де Клерк анулював всі закони расової дискримінації. У 1993 році він і Мандела домовилися сформувати уряд національної єдності.