7 квітня моряки дістались до острова Себу. Магеллан організував там постій, прагнучи навернути місцеве населення до християнської віри. Незабаром, можливо занадто покладаючись на силу володіння вогнепальною зброєю, він взяв участь у конфлікті між місцевими правителями. 27 квітня 1521 під час одного з боїв на острові Мактан, жителі якого відмовились платити данину іспанській короні, Магеллана убили разом з частиною його товаришів.