Деякі типові елементи молекул часто позначають особливим чином, наприклад, гідроксильну групу завжди ставлять в кінець формули, і, якщо їх кілька, то їх виділяють окремо, наприклад, CH3COOH (оцтова кислота) або Ba(OH)2 (гідроксид барію). Також у формулах дужками виділяються мономерні складові полімерів. У 1991 році було запропоновано використовувати символ «@» у хімічних формулах, щоб позначати атоми, що замкнені всередині ендоедральних фулеренів.