Від першого шлюбу у нього було 8 дітей, з яких вижили дві дочки, майбутні королеви Марія II та Анна, а всі 4 сини і ще 2 дочки померли в дитинстві. Від другого шлюбу народилось 7 дітей, з яких також вижили двоє: син Яків «Старий претендент» і дочка Луїза Стюарт (померла у віці 19 років від віспи), яка народилася вже у Франції. Законне потомство Якова II припинилось у 1807.