За словами самого Дарвіна, дні, проведені в Единбурзі, посіяли в ньому сумніви в догматах англіканської церкви. У цей час він старанно читав богословські книги і врешті переконав себе в прийнятності церковних догматів і готувався до вступу. Під час навчання в Единбурзі він забув деякі основи, необхідні для вступу на теологію, займався з приватним викладачем в Шрусбері та поступив у Кембридж після різдвяних канікул на початку 1828 року.