Проте в секретних наказах, отриманих Куком, йому наказувалося негайно після завершення астрономічних спостережень вирушати в південні широти на пошуки так званого Південного материка (також відомого як «Terra Incognita»). Якщо врахувати, що між світовими державами йшла запекла боротьба за нові колонії, дуже вірогідним є припущення, що астрономічні спостереження служили Британському Адміралтейству ширмою для прикриття пошуку нових колоній. Також метою експедиції було визначити береги Австралії, особливо її східне узбережжя, яке було взагалі недослідженим. Склад експедиції Називають причини, які вплинули на вибір Адміралтейства на користь Кука: