У віці 12 років Магеллан став пажем короля Жуана II і королеви Елеонори при королівському дворі в Лісабоні, куди його брат потрапив на два роки раніше. Тут, зі своїм двоюрідним братом Франсишку Серраном, Магеллан продовжив освіту, цікавився географією та історією.