Бекон послідовно піддав критиці філософію як форму споглядання і пропагує філософію, як науку про реальний світ, що базується на дослідному пізнанні. Такою позицією він, власне, висловив нову фундаментальну ідею, що лягла у фундамент сучасного природознавства, об'єктивного пізнання дійсності. Його творчість у багатьох місцях пронизана компромісом концепції «двоїстої істини», тобто істини «одкровення», істини про Бога (теологічної істини) та істини філософської, тобто істини, відкритої в науковому пізнанні.