В X—XI століттях орден зазнав кількох істотних реформ: почали з'являтися конгрегації монастирів, від бенедиктинців відбрунькувалися ордени камальдулів та цистерціанців, була проведена реформа чернечого життя, т. зв. Клюнійська реформа (за назвою абатства Клюні). У XIII столітті виникли нові ордени домініканців та францисканців, змінилася структура європейського суспільства, що зумовило початок занепаду ордену бенедиктинців. Ще більше посилився цей занепад у ході Реформації та секуляризації XVIII століття.