Однак через три місяці після прибуття да Гама захворів на малярію і напередодні Різдва 1524 року помер у місті Кочі. Відповідно до королівського наказу, наступником да Гами на посту губернатора Індії став один з капітанів, які прибули з ним, Енріке де Мінезіш. Сини Васко втратили свої пости і приєдналась до флоту, що повертався на початку 1525 року.