Викопні кістки новозеландського пелікана вперше було знайдено біля озера Грасмере в окрузі Мальборо (північно-західна частина Південного острова Нової Зеландії) в 1930 році, а потім в чотирьох місцях на Північному острові: півострів Карікарі, острів Мотутапу, озеро Вайкаремоана, озеро Поукава. Загалом Новозеландський пелікан анатомічно схожий на сучасного Австралійського пелікана, але його таз був ширший та міцніший. Це, а також деякі додаткові деталі скелету, переконали зоологів у тому, що Новозеландський пелікан не є підвидом Австралійського, і в 1981 році він був визнаний окремим зниклим видом птахів.