Але його хвилювали наукові проблеми. Під час перебування членом ради Триніті-коледжу з 1852 року Максвелл займався експериментами з теорії кольорів, виступаючи як продовжувач теорії Юнга і теорії трьох основних кольорів Гельмгольца. У експериментах зі змішування кольорів Максвел застосував особливу дзиґу, диск якої був розділений на сектори, забарвлені в різні кольори (диск Максвелла). При швидкому обертанні дзиги кольори зливалися: якщо диск був зафарбований так, як розташовані кольори спектру, він здавався білим; якщо одну його половину зафарбовували червоним, а іншу — жовтим, він здавався помаранчевим; змішування синього і жовтого створювало враження зеленого.