Виходячи в море, Нельсон узяв з собою Джошуа — її сина від першого шлюбу. Ведучи вперту боротьбу з контрабандою, він не раз вступав у конфлікт з вищими начальниками, вимагаючи від них суворого дотримання законів. Нажив собі таким чином чимало ворогів серед чиновників Адміралтейства, після повернення до Королівства Великої Британії його фактично відлучили від флоту і він, живучи в селі, цілих п'ять років чекав нового призначення. Однак початок французьких революційних війн дозволив йому повернутися на службу, де він особливо відзначився активними діями у Середземномор'ї.