Однак його чеський колега хотів ще більш централізованої Чехословаччини, ніж це було 1992 року, або централізації двох окремих країн. Оскільки ці дві концепції були непримиренними, Мечіар і Клаус домовилися (після напружених переговорів, але без консультацій з населенням на референдумі) 23 липня у Братиславі щодо розпуску Чехословаччини та створення двох незалежних держав. У результаті 1 січня 1993 року Мечіар і Клаус стали прем'єр-міністрами двох незалежних держав. Мечіар також виступав проти шокової терапії вільного ринку, запропонованої Прагою та партією Клауса для всієї Чехословаччини.