Із початком Перебудови і Гласності в середовищах Системи з'являються спроби переосмислити ідеологію — маніфест «Хиппи от Системы к Богу» Генерала, Сталкера і Вороб'я (Москва, 1986) та інші. Процеси демократизації в СРСР призвели до виходу Системи з підпілля і, як наслідок, до її розпаду.