Ще близько 100 років тому переважна більшість населення становили мусульманські народи моро, однак протягом XX століття острів був поступово колонізована вихідцями з інших районів Філіппін, свою роль в зниженні відсотка мусульман зіграли також політика їх хрещення і вища народжуваність у християнському середовищі. На даний момент мусульмани становлять 20-25 % населення острова, відносини їх з християнською більшістю залишаються напруженими. У 1989 році був створений Автономний мусульманський регіон Мінданао, куди увійшло більшість районів з мусульманською більшістю, у 2001 році його межі були розширені за підсумком референдуму.