Шишкоподібний орган, котрий містить нейрони та фоторецептори, розташований на дистальному кінці шишкоподібного тіла і є частиною епіталамусу. У багатьох видів шишкоподібний орган є чутливим до світла, що проникає через кістки черепу, і може виконувати багато специфічних функцій, в тому числі регуляцію добових ритмів активності. Зоровий нерв (ІІ пара черепно-мозкових нервів), котрий йде до мозку від сітківки ока, входить в проміжний мозок і надсилає волокна в таламус, гіпоталамус та середній мозок.