Після закінчення аспірантури був відкликаний для роботи в органах внутрішніх справ, де пройшов шлях від молодшого офіцера оперативних підрозділів по боротьбі з організованою злочинністю МВС СРСР, УМВС України в Харківській області, до начальника Управління Державної служби охорони при УМВС України в Сумській області, а потім очолив Управління Державної служби охорони при ГУМВС України в Харківській області зі спеціальним званням — полковник міліції. Після звільнення з системи МВС України, Мазепа М. М. очолив Харківський науково-дослідний інститут козацтва. Внесок у розвиток козацтва України