2001 року обраний головою БСП і парламентської фракції «Коаліція за Болгарію», замість обраного президентом Болгарії Георгія Парванова. Вигравши парламентські вибори 2005, Станішев очолив уряд, до складу якого входили представники БСП, Руху за права і свободи та партії колишнього прем'єр-міністра Симеона Сакскобургготського.