До його складу входять організми різних трофічних груп: продуценти (водорості, квіткові рослини, хвощі); детритофаги, що споживають рештки відмерлих тварин та рослин; хижаки, що споживають менших тварин; редуценти, що беруть участь в розкладенні детриту до мінеральних речовин. Для прісноводного бентосу звичайні діатомові водорості, личинки одноденок, волохокрильців і хірономід, олігохети, перловиці та інші види двостулкових молюсків, ракоподібні. Бентос бере участь у формуванні відкладень органічних речовин на дні водойм — сапропелю. На різних ґрунтах склад бентосу може сильно відрізнятись.