Місто було засноване в 1595 році. Засновником міста вважається Могила Ієремія, що побудував на цьому місці свій замок і що пізніше подарував ці землі своєму зятеві, Стефану Потоцькому. У подяку за це і на згадку тестеві останній назвав місто Могилевом. Надалі місто носило ім'я Могилів на Дністрі і лише за радянських часів одержало свою теперішню назву — Могилів-Подільській.