На рівнинних ділянках заповідника розташовані справжні різнотравно-типчаково-ковилові степи, у підніжжя гранітних гряд розвиваються кам'янисті степи, на гранітах поширена скельна рослинність, у долині річки Каратиш — лучно-болотна, а місцями й деревинно-чагарникова.