Гетьманському уряду вдалось відновити контроль над більшістю територій, але під московським контролем залишалось близько 10 українських міст. Завершальний етап війни (кінець березня — початок серпня 1659 р.) почався з походу в Україну московської армії на чолі з князем Трубецьким наприкінці березня. 18 квітня 1659 року — московське військо підходить до Конотопа. У Конотопі тоді перебувала найбоєздатніша на Лівобережжі частина гетьманських військ — три козацькі полки (Ніжинський, Чернігівський та Кальницький) на чолі з сіверським наказним гетьманом Григорієм Гуляницьким.