Але через таку особливість, як мілководдя, та обмежений приплив від навколишніх річок і велику площу поверхні по відношенню до його об'єму, озеро було дуже вразливим до кліматичних змін та кількості опадів. Це підтвердили шурфи породи, що дістали з його дна, які й показали, що озеро Вікторія висихало повністю три рази в своїй історії, ці цикли висихання, ймовірно, пов'язані з минулими льодовиковими періодами, (існують геологічно підтверджені випадки, коли опади скорочувалися в усьому світі, останній раз це було приблизно 17 300 років тому, і знову воно заповнилося лише на початок 14 700-х років).