Оскільки плоди горобини чорноплідної посилюють виділення шлункового соку, їх не рекомендують вживати при виразковій хворобі шлунка і дванадцятипалої кишки. Протипоказані сік і ягоди рослини при підвищеному зсіданні крові, зокрема у разі флебіту та тромбофлебіту.