Хімічні синапси можна класифікувати за їх розташуванням і приналежності відповідним структурам: периферичні нервово-м'язові нейросекреторні (аксо-вазальні) рецепторно-нейрональні центральні: аксо-дендритні — з дендритами, в тому числі аксо-шипикові — з дендритними шипиками, виростами на дендритах; аксо-соматичні — з тілами нейронів; аксо-аксональні — між аксонами; дендро-дендритні — між дендритами; Залежно від медіатора синапси поділяються на: амінергічні, що містять біогенні аміни (наприклад, серотонін, дофамін); у тому числі адренергічні, що містять адреналін або норадреналін; холінергічні, що містять ацетилхолін; пуринергічні, що містять пурини; пептидергічні, що містять пептиди.