У листопаді 1943 року, після відступу німецьких військ, його заарештовано СМЕРШ, військовою контррозвідкою Народного комісаріату оборони, і засуджено до 8 років ув'язнення і 4 років заслання із формулюванням «за участь в українській націоналістичній діяльності», хоча насправді батько Віктора Медведчука підтримував політику колабораціонізму (співпраці із німецькими окупантами): за його участі було вивезено понад 2 тисячі українців до Німеччини як рабів організації «Arbeitstamt». Історик Дмитро Чобіт схиляється до думки, що Володимира Медведчука працівники НКВС змусили назвати себе членом ОУН під впливом тортур і залякування. Заслання відбував в селищі Почет Красноярського краю.