У 1735 році у віці 28 років він став доктором медицини. Цього ж року опублікував свою основну працю під назвою «Система природи» («Systema Naturae»), що уславила його ім'я. Ця праця за життя Ліннея витримала 12 видань; щоразу автор доопрацьовував її, уточнював та доповнював.