Як і в міжнейронних, в нервово-м'язевих синапсах МПВ формують впорядковані гексагональні структури. Кожна з таких гексагональних структур може бути визначена як «синаптомер» — тобто структура, яка є елементарною одиницею в процесі секреції медіатора. Синаптомер містить, окрім власне порових заглиблень, протеїнові нитчаті структури, які утримують везикули лінійно впорядкованими; існування аналогічних структур доведено і для синапсів в центральній нервовій системі (ЦНС).