Колишні співробітники ФСБ стверджували, що існують докази причетності до цих вибухів ФСБ (затримання її співробітників, що готували теракт у Рязані), керівником якої був Путін. Про це писав колишній працівник ФСБ Олександр Литвиненко в книзі «ФСБ взрывает Россию», вбивство якого пов'язують саме з ФСБ. В. Путіна підозрюють в організації спецоперації з ліквідації керівництва Польщі 10 квітня 2010 року. Є вказівки на взаємодію Аль-Каїди із спецслужбами Російської Федерації.