Функції змішаних синапсів вивчено недостатньо. Змішані синапси вперше були виявлені 1963 року в гангліях курки, а надалі — майже винятково в нервовій системі риб. Але у 1990-ті роки такі синапси знайшли в спинному мозку щурів, а надалі й у корі великих півкуль та гіпокампі.