Наприклад, ендогенними лігандами опіатних рецепторів, зв'язування з якими обумовлює специфічний ефект похідних опійного маку та синтетичного наркотику метадону, є речовини білкової природи — ендорфіни. Ендогенними лігандами бензодіазепінового сайту (місця зв'язування) ГАМКА-рецептору, з яким зв'язуються синтетичні транквілізатори (такі як феназепам та діазепам) є особливі білки — ендозепіни. Ендогенним лігандом канабіноїдних рецепторів, з якими зв'язуються алкалоїди коноплі, є речовина анандамід, яка виробляється в організмі з арахідонової кислоти.