Для типу 1 характерна наявність інтенсивного постсинаптичного ущільнення і синаптична щілина шириною 30 нанометрів; ущільнення розповсюджене практично на всю постсинаптичну мембрану (див. мікрофотографію). Тип 2 демонструє набагато менш виражене забарвлене ущільнення, і ширину синаптичної щілини, що дорівнює 20 нанометрам. Як показано в дослідах на гіпокампі та головному мозку, локалізовані там синапси типу 1 є збуджувальними, а типу 2 — гальмівними. За деякими даними, ця кореляція спостерігається також в корі та в інших частинах головного мозку ссавців, але в спинному мозку майже не спостерігається.