Везикули розміщуються навпроти пресинаптичної мембрани, що обумовлено їхнім функціональним призначенням для вивільнення медіатора в синаптичну щілину. Також в пресинаптичному пухирці наявна велика кількість мітохондрій (що виробляють аденозинтрифосфат) та впорядковані структури протеїнових волокон.