Транспорт Через Ватутіне проходить один з напрямків Одеської залізниці Цвіткове — Христинівка. В самому місті є залізнична станція Багачеве (з вокзалом і касою) та зупинний пункт Шахта у східній околиці міста (на ній зупиняються лише приміські поїзди). Від станції відходить гілка на Дашуківку через Лисянку. Вона повинна була мати вихід на Козятин через , але через війну добудувати свого часу не встигли.