Існують теорії, згідно з якими цариця померла від чуми, що спустошувала в той час місто, або від інших природних причин. Популярна колись гіпотеза про те, що Нефертіті впала в немилість фараона, зараз відкинута, бо виявилося, що вискоблені на пам'ятках імена цариці поряд з іменем Ехнатона належали не Нефертіті, а Кійя.