Бібліотека музею історії релігії формувалась з початку його заснування у 1973 р. Частина літератури була передана у фонд бібліотеки Львівським історичним музеєм, Ленінградським музеєм історії релігії та атеїзму, а також шляхом наукових музейних експедицій в Читу і Улан-Уде. Український Католицький Інститут у Римі в 90-х роках подарував музеєві 300-томну збірку релігійної та релігієзнавчої літератури, а також бібліотека містить літературу з приватних колекцій, літературу видавництва отців ЧСВВ. Бібліотека постійно поповнювалася літературою з фондово-закупівельних комісій, обмінного фонду.