За ініціативи та під керівництвом Ю. Шаповала видано документальний збірник «Єврейські політичні партії і рухи в Україні в кінці XIX—XX століття. Документи і матеріали» (К., 2002), колективні монографії «Етнополітична культура в Україні: реалії та виклики часу» (К., 2010), «Культура історичної пам'яті: європейський та український досвід» (К., 2013).