Закінченню будівництва завадила війна. Бабин Яр став братською могилою понад 100 000 людей, розстріляних нацистами у 1941–1943 роках: євреї, цигани, військовополонені, моряки Дніпровського загону, радянські підпільники, активісти ОУН та інші, кого Третій рейх мав за ворогів.