Під час громадянської війни у США 1861—1865 він у ролі першого генерал-інспектора, а пізніше генерал-квартирмейстера Нью-Йорка працював над озброєнням військ штату і доставлянням їх у театр бойових дій. Призначений в 1872 р. президентом Уліссом Грантом у нагороду за надані їм послуги головним митним директором (Collector of Customs) нью-йоркської гавані, він займав цю важливу та вигідну посаду до 20 липня 1878 року, коли президент Резерфорд Хейз усунув його за опозицію реформі громадянської служби, під виглядом звинувачення у хабарництві. Ця сильна міра справила глибокий розкол у республіканській партії й змусила Артура стати на бік тих, що під проводом сенатора Конклінга надавали завзятий опір реформам Хейза.