А також історія другої світової війни, історія польсько-українських і єврейсько-українських взаємин. Юрій Шаповал одним з перших в Україні розпочав вивчення і публікацію раніше засекречених документів з архівів ЧК—ГПУ—НКВД—КГБ і з архіву Компартії України. Упорядник і один з авторів збірників статей про «білі плями» історії України XX століття — «Про минуле заради майбутнього» (К., 1989), «Маршрутами історії» (К., 1990), «Пам’ятати заради життя» (К., 1993), що мали великий резонанс у період горбачовської «перебудови» і стимулювали радикальний відхід від догматичних історіографічних канонів попередніх десятиліть.