Дослідник першим опрацював і частково надрукував матеріали справи-формуляра на М. Грушевського (1996), а також у співавторстві з професором І. Вербою підготував його біографію (2005). Вперше Ю. Шаповалом були надруковані матеріали справи-формуляра на М. Хвильового (2009). Досліднику також належать оперті на документальні джерела публікації про керівних комуністичних діячів — М. Хрущова, Л. Кагановича, О. Кириченка, Н. Кальченка, П. Шелеста, В. Щербицького, Л. Брежнєва та ін., а також про керівників комуністичної спецслужби в Україні, в першу чергу В. Балицького, К. Карлсона, Ю. Євдокимова, Б. Шульженка та інших.