Марганець разом із сусіднім Нікополем перебувають у 30 км зоні Запорізької атомної і Запорізької теплової електростанцій. Електростанції розташовані на протилежному, лівому березі Каховського моря напроти Марганця в м. Енергодар. Основні екологічні проблеми міста: підтоплення території Марганцю внаслідок підвищення рівня ґрунтових вод. Близькість Каховського водосховища, рівень води якого вище окремих земельних ділянок місцевих забудов; присутність Миколаївського водосховища, як частини гідротехнічних споруд Каховського водосховища з рівнем води перевищуючий допустимий;