У третини хворих відзначають залишкові явища у вигляді розладів функції травного каналу (печія, відрижка, зниження апетиту, біль у животі, метеоризм тощо). Ці порушення можуть з'явитися відразу після затихання основних клінічних проявів сальмонельозу чи, частіше, через 2-3 тижні після стаціонарного лікування і недотримання реконвалесцентом належних дієти і режиму. У певної частки осіб після сальмонельозу згодом можуть сформуватися хронічний гастрит, ентероколіт, холецистит, панкреатит чи навіть неспецифічний виразковий коліт.