Проти автономістів, що залишилася в Україні, а також проти цивільного населення вівся терор, лояльна ж частина старшини була підкуплена й спрямувала свої зусилля на інтеграцію до московського дворянства. За підтримку запорожцями Івана Мазепи була також знищена Чортомлицька Січ.