В історичних документах село вперше згадується у 1775 році. У 18 столітті село перебувало під владою польської шляхти. У 1835 році Головківку придбав цивільний губернатор Іван Іванович Фундуклей. З 1866 року Головківка — волосний центр Чигиринського повіту Київської губернії.