В цьому випадку годяться всі методи введення газової фази, як і в органічних мас-спектрометрах (DELTAPlus, DELTAPlus XL і МАТ253). Для аналізу ізотопів важчих елементів використовується термоіонізація (TRITON TI) або іонізація в індуктивно-зв'язаній плазмі (NEPTUN, ELEMENT2). Практично у всіх типах ізотопних мас-спектрометрів використовуються магнітні мас-аналізатори.