Літо переважно спекотне й сухе, зима — м'яка й малосніжна. Місто Марганець входить до південного посушливого, теплого агропромислового регіону. В силу свого географічного положення Марганець знаходиться під впливом повітряних мас, що приходять з Атлантики, Арктичного басейну або сформувалися над великими континентальними територіями Євразії. Для нього характерний помірно-континентальний клімат з посушливим літом і малосніжною зимою.