Під час наступних Громадянської війни та Радянсько-української війни у місті раз-по-раз змінювалася влада, а що Булгаков був лікарем, то його мобілізовували до різних армій. 14 грудня у Київ увійшли війська Директорії Української Народної Республіки. У той день лікар, у складі офіцерської дружини, намагався захистити уряд гетьмана Павла Скоропадського. За спогадами Михайла Опанасовича, записаними професором :