Батальйони ТрО входять до складу Збройних сил України (ЗСУ) і підпорядковуються Міністерству оборони України, а також головам обласних державних адміністрацій, на території яких вони були сформовані. Голови облдержадміністрацій, як голови рад оборони областей, здійснюють керівництво батальйонами територіальної оборони в обласній зоні ТрО; Головнокомандувач Збройних Сил України, начальник Генерального штабу, командувачі військ оперативних командувань керують підрозділами ТрО у військово-сухопутних зонах відповідальності. Заходи по комплектуванню та по забезпеченню батальйонів матеріально-технічними засобами, озброєнням і військовою технікою проводять обласні військові комісаріати за рахунок коштів обласних бюджетів та благодійників.