У 1939 році був переданий у відання Київського державного університету ім. Т. Г. Шевченка. Для становлення заповідника як наукового осередку багато зробив його директор О. Кришталь, котрий згодом став професором Київського університету. Завдяки його зусиллям у 1947 році вперше був виданий «Збірник праць Канівського біогеографічного заповідника». У 1951 році заповідник був ліквідований та по 1968 рік ця територія була навчально-дослідним лісовим господарством Київського університету.