Є багато спірних теорій щодо субстратних взаємодій. Наприклад, деякі лінгвісти доводять, що японська мова складається з алтайського суперстрату, накладеного на австронезійський субстрат, чи що острівні кельтські мови є наслідком кельтського суперстрату який зазнав впливу афроазійського субстрату.