В районі Канівських дислокацій виявлено понад 10 тисяч видів безхребетних тварин (всього по Україні їх нараховується 25 тис. видів). Тільки комах мешкає в заповіднику близько 8000 видів, з яких 36 видів занесено до Червоної книги України (дибка степова, красотіл пахучий, жук-олень, вусач великий дубовий, джміль моховий, бджола-тесляр звичайна, сколія-гігант, ктир гігантський, бражник мертва голова, ведмедиця Гера, махаон, поліксена). Тут охороняється понад 300 видів павукоподібних, 200 видів молюсків, 130 видів ракоподібних, 49 видів багатоніжок, у тому числі рідкісний вид — полідесмус український.