У 1943–1957 роках Лос-Аламос був закритим містом. Географія Лос-Аламос розташований приблизно за 56 км на північний захід від столиці штату Санта-Фе. Зі столицею Лос-Аламос пов'язаний сучасним шосе. Є невеликий ставок Ешлі (Ashley) у центральній частині міста.