Біохімічні особливості Синьо-зелені водорості забарвлені переважно у блакитно-зелений колір, в екстремальних умовах частіше мають забарвлення з різними відтінками червоного кольору. Зеленого відтінку клітинам надає хлорофіл «а». Червоний або блакитний колір обумовлений наявністю значної кількості фікобілінових пігментів — фікоціаніну, алофікоціаніну (сині пігменти) та фікоеритрину (червоний пігмент). Каротиноїди представлені лише β-каротином, ксантофілами лютеїнового циклу (лютеїн та зеаксантин) та специфічними ксантофілами синьо-зеленх водоростей — переважно осцилоксантином, міксоксантином, афаніцином та афанізофілом.