Походив з давнього шляхетського роду. Був сином мирового судді та внуком священика села Олешин на Поділлі (нині Хмельницького району Хмельницької області), де представники роду Левицьких віддавна виконували обов'язки духівників. Молодша сестра Модеста — знана серед паризької богеми початку XX століття художниця Софія Левицька.