У 1943 він переводиться до офісу стратегічних служб (Office of Strategic Services (OSS)), де займається вивченням нацистської Німеччини та проблем денацифікації. Після розпуску OSS у 1945 Маркузе прийнятий американським державним департаментом на посаду голови центрального європейського бюро, яку він обіймає до смерті своєї дружини у 1951.