Ложе Гренландського моря розкраяно Східногренландським хребтом на дві глибокі западини: Північну — з глибинами 3100—3200 м і рівним дном і Південну — з глибинами 3500—3700 м і відносно складним рельєфом дна. Гідрологія Центральна та північна частини Гренландського моря щільно насичені плавальними криговими полями, а взимку вкриваються суцільною кригою, що практично унеможливлює судноплавство.