Порушники заповідного режиму притягуються до адміністративної або кримінальної відповідальності в судовому порядку. Суттєвий внесок в охорону біорізноманіття Канівського природного заповідника забезпечують наукові співробітники Київського національного університету імені Тараса Шевченка, які здійснюють постійний моніторинг екосистем Заповідника, розробляють і запроваджують заходи зі збереження рідкісних видів флори і фауни та цінних природних комплексів Придніпров’я.