Колись він мав джерела тепла: це акреція речовини при його утворенні, розпад радіоактивних елементів (що певною мірою триває й досі), а також — за часів, коли він ще не був повернутий до Харона одним боком, — періодичні припливні деформації. За ймовірною версією, колись Плутон зіткнувся з іншим тілом порівнянного розміру, що призвело до утворення у нього супутникової системи, і це також зробило внесок у нагрів його надр. Найімовірніше, всього цього тепла вистачило на плавлення льоду і його відокремлення від каменю, і в такому разі надра Плутона диференційовані — кам'янисте ядро оточено крижаною мантією завтовшки в кількасот кілометрів. За деякими моделями, тепла могло вистачити навіть на утворення підповерхневого океану води, як у деяких супутників планет-гігантів.