У стратосфері також присутні в мізерних кількостях монооксид вуглецю та синильна кислота. Температурний мінімум (тропопауза) в атмосфері Нептуна становить 50 °К (−223 °C) і досягається за тиску 0,1 атмосфери. На рівні тиску 10−8—10−7 атмосфер за температури 160 °К (−113 °C) розташована мезопауза — область постійної температури, вище якої простягається термосфера. Температура термосфери досягає 750 °К (476 °C).