Повстання було придушене загонами магнатів під проводом Северина Наливайка, який невдовзі сам підняв 10 тис. козаків на боротьбу із шляхтою впродовж 1594-1596 років, через неспроможність уряду оплатити участь козаків військову участь в австро-турецькій війні в Молдові та Угорщині. Приборкати козацьку армію вдалося лише регулярними силами польного гетьмана Станіслава Жолкевського. Сейм оголосив козаків злочинцями i ворогами держави, але вже невдовзі змушений був звертатись по допомогу боєздатного й дешевого війська у війнах проти Швеції, Московського царства та з турками. Великі загони реєстровиків Самійла Кішки успішно воювали під час польсько-шведської війни в Лівонії у 1601—1602 років, a невдовзі широким полем активності реєстрових, низових і донських козаків стали землі Московщини під час Смути.