Внаслідок перетворення вихідного палива, в атмосферу може викидатися вуглекислий газ, так само як внаслідок роботи двигуна автомобіля. Але завдяки високому ККД паливних елементів його кількість може бути меншою, ніж при використанні палива безпосередньо.