Відомо вміст водню в складі вулканічних газів, витікання деяких кількостей водню вздовж розломів в зонах рифтогенезу, виділення цього газу в деяких вугільних родовищах. До складу мінералів водень може входити у вигляді іона амонію, гідроксил-іона і води. В атмосфері молекулярний водень безперервно утворюється в результаті розкладання формальдегіду, що утворюється в ланцюжку окислення метану або іншої органіки, сонячним випромінюванням (31-67×109 кг/рік), неповного згоряння різних палив і біомас (по 5-25×109 кг/рік), в процесі фіксації азоту мікроорганізмами з повітря (3-22×109 кг/рік).