При процесах життєдіяльності організмів та в кінцевому результаті — після їх загибелі, нітроген в складі різних органічних сполук повертається до ґрунту у вигляді екскрементів (або інших продуктів життєдіяльності) чи мертвих організмів відповідно. А далі під впливом бактерій, в результаті амоніфікації (розкладання азотовмісних органічних сполук) переходить у неорганічну форму у вигляді аміаку й солей амонію, які далі залежно від типу (знову ж таки) бактерій (денітрифікуючих або нітрифікуючих): або розкладаються до молекулярних азоту та водню, котрі повертаються до атмосфери, завершуючи таким чином азотний цикл;