Однак виникає питання: якщо Плутон ніколи не проходив близько від Нептуна, то звідки міг виникнути резонанс у карликової планети, набагато менш масивної, ніж, наприклад, Місяць? Одна з теорій припускає, що, якщо Плутон спочатку не був у резонансі з Нептуном, то він, ймовірно, час від часу зближувався з ним набагато сильніше, і ці зближення за мільярди років впливали на Плутон, змінивши його орбіту. Додаткові чинники, що впливають на орбіту Плутона