На стратегічному рівні створені два командування. Командування ОЗС НАТО з питань операцій, яке відповідає за проведення усіх операцій Альянсу, очолює Верховний головнокомандувач ОЗС НАТО в Європі. Командування ОЗС НАТО з питань трансформації очолює Верховний головнокомандувач ОЗС НАТО з питань трансформації, який несе відповідальність за питання просування і контролю над поточним процесом трансформації Альянсу, а також над спроможностями Альянсу, зокрема у питаннях підготовки та розробки концепцій і доктрин. Тактичний рівень складається з шести видових командувань ОЗС НАТО, які забезпечують відповідну підтримку операцій штабними елементами на суші, морі та у повітрі.