У структурі сучасної екології виділяють такі основні напрямки; загальна, соціальна та прикладна екологія. Загальна екологія охоплює аутоекологію (факторіальна екологія), демекологію (екологія популяцій), синекологію (екологія угруповань), екосистемологію (екологія екосистем), біогеоценологію (еквівалент екосистемології, основоположником якої є В. М. Сукачов), глобальну екологію та ноосферологію В. І. Вернадського. Загальна екологія вивчає фундаментальні проблеми структурно-функціональної організації екосистем, а також взаємодію біосистем різних рівнів інтеграції між собою та довкіллям.