Південно-західні райони належать до водозбірного басейну Рони, південні — до басейну Тічино, а південно-східні — до басейну річки Інн (притоки Дунаю). Річки Швейцарії не мають судноплавного значення. На Рейні судноплавство підтримується тільки до Базеля.