Конституція передбачає військову повинність, але включає й альтернативну службу для осіб, які відмовляються служити в армії з релігійних та інших міркувань або переконань. З числа військовослужбовців строкової служби комплектуються деякі окремі частини Міністерства внутрішніх справ: прикордонна охорона, рятувальні підрозділи. На озброєнні ВМС Естонії знаходяться мінні тральщики «Сулєв», «Калєв», «Олєв», допоміжні кораблі «Ахти» і «Лайне».