Одночасно велася боротьба проти протестантизму в рамках Контрреформації. На початковому етапі Тридцятилітньої війни імператору Фердинанду II (1619–1637) після розгрому чеського війська в битві на Білій Горі (1620) пощастило остаточно ліквідувати опозицію і встановити необмежену владу Габсбургів у цій провінції.