Це змусило Альянс здійснити операції з підтримання миру і врегулювання кризи спочатку в Боснії та Герцеговині, а потім в Косові і колишній Югославській Республіці Македонія. Ці події змусили міжнародне товариство переглянути свою участь у справах цього регіону і взяти на озброєння більш комплексний підхід до сприяння безпеці і стабільності, що знайшло свій прояв у прийнятті Південно-Східноєвропейської ініціативи НАТО та Пакту стабільності для Південно-Східної Європи.