Допомога AMISOM з боку НАТО збіглася у часі зі схожою операцією з надання підтримки миротворчій місії Африканського Союзу у Судані. Із червня 2005 до грудня 2007 року НАТО забезпечувала транспортування повітрям близько 37 тисяч військовослужбовців у складі AMISOM, а також підготувала понад 250 представників AMISOM. Війна в Афганістані