Ефективне використання у фундаментальних дослідженнях знаходять трансгенні рослини та мутанти. Із застосуванням відповідних методів біохімії, молекулярної біології та математики у систематиці рослин виділено такі напрями, як хемо- та геносистематика, нумерична систематика та кладистика.