З військового бюджету також покриваються видатки на діяльність командних структур під час операцій з реагування на кризові ситуації та місій, які виконує НАТО. Військовий бюджет фінансується переважно Міністерствами оборони усіх країн — членів НАТО і контролюється Комітетом військового бюджету. Програма інвестицій у безпеку НАТО (NSIP)