Онтологія, яка ще містить і екземпляри об'єктів не що інше, як база знань. База знань — важливий компонент інтелектуальної системи. Найвідоміший клас таких програм — експертні системи. Вони призначені для знаходження способу вирішення специфічних проблем, базуючись на записах БЗ і на користувацькому описі ситуації.