Штаб-квартира МАГАТЕ розташована у Відні. Крім того, МАГАТЕ має регіональні відділення в Торонто, Женеві, Нью-Йорку і Токіо, лабораторії в Австрії і Монако і дослідницький центр в Трієсті, яким управляє ЮНЕСКО.