У більш широкому сенсі геоботаніка змикається із вченням про екосистеми, або з біогеоценологією, що вивчає взаємини між рослинним покривом, тваринним світом, ґрунтами та підґрунтовими гірськими породами. Цей комплекс називається біогеоценозом.