На борту апарата є багато різноманітної наукової апаратури, призначеної для знімання Плутона і Харона, їх спектрометричного дослідження, а також отримання даних про міжпланетний пил та частки високої енергії. Це дозволило, зокрема, побудувати карти Плутона й Харона, дослідити їх геологічну будову та проаналізувати атмосферу Плутона.