Однією з важливих функцій Агентства є забезпечення того, що ядерні матеріали і обладнання прямого та подвійного використання не використовуватимуть для військових цілей. Система гарантій МАГАТЕ базується на суворому контролі за використанням ядерних матеріалів, які здійснюють на місцях інспектори МАГАТЕ.