Складені кристалічними сланцями, доломітами, вапняками; місцями розвинений карст. Гори розділені тектонічними зниженнями, зайнятими озерами (Охридським, Преспа — найбільшими на Балканському півострові) або долинами річок (головним чином басейн річки Вардар). Часті землетруси (один з них в 1963 зруйнував місто Скоп'є). Є родовища магнетиту (біля Дамяна), залізної руди (поблизу Кичево), свинцево-цинкових руд (Кратово-Злетовська гірничорудна область).