Зосередженість на італійській політиці, однак, примусила Фрідріха II піти на суттєві поступки німецьким князям. Згідно з Угодою з князями церкви 1220 року і Постановою на користь князів 1232 року за єпископами і світськими князями Німеччини визнано суверенні права в рамках території їхніх володінь. Ці документи стали правовою основою для формування у складі імперії напівнезалежних князівств і розширення впливу регіональних правителів у збиток прерогативам імператора.