Крім того, оформлення під впливом процесів конфесіоналізації організаційних структур німецьких князівств і початок формування держав сучасного типу входили в протиріччя з імперськими інститутами, що зберігалися. Вже в 1588 р. робота Імперського суду була паралізована, з початку XVII століття через конфлікти між конфесіями втратив працездатність імперський рейхстаг.