Наступник Фердинанда I імператор Максиміліан II сам симпатизував протестантизму, і в період свого правління (1564–1576) йому удавалося, спираючись на імперських князів обох конфесій, підтримувати в імперії територіальний і релігійний порядок, вирішувати виникаючі конфлікти використовуючи виключно правові механізми імперії. Головною тенденцією розвитку в другій половині XVI — початку XVII століття стало догматичне і організаційне оформлення і відособлення трьох конфесій — католицизму, лютеранства і кальвінізму, і пов'язана з цим конфесіоналізація всіх аспектів соціального і політичного життя німецьких держав. В сучасній історіографії цей період отримав назву «Конфесійна епоха» ().