Історія "Франціско-Йозефіна" була заснована 4 жовтня 1875 року указом цісаря Франца Йозефа I на основі теологічного інституту, що існував з 1827 року з німецькою викладовою мовою і з окремими кафедрами української та румунської мов і літератур. Носив наступні назви: імені Франца Йозефа (Чернівецький університет імені Франца Йозефа) у 1875—1918 pp., Universitatea Regele Carol I din Cernăuţi (1919—1940) і Чернівецький державний університет (після 1940 року). 1989 року Чернівецькому університетові присвоєно ім'я Юрія Федьковича.