Через рік почалася Громадянська війна в США. Іллінойс, як північний штат, воював на боці Союзу проти Конфедерації. Президент Лінкольн та один із головних командирів Союзу, Улісс Грант, походили з Іллінойсу. Понад 250 тисяч солдатів з Іллінойсу воювали на боці Союзу — більше, ніж із будь-якого штату, окрім Нью-Йорку, Пенсільванії та Огайо.