Одночасно Муавія I, намісник Сирії і родич убитого халіфа, виступив проти Алі, звинувачуючи його в причетності до вбивства Османа. У грудні 656 року у «верблюжій битві» під Басрою Алі вдалося розбити бунтівників, проте боротьба з Муавією виявилась довгою й важкою. Алі переніс свою резеденцію до Куфи, що стала оплотом його прихильників — шиїтів.