У 1918—1940 pp. університет було румунізовано, скасовано українські кафедри, а українських професорів звільнено. Філософський факультет поділено на два: філософсько-літературний і природознавчий. Довголітнім ректором ЧНУ за румунського часу був І. Ністор. На природознавчому факультеті довгі роки працювали відомі вчені Костянтин Гормузакі та Карл Пенеке.