Вчена, незважаючи на свій вік, отримала ніби «друге дихання», нарешті вона змогла вільно викладати свої думки й позиції, доносити їх до свідомості широкої читацької маси. У 1991—1994 рр. одна за одною вийшли три книги О. М. Апанович: «Розповіді про запорозьких козаків » (К., 1991), «Гетьмани України і кошові отамани Запорозької Січі » (К., 1993), «Українсько-російський договір 1654 р. Міфи та реальність » (К., 1994).