Незважаючи на багаторічні (в загальній складності понад 20 років) гоніння й переслідування єретиків, святитель Афанасій продовжував відстоювати чистоту віри і невпинно викривати аріан, проти яких написав багато послань і богословських трактатів. При імператорі Юліані Відступнику (361–363) святитель Афанасій опинився у вигнанні в Фівадійській пустелі. Після смерті імператора Первосвятитель керував Александрійською Церквою ще 7 років аж до своєї смерті 2 травня 373 року.