З 2006 року згідно зі спеціальною поправкою до конституції введено податок на продаж та використання автотранспорту, щоб забезпечити витрати на транспортну систему, зокрема 40 % коштів іде на фінансування громадського транспорту. У Міннесоті прокладено близько 2 дюжин залізничних магістралей. Як і автошляхи, більшість з них проходять через Міннеаполіс-Сент-Пол або Дулут. Водний транспорт розвинений головно на річці Міссісіпі та її найбільших притоках, а також у порталі озера Верхнього.