Папа всіма засобами збирав гроші — конфісковував майно багатих людей, торгував церковними посадами. Ці кошти, а також збори від ювілейного 1500 року та хрестоносної десятини Александр VI використав для завоювання Романьї, яка лише номінально залежала від папи. У 1501—1503 роках папі вдалося подолати наймогутніші феодальні родини папської області — Колонна і Орсіні. Правління Александра VI сильно підірвало авторитет пап і католицької церкви в цілому.