Під час повстання киян, обурених правлінням Ізяслава, Антоній перебирається до Чернігова. Облюбувавши Болдину гору, він розпочав будівництво ще одного печерного монастиря. У Чернігові він жив недовго, з поверненням на великокняжий престол Ізяслава Ярославовича Антоній також прибуває до Києва. Останні роки він провів у заснованому ним Печерському монастирі, де 1073 року розпочав будівництво собору Успіння Пресвятої Богородиці, ознаменоване багатьма чудесами.