Коливання рівня Аральського моря залежали від стоку Амудар'ї та Сирдар'ї, які його живили. З будівництвом Каракумського каналу та Голодностепської зрошувальної системи відбулися значні зміни у водному балансі Аральського моря. Припинення стоку річок внаслідок надмірного зрошування призвело до висихання моря.