За легендою про скіфських князів Словена і Руса («Сказання про Словена і Руса та місто Словенськ»), озеро названо іменем його сестри Ілмери. З наукових етимологій назви Ільменю найбільш поширене пояснення походження від — «озеро (не)погоди» або «небесне (верхнє) озеро».