Проте в листопаді, проаналізувавши причини перших воєнних невдач шведських військ в Україні, перейшов на бік Петра I. За Апостолом було залишено уряд миргородського полковника та всі його маєтки. У 1711 році брав участь у Прутському поході як наказний гетьман українського війська. У 1722 році Данило Апостол на чолі козацьких частин (10 тисяч чоловік) брав участь у складі російської армії у поході проти Персії.