Водозбір озера приблизно в 40 разів більше, ніж його поверхня, що більше, ніж у будь-якого іншого великого озера у світі. Кілька великих річок впадають в озеро Вінніпег, в тому числі Вінніпег, Північний Ред і Саскачеван. Ці три річки забезпечують більш ніж на 60 % від загального річкового стоку в озеро. Інші значні річки: Поплар, Беренс, Блек-Рівер, Бладвейн і Мукутава.