Гори круто обриваються до Байкалу і є природною перешкодою для повітряних потоків, що переносяться через Байкал, та супроводжуються інтенсивним виділенням опадів, яких тут випадає більше ніж на суміжних просторах Сибіру. Вологий клімат сприяє багатому різноманіттю гірської-тайгової рослинності. На території заповідника виявлено реліктові форми неогенового періоду (тополя запашна (лат. Populus suaveolens), анемона байкальська), ендеміків (м'ятник іркутський, шібатерантіс сибірський тощо), а також рідкісні та які знаходяться на межі зникнення тварини та рослини. У заповіднику відомі 37 видів ссавців і 260 видів птахів.