Муллонен виводить назву озера з поширеної в регіоні прибалтійско-фінської основи *ylä- «верхній (по відношенню до Волхову)». Форми Илмерь і Ильмень можуть відображати варіанти типу Ylä/järvi, Ylämä/järvi «Верхнє озеро» і Ylimäine, Ylimmäinen «Верхнє», які співіснували в давнину.