Найхарактернішою рисою Байкальської ванни слід вважати слабкий розвиток мілководдя, з чим пов'язана велика середня глибина озера та різкі відкоси дна. Характерний також нерівний рельєф дна, який однак, ще далеко не повністю вивчений. До глибини 100—200 м переважають скелясті ґрунти, каміння, валуни, галька, піски (причому область пісків з глибиною розширюється). З мітки 1130 метрів і до найбільших глибин дно устелене мулом, у складі якого багато стулок діатомових водоростей.