Нова столиця за задумом царя повинна була повністю затьмарити Фіви та Мемфіс як релігійний, культурний і політичний центр країни. Руїни Ахетатона були знайдені поблизу сучасного єгипетського містечка Ель-Амарна. Крім культових і адміністративних споруд Ехнатона, в цьому місці в 1887 році місцевою селянкою був знайдений також клинописний дипломатичний архів, що відображає листування Аменхотепа III і Ехнатона з правителями країн Близького Сходу, — знамениті «Амарнські листи». За назвою археологічної місцевості, де колись знаходилася столиця Ехнатона, епоха правління самого царя і його найближчого наступника — Сменхкара — у науці одержала назву «амарнського періоду».