У 479 до н. е. Наксос разом з іншими грецькими містами брав участь в битві з персами при Платеях. Протягом багатьох років Наксос знаходився під владою афінян. У 338 до н. е. тут встановлено македонське панування, а пізніше (166 до н. е.) — римське.