Після падіння Гетьманату працював приват-доцентом Кам'янець-Подільського державного українського університету. Еміграція 1919 року Дорошенко пішов у вигнання і врешті оселився у Празі, де чехословацький уряд дав притулок українським та російським емігрантам, особливо науковцям.