Виділяються обширні плато Лівійської пустелі (займає близько 60 % території країни) на захід від Нілу, плато Аравійської пустелі на сході, витягнуте з півночі на південь між долиною Нілу і Червоним морем, а на крайньому південному сході — північна периферія — плато Нубійської пустелі. Невисокі гори (понад 2000 м над рівнем моря), над якими вирізняється найвища точка країни — гора Святої Катерини (2642 м), розташовані на півдні Синайського півострова, а середньовисотний гірський хребет гір Етбай (понад 1000 м над рівнем моря) простягнувся вздовж усього узбережжя Червоного моря (найвищі вершини Шаїб-ель-Банат — 2187 м і Хамата — 1977 м). Плато Лівійської і Аравійської пустель розділені долиною Нілу.