В 1945 році наполягав на тому, щоб УВУ продовжив існувати в Празі, проте університет все ж переїхав. Після Августин Волошин очолював відділ УВУ в Празі. У травні 1945 року був заарештований радянськими спецслужбами СМЕРШ й вивезений до СРСР. Помер у московській Бутирській в'язниці (Лєфортово — напис на надгробку Президента А. Волошина) о 15 годині 20 хвилин 19 липня 1945 року, за офіційною версією — від паралічу серця.