В 1862-му році Сергіїв батько, 23-х річний Олександр Єфремов одружився з 18-річною сиротою попереднього священика с. Пальчик Дмитра Крамаренка. Рід Сергія Олександровича Єфремова належав до духовенства. Один з предків Сергія, щоб отримати парафію, мусив первісне прізвище Охріменко перелицювати на російське Єфремов (Охрім — Єфрем). У 1891–1896 роках Сергій навчався в Київській духовній семінарії, згодом закінчив юридичний факультет Київського університету святого Володимира.