Одним з найвизначніших досягнень С. Єфремова стала праця в галузі наукового шевченкознавства і, зокрема, видання «Щоденника» і «Листування» Т. Г. Шевченка (1927—1928) — томів III і IV із запланованого зібрання творів Кобзаря, так і не завершеного внаслідок репресій. Історико-літературні погляди Єфремова найповніше представлені в його фундаментальній праці «Історія українського письменства» (1911). Крім того, серед найважливіших статтей Єфремова: