Будучи завідувачем експериментальних психофізіологічних лабораторій, винайшов ряд застосувань для трудової терапії. Психолого-фізіологічні підвалини змісту й методів функціонально-рухової терапії О.Запорожець у співавторстві з О.Леонтьєвим виклав у монографії «Восстановление движений» (1945). Наприкінці 1943-го Олександр Володимирович повертається до Москви й працює водночас в Інституті психології АПН РРФСР та в університеті, де викладає курс дитячої психології, керує дипломними і дисертаційними роботами. З 1944 р. очолює колектив лабораторії психології дошкільного віку Інституту загальної й педагогічної психології АПН СРСР.