Після падіння Преторії розпочав партизанську війну проти британців разом з Де ла Райем і Крістіаном де Ветом. Діяльність після Другої англо-бурської війни Був головним бурським представником під час мирних переговорів 1902 року, які завершилися підписанням мирного договору у Ферініхіні. Бойова слава Боти зробила його визначною постаттю в політиці Трансваалю, і він був провідним діячем післявоєнної відбудови цієї країни.