Тоді ж він удосконалює деякі методи Гіса. Через два роки повертається в Україну і продовжує читати лекції на двох факультетах — медичному та фізико-математичному. Пропозицією помічника міністра народної освіти від 17 листопада 1888 року за № 16869 Кащенко призначається екстраординарним професором імператорського Томського університету по кафедрі зоології, порівняльної анатомії та фізіології.