Пам'ять Володимир Опанасович жив на Шулявській вулиці, яку в 1891 році до 50-річчя університетської діяльності професора, перейменували на його честь у Караваєвську (нині — вулиця Гетьмана Павла Скоропадського, до 2023 р. — вул. Льва Толстого). Тоді ж назву Караваєвська отримала і нинішня Площа Українських Героїв (до 2023 р. — площа Льва Толстого). В хірургічній клініці Київського Національного медичного університету на бульварі Шевченка, 17 встановлено його бронзове погруддя.