У святилищі на південно-західному схилі акрополя відбувалися жертвоприношення — швидше за все, Кібелі; можливо, на вершині існував також храм Афіни. В 480 році до н. е. руїни Трої відвідав цар Ксеркс, 334 до н. е., — Александр Македонський. Останній приніс в жертву Пріаму свою зброю і поклявся збудувати на тому місці таке ж велике місто, як знищене у Троянській війні. Однак він не встиг виконати клятву через смерть, його полководець Лісімах, аби Олександр не отримав недоброї слави, збудував за нього мури завдовжки 40 стадіїв (близько 7 кілометрів).