Найважливіші історичні праці Крип'якевича присвячені періоду козаччини і Хмельниччини — «Матеріали до історії української козаччини» (1914), «Студії над державою Б. Хмельницького» (1925—1931), «Богдан Хмельницький» (1954) та інші.