Висока оцінка, отримана на екзамені з хімії, дала йому можливість стати асистентом сера Томаса Стівенсона, експерта з токсикології та фахівця з судової медицини у лікарня Гая. Працюючи зі Стівенсоном Фредерік Гопкінс отримав ступінь бакалавра природничих наук в Лондонському університеті. За рекомендацією Стівенсона він у 1888 році був зарахований в медичну школу Гая зі стипендією Гулла для досліджень.