Разом із Туполєвим у Москві на вулиці Радіо, в переобладнаному під в'язницю будинку ЦАГІ, працювали конструктори та інженери Петляков, М'ясіщєв, Бартіні. Корольов звертається до верховної прокуратури, особисто до Йосипа Сталіна з проханням переглянути його справу. 2 березня 1940 Сергія Павловича етапують до Москви й запроторюють до Бутирської в'язниці. 10 липня 1940 року особлива нарада при НКВС під головуванням Берії визначає йому термін вісім років виправно-трудових таборів.