Головну редакційну колегію та науково-редакційну раду ВУЕ (керівник обох — В. М. Локтєв) створено при президії НАН України. Зразком для створення установи стали аналогічні інституції, які поєднують статуси видавництв і наукових установ: Інститут Італійської енциклопедії (засновано 1925), Encyclopædia Britannica, Inc. (засновано 1768) та ін. Головна мета установи — підготовка й реалізація багатотомної «Великої української енциклопедії» (ВУЕ) як першого в пострадянській Україні універсального національного довідкового видання у двох версіях: друкованій та енциклопедичного порталу «Велика українська енциклопедія» (е-ВУЕ).