У березні 1789 р. переведений у мічмани, а 1 січня 1793-го - в лейтенанти. 1792 року мічман Лисянський на транспорті «Еммануїл» ходив до Риги, а після отримання лейтенантського чину був направлений на фрегат «Слава» під командуванням капітан-лейтенанта Смирнова. У той період вони з братом Ананієм винаймали спільну квартиру в Петербурзі. Після закінчення бойових дій на Балтиці Лисянський протягом трьох років ніс службу на бойових кораблях Балтійського флоту.