Цього ж року Я. Г. Кухаренко імператорським указом призначений виконувачем обов'язків наказного отамана Азовського козацького війська. Через рік, у 1852 р., він знову був переведений у Чорноморське козацьке військо виконувачем обов'язків начальника штабу і наказного отамана. На останній посаді перебував до 1856 р. і був відправлений урядом у відставку.