Як видатний географ брав участь у міжнародних наукових конгресах у Празі (1932), Варшаві (1934) і Болгарії (1936), де виступав з доповідями. У своїх дослідженнях польсько-українських окраїн Кубійович послідовно обстоював українські геополітичні інтереси і провадив наукову дискусію з польськими вченими, яких звинувачував в умисному підробленні статистичних даних в дослідженнях, за що в 1939 був позбавлений кафедри в Ягеллонському університеті. У 1939–1940 рр. — професор УВУ (Український вільний університет) у Празі.