У період реконструкції під британським пануванням Бота вирушив до Європи з де Ветом і де ла Райєм, щоб зібрати кошти на відновлення спалених бурських ферм і маєтків. Після надання Трансваалю права на самоврядування (1907) лорд Селборн запропонував генералу Боті сформувати уряд, і 4 березня 1907 той став прем'єр-міністром Трансваалю. Навесні 1907 року генерал Бота взяв участь у конференції прем'єр-міністрів колоніальних територій у Лондоні. У ході свого візиту до Великої Британії з цієї нагоди оголосив про повноправне входження Трансваалю в лоно Британської імперії і про свій щирий намір працювати на благо країни незалежно від національних і расових відмінностей її жителів.