З п'яти років батьки запросили для малого вчительку. Лисенко після домашнього виховання вчився у Києві, спочатку в пансіоні Вейля (де брав уроки в чеха Нейнквіча), потім — у пансіоні Гедуена (викладач — чех Паночіні), в якому дітей готували до гімназії.