В III ст. до н. е. сюди проникли торговці з Греції, Індії, Персії та Південної Аравії. З початку IX ст. по кінець XIV ст. територія Джибуті була частиною мусульманського державного утворення Султанат Іфат. Османсько-португальське суперництво за контроль над Джибуті закінчилося перемогою Португалії (XVI ст.), але в XVII ст. владу знову захопили султанати.