Тут відмінності за рельєфом не такі виразні, як на Суматрі. Острів можна розділити на п'ять широтних фізико-географічних районів: 1) невеликі вапнякові плато, що простягаються біля південного узбережжя; 2) території, на яких розвинуті карстові явища, що ускладнює умови проживання; 3) пояс вулканів у центральній частині, куди входять 55 активних конусів і 22 вулкани, виверження більшості з яких відбувалися порівняно недавно; 4) алювіальний пояс на півночі. Геологія, ґрунти Гірські породи на Яві переважно вулканічні (темно-сірого кольору, що складаються головним чином з олігоклазу та польового шпату), водночас ріоліти домінують на Суматрі, граніти на островах Ріау, осадові породи на Калімантані та Папуа.