У 1963 ця територія перейшла під управління індонезійської влади, а в 1969 була законодавчим шляхом включена до складу Індонезії. Після придушення комуністичного руху до влади прийшов генерал Сухарто, який правив країною в 1966—1998 роках. У 1975 Індонезія ввела війська в Східний Тимор (колишню колонію Португалії в північно-східній частині о. Тимор), а в 1976 оголосила його своєю провінцією.