Серед музеїв цієї категорії Рокфелерівський музей, Музей біблійних країн та Башта Давида в Єрусалимі, Ерец-Ісраель у Тель-Авіві, Музей спадщини вавилонських євреїв в Ор-Єгуді, частина Хайфського музею і Музей Хечта в Хайфі та багато дрібніших музеїв по всій країні. Кілька історичних музеїв присвячені вже пізнішій історії єврейського народу та країни Ізраїль. Серед них Музей Діаспори на кампусі Тель-Авівського університету — інтерактивний музей, присвячений історії єврейських спільнот всього світу, та Музей Незалежності.