Фухіморі залишився на другий термін у квітні 1995 року, перемігши колишнього Генерального секретаря ООН Хав'єра Переса де Куєльяра. У 1998 році було підписано угоду з Еквадором, що мирно вирішила 57-річну проблему кордону та створила підставу для збільшення іноземного фінансування в обох країнах. У листопаді 1999 року Перу і Чилі домовилися про свій кордон, а саме про важливий торговельний район Аріку.