У 1940 році 28 червня Північна Буковина була зайнята радянськими військами. А вже 5 липня 1941 року вулицями Сторожинця проходили війська нацистської Німеччини і Румунії. Місто стало центром однойменного румунського повіту. У 1941—1943 роках усе єврейське населення міста було знищено або заслано у концтабори Трансністрії.