Було досягнуто міжконфесійного консенсусу, згідно з яким на посту президента повинні змінювати один одного представники мусульманської і християнської общини. Обасанджо пробув на своїй посаді два терміни, і намагався шляхом різних маніпуляцій домогтися внесення змін до конституції, щоб балотуватися на третій термін, але у цьому він не досягнув успіху. Проте новим президентом 2007 року було обрано його ставленика — мусульманина Умару Яр-Адуа.