Він керував країною як голова Правлячої ради збройних сил (ПСВС), якому підпорядковувалося уряд і військові губернатори штатів. Правління Бабангіда закінчилося в серпні 1993 року. У листопаді 1993 року главою держави став міністр оборони генерал Сани Абача. Після смерті Сани Абачи від серцевого нападу 8 червня 1998 влада перейшла до генерала Абдулсаламу Абубакар, який пообіцяв передати владу законно обраному цивільному уряду до 29 травня 1999 року.