Через дуже просту морфологію вони мають небагато ознак, корисних для розрізнення таксонів. До того ж викопні рештки кнідарій, що не мають жорсткого скелета, дуже нечисленні, хоча корали та інші скелетовані кнідарії у викопних матеріалах представлені досить добре. Але останнім часом крім палеонтологічних та порівняно-морфологічних методів для систематики кнідарій застосовується і молекулярно-філогенетичний аналіз, що дає дуже цікаві результати.