Центральні та південні регіони країни мають тепліший і вологіший клімат, порівняно з північним узбережжям. У центральній і південній частині і на південних схилах гір дощів випадає менше, переважно влітку, а з листопада по травень триває посуха. Досить часто трапляються сильні урагани. Унаслідок урагану Мітч 1998 було знищено майже 80 % посівів, загинуло приблизно вісім тисяч осіб, і майже 20 % мешканців країни лишилося без притулку.