Значна частина островів належить до Зондських, які в свою чергу поділяються на Великі Зондські та Малі Зондські острови. Має сухопутний кордон з Малайзією (на острові Калімантан), Папуа Новою Гвінеєю (на острові Нова Гвінея) та Східним Тимором (на острові Тимор).