До її осьової частини приурочена місцями сильно заболочена долина річки Кагера та група менших озер. Найбільші з них — Рваньякізінга, Мухінді, Хаго, Ківумба, Іхема, Нашо, Рвампанга. Південніше знаходяться озера Мусегера, Біліра, Саке, Рверу. Найглибше озеро тектонічного походження Ківу, що має стік по річці Рузізі в озеро Танганьїку, розташоване біля західного кордону.