Не включені кільчасті черви, оскільки аналіз здійснювався за твердими викопними рештками Філогенія (еволюційне дерево) молюсків також поки остаточно не визначена. На додачу до суперечок про те, ким є Kimberella та всі Halwaxiida — молюсками чи їхніми близькими родичами, суперечки виникають і з приводу родинних зв'язків між різними групами сучасних молюсків, оскільки деякі групи тварин, традиційно представлені у складі молюсків, можуть бути перевизначені як відмінні від молюсків, хоча й споріднені організми.