На північному заході тягнеться гряда Ганзі, тут знаходиться найвища точка країни — гора Отсе (1488 м над рівнем моря). Ботсвана займає безстічну западину Калахарі оточену плато, значну частину якої займає пустеля Калахарі з численними барханами та дюнами, що мають червонуватий колір через наявність заліза в ґрунті. Клімат субтропічний, на півночі (де містяться заболочені западини) — тропічний.