Найбільша і найповноводніша прикордонна річка — Кагера. Первинні тропічні ліси в основному зведені і збереглися лише в національних парках. Природна рослинність представлена в основному вторинними саванами. У горах Вірунга простежується поясність: вологі тропічні ліси змінюються заростями бамбука, які переходять в альпійські луки.