Після численних відбудов та розширень впродовж XVI ст. монастир став одним з найбільших та найбагатших монастирів України. Греко-католицька церква у 1612 році отримала королівський привілей на монастир. Намісник унійного митрополита Іпатія Потія о. Грекович Антоній у 1618 році спробував поширити свою владу на обитель, що викликало різку реакцію: козаки схопили його та втопили в ополонці навпроти Видубицького монастиря.