На території країни Нігер приймає кілька приток, найбільші з них з правого берега: Горуоль, Дарголь, Сирбу, Горубі, Тапоа, Аліборі, Сота і Мекрі. Більшість правобережних приток пересихає в сухий сезон, з грудня по червень. Із закінченням сезону дощів річки перетворюються на ланцюжки озер, де вода зберігається досить довго. З лівого берега в Нігер впадають тільки тимчасові водостоки, найбільші з них — дассоли (ваді) Босо і Маурі.