Новий губернатор, Ніколас Овандо вжив дуже жорстоких і рішучих заходів проти індіанців: більшість вождів були підступно вбиті, решта індіанців потрапили в рабство, де їх використовували для тяжкої праці. Голод, невідомі індіанцям хвороби, висока смертність і жорстока експлуатація таїнос призвела до того, що вони масово залишали свої поселення і тікали в інші незаселені регіони острова і навіть до інших островів. Через 25 років після прибуття іспанців з декількох мільйонів таїнос залишалося менш ніж 50 000 чоловік. Через покоління і ці індіанці змішалися з білими поселенцями і чорношкірими рабами і зникли як окремий етнос.