Проіндонезійськи налаштована поліція розпочала терор, десятки тисяч осіб змушені були стати біженцями. 12 вересня 1999 року в Східний Тимор було введено сили ООН, під захистом яких почалося практичне здійснення заходів зі становлення незалежної держави. У ніч проти 20 травня 2002 року колишня колонія була офіційно оголошена незалежною державою.