Ісаєвича належать монографії «Братства та їх роль у розвитку української культури XVI—XVIII ст.» (1966), «Джерела з історії української культури доби феодалізму XVI—XVIII ст.» (1972), «Юрій Дрогобич» (1972), «Першодрукар Іван Федоров і виникнення друкарства на Україні» (1975, перевид. 1983), «Преемники первопечатника» (1981), «Літературна спадщина Івана Федорова» (1989), «Україна давня і нова. Народ, релігія, культура» (1996), «Українське книговидання: витоки, розвиток, проблеми» (2002). Окремо слід відзначити ще одне ґрунтовне видання — зведений каталог українських стародруків «Пам'ятки книжкового мистецтва» (два томи у трьох книгах, 1981—1984), яке Ярослав Дмитрович підготував спільно з доктором мистецтвознавства Якимом Запаском. Я. Ісаєвич — відповідальний редактор і один з основних авторів другого тому фундаментальної академічної праці «Історія української культури» (2001).