У Державному правлінні в липні 1941 р. призначений на пост міністра державної безпеки. Як «урядуючий провідник» після арешту Степана Бандери та Ярослава Стецька в 1941 р. — головний організатор протинацистського резистансу (український антинацистський рух Опору) та фактичний лідер ОУН. Разом із Романом Шухевичем, головним організатором Української Повстанської Армії.