Магницького призначили попечителем; він звільнив 9 професорів, запровадив сувору цензуру лекцій і казармений режим. Бартельс поїхав в Дерпт, а Лобачевського призначили деканом фізико-математичного факультету. У ці роки він пише підручники з алгебри та геометрії; перший з них було цензуровано за використання метричної системи мір, а другий взагалі не допустили до друку.