Серед української громадськості та науковців дуже довгий час точилася дискусія щодо причин смерті відомого політичного та громадського діяча. Так, існує версія про те, що смерть Міхновського — справа рук ДПУ. Згідно з цією версією, радянським каральним органом — ДПУ, після вбивства Міхновського, інсценізованого під самогубство, була підкинута «прощальна» записка, начебто написана рукою самого Миколи Міхновського, згідно свідчення Ждана Шемета — сина Володимира Шемета, у якого проживав свої останні дні Міхновський та який у 1998 році засвідчив, що його батько знайшов у кишені покійного записку з таким текстом: