У 1659 р. Брюховецький під час гетьманських виборів їздив на Запорожжя, щоб схилити запорожців підтримати кандидатуру Юрія Хмельницького. Незабаром Юрій став гетьманом, але Брюховецький покинув його. Він розумів, що молодий і безталанний новий гетьман не допоможе йому досягти високого чину. Залишившись на Запорізькій Січі, Брюховецький був обраний кошовим отаманом, а згодом і «кошовим гетьманом» (1659–1663).