Тоді він став головним поряд з гетьманом упорядником «Реєстру Війська Запорозького 1649 — початку 1650 років». Цей же документ згадує про Виговського вже як про генерального писаря. Новий генеральний писар виступає навіть як співавтор деяких важливих універсалів Богдана Хмельницького, нерідко сам пише їх з волі гетьмана.