Хоча формально Ніл починається від озера Вікторія, до плину Нілу належить річка, що впадає в це озеро, Кагера, джерела верхнього припливу якої, річки Рувїронза, розташовані на горі Кікізі на території Бурунді. Озеро Танганьїка, розташоване на півдні й сході країни, розділене між Бурунді, Танзанією й Демократичною Республікою Конго. На північному сході країни перебувають озера Кохохо й Ругверо. Ґрунти й рослинність