Батько — Стефан-Адам Мазепа, покозачився в часи Хмельниччини, став 1654 року Білоцерківським отаманом, у 1659 р. був наказним полковником Білоцерківського полку, представляв Гетьманщину на сеймі у Варшаві 1659 р., призначений у 1663 р. білоцерківським підстаростою. Мати — Марина Мокієвська — представниця старого шляхетського роду з Білої Церкви; присвятила молоді роки сім'ї, вихованню сина Івана та доньки Олександри. Шлюбу Мазепи та Мокієвської у 1638 році передувало засудження Степана Михайловича до позбавлення шляхетської честі через вбивство шляхтича Яна Зеленського.