За припущенням Омеляна Пріцака, однією зі справжніх причин арешту В'ячеслава Заїкина могла бути політична діяльність його дружини Ернестини Подґоріцер — активістки троцькістського осередку у Львові. Зі Львова науковець був вивезений до Києва, де 4 липня 1941 року воєнний трибунал військ НКВС Київської області за статтею 54-2 («збройне повстання») засудив його до страти. З огляду на стрімкий відступ Червоної армії на схід енкаведисти перевезли 45-річного В'ячеслава Заїкина до Чернігова і там 27 липня розстріляли.