Професора Остапенка на цей процес запросили як свідка. Проте на пропозицію Дмитра Мануїльського трибунал посадив Сергія Степановича на лаву підсудних. Остапенко не визнав своєї вини, але отримав 5 років таборів. Несподівано вирок змінили: замість каторжної праці професорові належало виконувати примусові роботи за фахом — було взято до уваги «цінність Остапенка як наукової сили» .