Він замінив на цій посаді Степана Опару. У 1665-1666 роках Петро Дорошенко придушив амбіції двох претендентів на гетьманську булаву — Василя Дрозда й Дацка Децика. Запровадження реформ Прагнучи стабілізувати внутрішнє становище Правобережної України, Дорошенко, за підтримки київського митрополита Йосифа Тукальського, провів ряд реформ. Щоб позбутися залежності від козацької старшини, створив регулярне 20-тисячне військо з найманих частин (сердюки та компанійці), які відзначалися особистою відданістю гетьманові.