Правда першим часом справи тут не ладились, бо студенти не підкорялися наказам, могли грубити керівництву… Новим ректором замість відомого Міллера було призначено Крашеннікова, який стабілізував ситуацію. Кирило Григорович розумів, що без активного книговидання справа Академії не має сенсу, тому в 1748 році він розпорядився, щоб В 1750 році після обрання Кирила Григоровича малоросійським гетьманом, він прохав імператрицю відійти від справ в Академії, але отримав відмову, тому вимушений був постійно розриватися між Глуховим і Петербургом.