Він не лише голосував за включення Галичини до складу УРСР як депутат Народних зборів Західної України, а й особисто відвідував Сталіна в Кремлі. Від жовтня 1939 року Панчишин очолював відділ охорони здоров'я Львівської області, від грудня того ж року — завідувач терапевтичної клініки медичного інституту. У 1939—1941 роках використав своє становище депутата Верховної Ради СРСР для надання допомоги у врятуванні від репресій.