До 1940 року він працює в конструкторській групі 4-го Спецвідділу НКВС (так звана «Шарашці») при Тушинському авіамоторобудівному заводі № 82. За цей час були розроблені проект допоміжної установки РРД на літаках С-100 і Сталь-7. У 1940 році Глушко був переведений до Казані, де він продовжує працювати у статусі головного конструктора КБ 4-го Спецвідділу НКВС при Казанському заводі № 16 з розробки допоміжних літакових РРД РД-1, РД-1ХЗ, РД-2 і РД-3.