У 1989 р. Я. Ісаєвич брав участь в установчій конференції Міжнародної асоціації україністів (МАУ) в Італії. На Другому міжнародному конгресі україністів (Львів, серпень 1993 р.) його обрали президентом МАУ, яку він очолював до 1999 р. Я. Ісаєвич брав активну участь у підготовці всіх (дотепер відбулося шість) конгресів МАУ. У 1993 р. Я. Ісаєвич був обраний почесним доктором Гродненського університету ім. Янки Купали, а в 1994 р. — іноземним членом Польської академії наук.