Флот базувався у таких портах, як Равенна, Арль, Аквілея, Мізенум, гирлі р. Сомм на заході та в Александрії та на Родосі на сході. Флотилії невеликих річкових суден протягом цього періоду були частинами limitanei (абордажних військ) і базувалися на Рейні та Дунаї. Той факт, що видатні генерали командували як армією, так і флотом, наводить на думку, що морські сили прирівнювалися до допоміжних військ, а не були незалежним родом військ. Деталі структури командування та сили флоту в той період недостатньо вивчені, хоча відомо, що флотами командували префекти.