На цих посадах, як і в подальшій діяльності, керувався настановою Леніна щодо дій у національному питанні зразкового неросійського комуніста: домагатися найповнішого (зокрема, й організаційного) злиття, а не тільки зближення робітників гнобленої нації з робітниками нації-гнобителя. Вільне володіння українською мовою ледь не коштувало Затонському життя під час антиукраїнського терору більшовицьких військ у Києві взимку 1918 року. Тільки мандат з особистим підписом Леніна врятував Затонського.