Мати, Марія Берендштам (або Бернштам), походила із знаної інтелігентної родини з німецькими коріннями. Дід по лінії матері Вільгельм Людвигович Бернштам, український археолог і громадський діяч, його дружина Зінаїда Орестівна Новицька. Молодший брат — Олександр Богданович Кістяківський (1904—1983) — видатний український зоолог-орнітолог.