Війни на два фронти, та ще й громадянської, Виговський не витримав і, не бажаючи подальшого кровопролиття, після однієї з Чорних рад, що відбулася 11 вересня 1659 у містечку Германівка, склав булаву. На його місце обрали Юрія Хмельницького, котрий під тиском Москви підписав Переяславський договір 17 жовтня 1659, що перетворював Україну в автономну одиницю у складі Московського царства, причому ця автономія постійно скорочувалася.