З жовтня 1953 року — на пенсії у місті Києві, важко хворів. Похований у Києві на Байковому кладовищі (надгробок — бронза, граніт, скульптори О. П. Олійник і М. К. Вронський; встановлений у 1966). Родина Дружина — Мануїльська (Лебедєва) Лізавета Миколаївна (1887—1963) (за деякими джерелами Софія або Варвара). Син — Володимир Дмитрович Мануїльський