У 1668 році Ігнатович як противник Андрусівського перемир'я взяв участь в антимосковському повстанні, яке розпочалось під керівництвом Івана Брюховецького. Був одним з перших полковників, котрі перейшли на бік Правобережного гетьмана Петра Дорошенка, запропонувавши останньому об'єднати під своєю булавою всю Україну.