Із серпня по листопад 1918 року бере участь в формуванні Окремого Загону Січових Стрільців в Білій Церкві, в званні «військового старшини» як помічник командира загону. 16 листопада 1918 бере участь в повстанні проти гетьманщини і в поході на Київ Осадного Корпусу Січових Стрільців. 18 листопада 1918 року, очолюючи штаб Окремого Загону Січових Стрільців, розробив план і брав участь у Мотовилівському бою. Після здобуття Києва Директорією Української Народної Республіки Мельнику присвоєно військове звання отамана (генерала) військ УНР.