8 липня очолив створений гетьманом Павлом Скоропадським Державний Сенат, 9 липня увійшов до складу комісії для розроблення проєкту Української академії наук (УАН). Як міністр освіти доклав багато зусиль для створення УАН, українських університетів у Києві й Кам'янці-Подільському, багатьох середніх шкіл, національних культурно-мистецьких закладів. Разом із іншими міністрами-кадетами 17 жовтня 1918 року Микола Василенко підписав «Записку в справі зовнішньої політики України», подану гетьманові Скоропадському. У ній зазначалось, що Україна повинна тісно пов'язувати свої інтереси з інтересами інших держав, що виникли на терені колишньої Російської імперії.