Після успішного завершення навчання в інституті у 1900 році С.Тимошенко відбуває річну обов'язкову військову службу в саперному батальйоні, дислокованому в Петербурзі. У 1902 році одружується з Олександрою Архангельською, студенткою медичної школи, яку знав зі студентських років.