Проте, в умовах бурхливих подій в Україні, коли змінювалися уряди й режими, а в Києві велися військові дії, його діяльність на посадах професора політехнічного інституту, академіка і директора Інституту механіки не могла тривати довго. У вересні 1919 року Київ був захоплений денікінцями, а в грудні — більшовиками. Практично припинилися заняття в Політехнічному інституті, була паралізована діяльність Української Академії наук, академік В.Вернадський подався у відставку.