За що його звільнили з університету. Невдовзі Панчишин відмовився переїхати до Варшави, куди запрошував давній покровитель професор Антоній Ґлюзінський. Під час вуличних боїв у Львові Панчишин очолив групу громадської медичної опіки Українського міщанського комітету й налагодив медичну обслугу української армії. 1919 року він відкрив свій приватний медичний кабінет, вступив до Українського лікарського товариства, невдовзі — до Наукового товариства імені Тараса Шевченка.