Характер процесу визначається поширеністю, глибиною ураження стінок сечовивідних шляхів: від вогнищевого запалення слизової оболонки та підслизового шару на початковому етапі до глибокого виразково-некротичного деструктивного ураження з переходом у фіброз, формуванням рубцевих деформацій і стриктур. Туберкульоз чоловічих статевих органів має подвійний патогенез: як окрема форма гематогенного туберкульозу і як вторинне ускладнення туберкульозу нирок та сечовивідних шляхів.