Після його повернення в Україну, виходячи зі стану його здоров'я та ушкоджень організму, було висунуто версію про отруєння. 21 вересня Генеральна прокуратура України, за заявою керівника виборчого штабу Віктора Ющенка Олександра Зінченка, порушила кримінальну справу за статтею 112 Кримінального кодексу (замах на життя державного або громадського діяча) для «повного й об'єктивного розслідування» обставин отруєння кандидата у Президенти. Потім кримінальна справа була передана для розслідування в СБУ, після чого знов була повернута в Генпрокуратуру. 25 жовтня 2004 року, перед першим туром голосування, прокуратура оприлюднюваа висновки комісії українських експертів, які констатували, що погіршення стану здоров'я Ющенка було обумовлене «активізацією латентної вірусної герпетичної інфекції», і кримінальна справа була припинена.