У теракті підозрювали багатьох осіб (у тому числі й американські владні структури та антиглобалістів). Остаточно звинувачення впало на «Аль-Каїду» та її керівника Осаму бен Ладена. Однак є й такі, що вважають, що за атаками стоять Моссад або ЦРУ (Ранок «пластмасових ножів» або міжелітна «розборка в США» (напередодні 11 вересня)).