У Харківській колегії вчилися діти як духівництва, так і різних верств населення, також з інших слов'янських країн. Програма навчання була побудована за зразком Києво-Могилянської академії. Пізніше в Харківському колегіумі запроваджено викладання математики, історії, французької та німецької мов. Згодом цьому навчальному закладові підпорядковувалися всі інші духовні школи Білгородсько-Обоянської єпархії, що перетворило Харківський колегіум на центральний навчальний заклад Слобідської України.