Однак є дані, що свідчать про ураження кісткового мозку, лімфатичних вузлів, селезінки, печінки, шлунково-кишкового тракту, серця та очей. У більшості таких випадків пневмоцисти є випадковою знахідкою, і лише у деяких перебіг хвороби проявляється клінічно. За гістологічними ознаками можна виділити три стадії протікання хвороби: початкова стадія — характеризується наявністю цист і трофозоїтів, прикріплених до фібронектіна альвеолярної сітки. Для цієї стадії характерна відсутність запалення стінок альвеол та клітинної інфільтрації, а також будь-яких клінічних проявів;