Всередині капсиду розташований білково-нуклеїновий комплекс: дві нитки вірусної РНК, міцно пов'язані з білком нуклеокапсиду p7, ферменти (зворотна транскриптаза, протеаза, інтеграза). З капсидом також асоційовані білки Nef і Vif (7-20 молекул Vif на віріон). Всередині віріона (і, найімовірніше, за межами капсиду) виявлений білок Vpr. Крім того, з капсидом ВІЛ-1 (але не ВІЛ-2) пов'язані близько 200 копій клітинного ферменту пептидилпролілізомерази A[en] (циклофілін А), необхідного для складання віріона.