У середні століття звичайною справою стають російсько-татарські зіткнення на марійських землях (при цьому марі виступають на стороні татар). До пори до часу татари й марі беруть гору, але потім Іван Грозний починає сплановану загарбницьку війну: в 1546 році землі гірських марі (правобережжя Волги) попадають під контроль Москви, а в 1552 році царські війська беруть Казань, і лугові марі починають платити Москві данину. Потім починається планомірна колонізація: так, в 1557 році засновані Чебоксари, в 1583 — Козьмодем'янськ, в 1584 — Царевококшайськ, нині Йошкар-Ола.