У лімфоїдній тканині ВІЛ розмножується протягом усього захворювання, вражаючи макрофаги, активовані і спокійні CD4+-лімфоцити і фолікулярні дендритні клітини. Кількість клітин, що містять провірусну ДНК, у лімфоїдній тканині в 5-10 разів вища, ніж серед клітин крові, а реплікація ВІЛ в лімфоїдній тканині на 1-2 порядки вища, ніж у крові. Основним клітинним резервуаром ВІЛ є CD4+-Т-лімфоцити імунологічної пам'яті.