Крім того, попередник мРНК піддається сплайсингу, внаслідок якого утворюються понад 40 різних мРНК, що їх можна поділити на 3 класи: несплайсована РНК завдовжки близько 9.3 kb — далі використовується як мРНК для синтезу білків Gag і Gag-Pol, а також як геномна РНК; неповністю сплайсовані РНК завбільшки близько 4 kb — використовуються як мРНК для синтезу білків Vif, Vpr, Tat, Vpu і Env; повністю сплайсовані РНК завбільшки близько 2 kb — використовуються як мРНК для синтезу білків Vpr, Tat, Rev і Nef.