Саме на Малій Хортиці (можливо за 10 км на північ від Хортиці, або на острові Байди) у 1550-х роках князь Дмитро Вишневецький-Байда збудував фортецю, що планувалася польським урядом для контролю над рухом козаків через Дніпро і на Хортиці. У січні 1557 року турецько-татарські війська напали на фортецю і згодом зруйнували. На острові Байда були виявлені залишки дерев'яних укріплень, оборонні, господарські споруди та житлові приміщення XVI століття.