Там він взяв участь у заснуванні новоросійського товариства дослідників природи та створення севастопольської біологічної станції — першої на території Російської імперії і третьої в Европі морської біологічної станції. У цей період він започаткував дослідження в галузі мікробіології, заклав наукові напрямки, що знайшли свій розвиток у дослідах: професора ботаніки Ф. М. Каменського — процес симбіозу грибів із вищими рослинами; професора ботаніки Ф. М. Породка — фізіологія мікроорганізмів, бродіння дріжджів.