Судова трійка Управління НКВД по Харківській області 8 грудня 1937 р. засудила Бутенка до 10 років ув'язнення. Бутенко помер 27 січня 1940 року в Самартаборі у віці 44 років. Реабілітований висновком Військової прокуратури Київського військового округу 25 грудня 1989 року.