Проте атеїзм не заявляє про повну пізнаваність світу, і атеїсти, як правило, не дотримуються цієї точки зору. До того ж деякі дослідження в галузі теорії систем і формальної логіки (див. Пенроуз, «Новий розум короля», і теореми Геделя про неповноту) ставлять під сумнів можливість раціонального пояснення всіх процесів у світі.