Офіційним обов'язком генерального хорунжого була охорона головної хоругви козацького війська. Генеральний хорунжий відав здебільшого військовими справами і в певній мірі був ад'ютантом гетьмана, міг виконувати обов'язки наказного гетьмана. Мав провід над відділом надвірного гетьманського війська. У Гетьманщині в генеральній артилерії служили гарматні хорунжі (хорунжий генеральної артилерії), й був підлеглими генерального обозного і артилерійського осавула.