Православні намагалися скріпити своє становище при допомозі козаччини (згодом Коз. Держави) та створення нової ієрархії, а уніяти — прихильним ставленням Речі Посполитої, сподіваючися зрівняння у правах з латинським духовенством. Завзята боротьба двох віросповідань створює багату полемічну літературу й висуває талановитих богословів та ієрархів, з яких особливо визначилися реформами серед православних митр. П. Могила, а серед уніятів митр. Й. Велямин Рутський. У Коз.-гетьманській державі православна церква мала значні впливи і підтримку.