З розпуском НТШ у 1939 році відбулися зміни у творчому житті Романа Цегельського, наукових праць майже не пише, він зосереджується головно на педагогічній роботі. З січня 1940 року його, як доктора філософії та дійсного члена НТШ, запрошують на посаду професора та керівника кафедри фізики і математики у Львівський педагогічний інститут та за сумісництвом в. о. професора фізики у Львівський університет імені Івана Франка. Під час німецької окупації працював викладачем фізики та математики в учительській семінарії. Після війни його поновлюють на роботі у Педагогічному інституті та в університеті, де він читає загальний курс фізики на фізико-математичному та біологічному факультетах та історію фізики і методику викладання фізики на старших курсах.