Далі його відправили до Петербурга як стипендіата Царства Польського. Там Ценковський вступив на математичне відділення Петербурзького університету. У 1844 році Ценковський закінчив курс університету зі ступенем кандидата природничих наук. Залишився на катедрі, де за два роки отримав ступінь магістра, захистивши дисертацію «Кілька фактів із історії розвитку хвойних рослин».