В історичній літературі кінця XX століття поширені як оцінки в 100 000, загиблих євреїв і більше, так і цифри в діапазоні від 40 до 100 тисяч. За даними Короткої єврейської енциклопедії за період повстання загинуло не менш ніж 30 тисяч представників єврейського населення. Єврейська енциклопедія зазначає, що за максимальними оцінками на всій Речі Посполитій (як в Україні, так і в сучасній Польщі) в період 1648—1667 років загинуло, померло від епідемій і голоду 40-50 тисяч євреїв. Оцінити жертви з боку тільки українських козаків та селян неможливо, оскільки схожі акції проводили і війська Речі Посполитої та населення.