Він описав 43 нові види мікроорганізмів, його праці мали велике значення для розвитку агрономії, ветеринарії і медицини. Ценковський — один із засновників онтогенетичної методи вивчення нижчих рослин і нижчих тварин, на підставі якої він зробив висновок про єдність рослинного і тваринного світу.