Спочатку він не був визнаний дійсним папою та його не включили до списку пап; але, відповідно до давньої практики Римської Церкви, тепер його вважають одним з римських пап, що створює труднощі в нумерації пізніших пап на ім'я Стефан. Annuario Pontificio Святого Престолу в своєму списку пап і антипап зробив примітку щодо Стефана II (III): «Після смерті Захарія був обраний римський священник Стефан; але через чотири дні він помер до посвячення, яке, відповідно до канонічного права того часу, було справжнім початком його понтифікату, його ім'я не було зареєстровано в Liber Pontificalis чи в інших списках пап.» Див. також Візит ad limina