Разом з тим з ім'ям Хрущова пов'язані і організація найжорсткішої в післявоєнний період антирелігійної кампанії, розстріл робітників в Новочеркаську, судові процеси з винесенням смертних вироків проти валютників і цеховиків, яких радянська пропаганда називала «розкрадачами соціалістичної власності», і ухвалення помилкових рішень в сільському господарстві (зокрема, прорахунки при освоєнні цілини), у зовнішній політиці, придушення Угорського повстання 1956 року, цькування Бориса Пастернака, цькування художників-авангардистів. У період його правління посилилася напруга в стосунках між СРСР і США (так звана Холодна війна). Політика ЦК КПРС під його керівництвом з десталінізації призвела до розриву з комуністичними режимами Мао Цзедуна в Китаї і Енвера Ходжі в Албанії.