8 жовтня 1906 року відбулося урочисте засідання Товариства сприяння початковій освіті спільно з Комісією народних медичних читань у Народній аудиторії. У 1907 році вийшов випуск «Праць Товариства київських лікарів» з портретом Хржонщевського та присвячений його пам'яті. У 1909 році великий зал Народної аудиторії було названо іменами Никанора Хржонщевського та Олексія Андрієвського. Ім'я Никанора Хржонщевського широко цитувалося у підручниках із фізіології і гістології, у першу чергу як відкривача жовчних протоків, структури нирок, а також розробника методу прижиттєвого забарвлення тканини.