Науковець дізнався про це рішення уже на Колимі. 4 січня 1939 року Шамрай загинув від виснаження і тортур. Реабілітований 1958. Вибрані праці «Козаки м. Полтави в 1767 р. за Румянцівським описом» (ЗІФВ ВУАН, кн. 6, 1925),