Все життя Черняєв вів велику науково-громадську роботу. Він був членом багатьох наукових товариств: товариства любителів садівництва, Шведського товариства садівництва, Вільного економічного суспільства, товариства сільського господарства та низки інших. У своїх численних ботанічних екскурсіях, що були постійною потребою його енергійної натури, Василь Черняєв зібрав величезний гербарій, який залишив Харківському університету. Гербарій цей є важливим матеріалом для вивчення флори України.