У 1844—1867 роках у Чуфут-Кале діяла караїмська школа, яка мала сприяти утриманню жителів у місті. Одним з останніх його мешканців був газзан, дослідник та колекціонер А. С. Фіркович (1786/87–1874), який переїхав туди з Луцька. Він висував плани переселення у місто караїмів із Литви чи суботників із Персії, але реалізувати їх не вдалося. Релігійний центр караїмів у ХІХ ст. було перенесено з Чуфут-Кале до Євпаторії.