Помер 22 серпня 1938 р. в засланні на території Севвостлагу (бухта Нагаєво) від різкого зниження серцевої діяльності. Похований на цвинтарі при Північно-Східному таборі копальні «Стахановець» Сусуманського району Магаданської області Російської Федерації. 20 березня 1958 р. за рішенням військовго трибуналу Київського військового округу справа Я. Ф. Чепіги була припинена за відсутністю складу злочину. Наукова діяльність