У 1834—1835 роках був редактором журналу «Světozor». З 1836 до 1847 року працював цензором книг. Від 1841 року Шафарик став хранителем бібліотеки Карлового університету у Празі, а з 1848 року — її директором. Також отримує посаду позаштатного професора слов'янської філології Карлового університету.