Протягом 1993 року 160 суден були передані офшорним компаніям. Після арешту Павла Кудюкіна почався масовий розпродаж та розкрадання майна підприємства: у 1994—1997 роках кількість суден Чорноморського морського пароплавства зменшилась більше ніж на 200, в тому числі у 1995—1997 роках компанія втратила 171 одиницю флоту.