Під час громадянської війни очолив державну комісію по боротьбі з тифом. На собі випробував противосипнотифне щеплення. 2 травня 1921 р. Шатілов заразився тифом підчас огляду хворих в слідчій в'язниці. 13 травня вмер від тифу.