Щоб обґрунтувати причини таких протилежно спрямованих процесів, Шахматов висунув спробу реставрувати міґраційні рухи східнословянських племен, включно з ідеєю формування південноросійського наріччя нібито в басейні Дону з пізнішим переселенням на захід, що мало покласти початок утворення білоруської мови. Через те, що ці концепції знаходили дуже мало опертя в історичних фактах, Шахматов раз-у-раз міняв свої погляди, в кожній дальшій своїй праці заперечуючи попередню. Найменше ці зміни поглядів стосувалися до початків української мови, яку Шахматов незмінно виводив з «південного наріччя» «спільнодавньоруської» мови, в загальних рисах автохтонного, хоч і тут Шахматов часом містив його початки між Прутом і дол. Дніпром, а часом далі на північ, у середньому Подніпров'ї. Другою слабкою рисою історично-генетичних концепцій Шахматова було його намагання проектувати сучасні говіркові відмінності в давнє минуле, будуючи теоретичні концепти проміжних звуків, наприклад, «півм'яких приголосних» (щоб пояснити твердість приголосних перед голосними переднього ряду в українській мові проти м'якости в російській) або припущення наявності в «спільнодавньоруській» мові голосних понаддовгих, довгих, коротких, півдовгих, півкоротких, редукованих тощо — одночасно, що суперечить усьому, що знаємо про мовні структури взагалі.