За 2 роки від розрухи не залишилося і сліду. Увійшли до ладу нові будівлі, в тому числі морфологічний корпус, були відремонтовані кафедри і студентські гуртожитки. Але через стан здоров'я він займав цю посаду до серпня 1949 року. З 1948 по 1953 року Шарлай Роман Іванович очолював кафедру пропедевтики внутрішніх хвороб, а з 1953 по 1960 займав посаду завідуючого кафедри госпітальної терапії Харківського медичного інституту.