Забезпеченість водою в губернії достатнє за винятком північних Суразького та Мглинського повітів, де через особливості ґрунтів під час посух води часто не вистачало. Найважливіша річка — Десна, яка є судноплавною на всій території губернії. Її притока Сейм також судноплавна і має велике господарське значення в транспортуванні хліба з Курської губернії до Дніпра. Навесні Десна і Сейм часто виходили з берегів, внаслідок чого їх долини були низинними та болотяними.