2 березня 2001 року процес завершився на єпархіальному рівні й справу передано до Апостольської Столиці. 6 квітня 2001 р. богословська комісія ствердила достовірність мучеництва Кир Миколая Чарнецького, 23 квітня факт мучеництва підтвердили збори кардиналів, а 24 квітня 2001 року Святійший Отець Іван Павло ІІ підписав декрет про беатифікацію Єпископа Миколая Чарнецького як блаженного мученика за Христову Віру. Під час Святої Архієрейської Літургії 27 червня 2001 року Божого у Львові Святійший Отець Іван Павло ІІ проголосив Миколая Чарнецького блаженним.