Після зречення І. Виговським гетьманства й обрання гетьманом Ю. Хмельницького, Чортомлицька Січ почала відігравати провідну роль не лише на теренах Нижнього Подніпров'я, а й на Лівобережній Україні. Так, відбувалися часті обміни посольствами та листування Коша з Московією, визнання московським царем кошового отамана І. Брюховецького одним з кандидатів на гетьманську булаву Лівобережної України. Кульмінацією впливу Чортомлицької Січі на політичні події Лівобережжя стали вибори гетьмана на Чорній Раді неподалік Ніжина у червні 1663 р. Саме 40-тисячне військо І. Брюховецького, більшість якого становили запорожці, стало головним аргументом перемоги останнього в боротьбі за гетьманську булаву.