У лютому 1942 Шалигинський партизанський загін, що складався з 119 осіб, увійшов до складу партизанського з'єднання під командуванням С. А. Ковпака та з травня того ж року базувався в Хінельських лісах, що у Шалигинському районі. Влітку 1942 був створений другий Шалигинський партизанський загін, що діяв на території Шалигинського та інших районів. 3 вересня 1943 року частинами 60-ї армії селище було зайняте. 1956 року Шалигине було віднесено до категорії селищ міського типу, а в 1959 році при укрупненні районів увійшло до складу Глухівського району.