Там на нього чекав п'ятирічний курс навчання, який Шафарикові вдалося закінчити за чотири роки. У ліцеї Шафарик вивчав три курси: філософію, до якої входили логіка, метафізика, чиста та прикладна математика, теоретична та експериментальна фізика, економіка, латинський стиль, порівняльна філософія та історія Угорщини; політику та юриспруденцію; теологію, до котрої крім догматичної та моральної теології та вивчення книг Святого письма, входило також вивчення грецької та єврейської мов.