Особливо цінними серед них є зібрання хрестів-енколпіонів, давньоруські ювелірні вироби і прикраси, що надійшли у складі 8 скарбів та як індивідуальні знахідки, скарб гривень чернігівського типу, зброя Х—ХІІІ століть, у тому числі 6 мечів і 3 скрамасакси, дерев'яний колодязь Х століття, вислі печатки, пряслиця та амфори з графіті, знахідки Міжнародної Шестовицької археологічної експедиції. Історія формування археологічної колекції музею стала темою окремої кандидатської дисертації.