Спочатку він навіть був обраний головою конгресу, але відмовився від цієї посади і на це місце був обраний Палацький. На конгресі Шафарик виголосив знамениту промову, в якій викривав облудність суджень про слов'ян їхніх сусідів (німців, мадярів, італійців), що вважали слов'ян нездатними до повної свободи і до вищого політичного життя.