Окремою частиною історії міста є Шаргородське гетто. Сюди переселялися євреї Бессарабії, Буковини і Румунії (до семи тисяч євреїв). Румуни не проводили масових розстрілів, єврейські активісти з Румунії змогли домовитися з окупаційною румунською владою, в т.ч. і за допомогою хабарів.