Не змігши нічого довести (королі Сигізмунд III Ваза, Владислав IV на той час не жили), Богдан Хмельницький подався до низового козацтва, очолив козацький збройний виступ проти шляхти Речі Посполитої. На початку Хмельниччини Чаплинський воював у лавах шляхетських військ проти повстанців: 1649 року брав участь в обороні Збаража, 1651-го командував підрозділом у битві під Берестечком. За свої військові заслуги 1653 року був обраний депутатом Трибуналу Коронного в Любліні.