Зібрав великий гербарій флори України (тепер зберігається в Інституті ботаніки імені М. Г. Холодного НАН України), в якому наведено понад 1 700 видів (у тому числі 17 нових) рослин. Незважаючи на стислість описів і відсутність вказівок про місцезнаходження, конспект флори Черняєва використовується фахівцями дотепер; довгий час це була єдина робота із флорі України, яка стала чималим внеском у вивчення цієї флори.