Черняєв повернувся в Російську імперію на початку 1825 і кілька місяців працював в Петербурзькому ботанічному саду, вивчаючи гербарії Трініуса, Турчанінова та інші колекції. 16 жовтня [[1825] розпочав педагогічну роботу в Харківському університеті; в лютому 1826 Міністерство народної освіти затвердило його ад'юнктом природної історії і ботаніки; 2 березня 1829 затверджений ординарним професором ботаніки.