За Андрусівською угодою між Москвою і Польщею (1667) Чернігівщина разом з Лівобережжям підпала під зверхність Москви. Столицею Гетьманщини стали міста на Чернігівщині: Батурин (1669—1708) і вдруге (1750 — 1764), згодом Глухів. За російсько-шведської війни 1705 — 1709 на Чернігівщині точилися бої за Стародуб і Новгород-Сіверський, а коли гетьман І. Мазепа перейшов на швед. бік, царський полководець О. Меншиков в 1708 році знищив Батурин.