Після цього на території Чако розпочалася місіонерська діяльність францисканців, зокрема Франсіско Солано, згодом визнаного святим. 1585 року сюди прибули перші єзуїти. Після зруйнування міста Консепсьйон 1632 року єзуїти почали будувати численні місії у Чако.