Проіснувала до 25 травня 1709 року, відколи була зруйнована за підтримку запорожцями на чолі з Костем Гордієнком самостійницької політики гетьмана Івана Мазепи. Розташування і зовнішній вигляд Чортомлицька Січ знаходилася на острові Чортомлик або Базавлук при впадінні в Дніпро приток: Чортомлик, Підпільна і Скарбна (тепер біля села Капулівки Нікопольського району).