Разом з виконанням обов'язків начальника ЛОР-відділення був консультантом санітарного відділу Сибірського військового округу. Наприкінці 1942 р. Яків Олександрович переведений в Москву на посаду консультанта госпіталю авіаційної медицини та інституту нейрохірургії імені М. Н. Бурденко. Одночасно Головне військово-медичне управління залучало його до консультативної та інспекторської роботи на 1-му, 2-му, 3-му і 4-му Українських фронтах.