Береги Шацьких озер низькі, улогі, складені піщаним, піщано-гальковим і біогенним матеріалами; є заболочені ділянки. У 60—70-ті роки XX ст. на цій території інтенсивно проводилися осушувальні меліорації. Галерея Гідрологія, гідрохімія Шацькі озера живляться атмосферними й підземними водами, а також за рахунок водообміну по каналах, якими сполучені окремі озера.