1239 року місто було зруйноване монголо-татарами й занепало, проте в XVII столітті одержало Магдебурзьке право та статус центру воєводства у складі Речі Посполитої, а за козацької держави Богдана Хмельницького стало головним містом Чернігівського полку. Завдяки діяльності чернігівських архієпископів Лазара Барановича й Іоанна Максимовича та підтримці гетьмана Івана Мазепи Чернігів перетворився на один із найзначніших осередків освіти й культури в Україні. У місті, зокрема, діяв Чернігівський колегіум — перший вищий навчальний заклад на території Лівобережної України.