Восени 1650 року населення регіону серйозно постраждало від епідемії чуми. В 1651-55 роках містечко потерпало від сутичок польських та козацьких військ. За Андрусівським перемир'ям Шаргород відійшов до Польщі. Протягом другої половини XVII століття страждав від турецько-татарських набігів.