У тарханній грамоті 1468 року хана Нур Девлет Ґерая мешканцям Кирк-Єра згадані вірмени. Є версія, що у правління першого кримського хана алани, греки та готи були витіснені із Кирк-Єра і фортеця була передана караїмам, проте імовірно тоді розпочався процес залишення міста православними. Хаджі Ґерай та його наступники у 1455—1551 рр. карбували в Кирк-Єрі монети. У 2-й пол. XV ст. у фортеці почали утримувати знатних полонених і послів ворожих держав, так, наприклад, у 1493 році там був ув'язнений посол Великого князівства Литовського і Руського Леж.