Також у Празі Шафарик створив фундаментальну працю «Слов'янські старожитності» («Slovanské starožitnosti»), в якій закладені основи вивчення історії слов'ян. Зокрема у цій книзі Шафарик доводив індоєвропейське походження слов'ян та визнавав окремішність української та російської мов. Також, на відміну від більшості сучасних йому чеських учених, визнавав словаків за окремий від чехів народ. Проте виступав за застосування для обох народів єдиної літературної мови.