В 1663 році мав битву з військом І. Брюховецького. Король Ян II Казимир наділив Чарнецького титулами і багатствами, хоча Чарнецького звинувачували у збагаченні зі здобутих трофеїв, викупів за полонених, збирання контрибуції з міщан Кракова перед здачею шведам. Тільки в 1665 році був призначений польним гетьманом коронним.