Тоді ж він очолив спеціальну комісію, яка координувала діяльність щодо боротьби з чумою в усій Російській імперії. Після ліквідації епідемії разом з Опанасом Шафонським, Касіяном Ягельським і Опанасом Масловським Самойлович брав участь у написанні фундаментальної праці «Опис морової виразки, що була в столичному місті Москві з 1770 по 1772 р.», що підсумовувала досвід боротьби з епідемією чуми в Москві. Через рік її було перекладено і надруковано німецькою мовою.