У 1887–1888 роках — перескладено «по старому зразку», але з деякими змінами майстром-реставратором Олексієм Пахучим. Після реконструкції побудовано дзвіницю Свято-Троїцького собору. У радянські часи собор використовували як склад. Ставлення тодішньої влади до цієї духовної пам'ятки українського народу покладене в основу роману Олеся Гончара «Собор».