У Гірському Криму – у верхній частині південного (700-1200 м н.р.м.) та північного (500-1200 м н.р.м.) макросхилів. Тис ягідний приурочений до тінистих лісів на бурих евтрофних ґрунтах на карбонатах, в ущелинах, на скелях, крутих схилах, в умовах специфічного мікроклімату (високої вологості повітря, затінення). Росте в другому деревному ярусі в Карпатах – букових та ялицево-букових лісів (союз Cephalanthero-Fagion, кл. Querco-Fagetea), у Криму – скельнодубових та букових лісів (союз Dentario-