З 2000 року по 2001 рік Я. С. Яцків — перший заступник міністра Міністерства освіти і науки України. Високий виконавчий орган, який він очолював, спрямовував свої зусилля на формування в країні системи, яка б найкраще сприяла розвиткові наукового і технічного потенціалу нашої держави. З 1 квітня 2005 року — директор-організатор Інституту енциклопедичних досліджень НАН України; з 3 жовтня того ж року — Співголова Робочої групи з розроблення Концепції розвитку наукової сфери, створеної розпорядженням Президента України В. А. Ющенка.