За розпорядженням Ясинського в Академії було поновлено математичний клас. Митрополит докладав зусиль, щоб обмежити виклики могилянців на викладацькі та вищі ієрархічні посади в Росію. В цей період в Академії йшло будівництво нового навчального корпусу (Мазепиного), Богоявленського собору, інтенсивно поповнювалась бібліотека. За час перебування на Київській митрополичій кафедрі Варлаама (Ясинського) Академія досягла найвищого розвитку й отримала титул Могилянсько-Мазепинська.