Незважаючи на розділ України, Тукальський-Нелюбович продовжував вважатися митрополитом Київським, Галицьким та всієї Руси, і переважно самостійно вирішував усі питання церковного життя. За підтримки гетьмана Петра Дорошенка 6 березня 1668 року (за іншими даними — 1670 року) отримав благословення від Константинопольського патріарха.