З 1967 року Троїцько-Іллінський монастир входив до складу Чернігівського архітектурно-історичного заповідника. Упродовж 1970-80-х років виконані реставраційні роботи на пам'ятках архітектури: дзвіниці 1775 року, Свято-Троїцькому соборі, Іллінській церкві. Нині на його території діють Чернігівське єпархіальне управління, школа регентів-псаломщиків та музей «Антонієві печери». Із будівель збереглися та діють за призначенням: Іллінська церква (друга пол. 12 століття); Свято-Троїцький собор (твір архітектора Івана Баптисти); Введенська трапезна церква (1677-1679); Дзвіниця (1775).