НДІ при вишах: Сибірський фізико-технічний інститут, НДІ прикладної математики й механіки, НДІ біології й біофізики — при Томськом державному університеті; НДІ ядерної фізики, НДІ високих напруг, НДІ електронної інтроскопії — при Томському політехнічному університеті; НДІ автоматики й електромеханіки університеті систем керування й радіоелектроніки; усього 11 НДІ.