Результати геномних досліджень вказують на збереження в генофонді кримських татар як початкового компонента протягом понад 2,5 тисячі років, так і пізнього в північних степових районах Криму. Генофонд кримських татар відрізняється широким спектром і відсутністю домінантної гаплогрупи. З частотою від 5 % зустрічаються такі гаплогрупи: R1a1a-M198 (32 %), R1b-M343, J2-M172, G2a3b1-P303, E1b1b1-M351; на їх частку сумарно припадає 67 % генетичного різноманіття кримських татар. Близько третини генофонду представлено більш рідкісними гаплогрупами (від 1 % до 5 %): C-M130, Q-M242, L-M11, O3-M122, I1-M253, N1-LL22g, G2a3-M406 та інші.