Указом імператриці Катерини II від 6 червня 1793 року Самойловича знову призначено головним лікарем усіх карантинних закладів України. 1795 року, після докладного обстеження стану карантинної служби в Україні та Криму, у спецдоповіді Петербурзькій медичній колегії запропонував низку заходів для поліпшення карантинної служби, а 1797 видав працю «Начертания о карантинах». За його участю створено карантинні заклади в Катеринославській і Таврійській губернії, на узбережжі Чорного моря, що започаткувало систему карантинів на півдні України, продовжену в XIX ст.