У 1918–1921 роках Фасмер викладав у Дерптському університеті на посаді ординарного професора. Під час своєї роботи в Дерпті Фасмер брав участь у поверненні евакуйованої в Вороніж у Першу світову війну університетської бібліотеки (на підставі мирного договору між Естонією і РРФСР від 2 лютого 1920). Одночасно він переправив із Росії і свою особисту бібліотеку, яку згодом надав у користування німецьким славістам і сам використовував у своїх роботах. Фасмер у Лейпцигу