До структури інституту входять 4 відділи, 13 лабораторій, 1 науково-дослідна станція, 5 науково-виробничих центрів, референс-лабораторія з грипу птиці. ННЦ «ІЕКВМ» здійснює наукові дослідження щодо: генетичної мінливості, екології та філогеографіі збудників інфекційних хвороб рогатої худоби впровадження у лабораторну та виробничу практику ветеринарної медицини міжнародних стандартів біологічної безпеки та біозахисту