Єпископи, що залишились в Україні й були приєднані до РПЦ, згодом зазнали репресій. Так, єпископ Веніамін (Новицький) перебував у радянських таборах у 1946–56 рр. Єпископ Іов (Кресович) був ув'язнений після війни, його тримали в тюремних монастирях у Бессарабії та Новгородській обл., а 1960 повторно заарештовано й засуджений до 3 років ув'язнення за звинуваченням в участі в українському націоналістичному русі під час війни.