Науково-методична рада, Колегія Головної ради Товариства активно розробляли цільові комплексні програми, зокрема: «Старовинні міста України», «Часи козацькі», «Шевченківські місця в Україні» та ін. Для поглибленої розробки окремих напрямів роботи Товариства була створена низка наукових та культурно-просвітницьких центрів: Науково-дослідний центр «Часи козацькі», Культурологічний центр, Український центр біографічної некрополістики. З 1991 року діє спільна структура НАН України і Товариства — Центр пам'яткознавства.