Таким чином організаційна структура УкрГМЦ складається з: Адміністрації (дирекції) центру; Головного центру аналізу, прогнозування гідрометумов та гідрометеорологічного забезпечення у складі шести відділів та дванадцяти секторів у їх складі; Головного центру телекомунікацій та обробки інформації у складі семи відділів та семи секторів у їх складі; Головного центру технічного обслуговування у складі трьох відділів і семи секторів у їх складі та однієї лабораторії;