З боку Московської Патріархії з приводу утворення Української Автономної Православної Церкви не послідувало ніяких спеціальних заяв. Таке мовчання означало розуміння того, що новий статус Української Церкви і позиція українського єпископату мають вимушений характер. Також, на думку протоієрея Владислава Ципіна, часткове визнання Московською Патріархією Екзарших прав митрополита Алексія побічно виражалося в тому, що митрополит Миколай (Ярушевич) під судовою ухвалою у справі Полікарпа (Сікорського) від 28 березня 1942 р. підписався як «колишній екзарх Патріархії в Західних областях України»