Під час виконання своїх виробничих функцій УкрГМЦ тісно взаємодіє з адміністрацією Президента і Кабінетом Міністрів України, Державною службою України з надзвичайних ситуацій та іншими центральними органами виконавчої влади та місцевого самоврядування.