Після арешту останнього органами НКВС, в квітні 1944 року був призначений тимчасовий глава Церкви — архієпископ Пантелеімон (Рудик). Загострення між двома православними церквами тривало у 1943—1944 роках аж до відходу німців, коли частина ієрархії Української Автономної Православної Церкви виїхала на Захід, де влилася до Зарубіжної Російської Церкви, а єпископи і священики, що залишилися під совєтами, приєдналися до Російської Православної Церкви. Припинення існування