У 1990 р. в складі академії було 11 факультетів, у структурі яких діяли близько 80 кафедр. До структури управління академії входили також Вінницький філіал, три науково-дослідні станції (агрономічна, м'ясного скотарства, лісового господарства), навчальне господарство, навчально-виробничий комбінат, видавництво навчальної та наукової літератури, ботанічний сад та обчислювальний центр. Серед 108 подібних вишів Союзу він постійно посідав за рейтингом 12-те місце. Національний аграрний університет 1992—2008 рр.