Автор низки наукових робіт з історії Північного Причорномор'я. Фармаковський усталив методику розкопів грец. колоній у Півд. Україні; провадив також розкопи в Києві (б. Десятинної церкви, 1908 — 09), Євпаторії та ін. Вшанування пам'яті