Обмеження у науковій роботі було чи не найбільшою карою. Наприкінці 1937 р. учений тяжко захворів. 12 квітня 1938 р. Михайло Несторович помер. Праці Праці Сперанського: «Славянские апокрифические евангелия» (1895), «Из истории отреченных книг» (1899–1908), «Николай Васильевич Гоголь — переводчик» (1905), «История древней русской литературы» (1914), «Русская устная словесность» (1917) та ін.; з української тематики: «Заметки к истории „Энеиды“ И. П. Котляревского» (1902),