У 1967 році в монастирі організували філіал Архангельського краєзнавчого музею, перетворений 1974 року на Соловецький державний історико-архітектурний і природний музей-заповідник. Нині це один з найбільших і провідних музеїв-заповідників Росії. У його оперативному управлінні понад 1000 об'єктів культурної спадщини в хронологічних межах від 5 тисячоліття до н. е. до 20 століття. Важливу частину експозиції музею становить комплекс пам'ятників історії ГУЛАГу.