Історичні виставки зосереджені в новій будівлі Національного музею в сусідстві старої будівлі, у Національному пам'ятнику на Віткові, Етнографічному музеї «Musaion» у віллі Кінських, Лапідарію в комплексі виставкового центру в Голешовицях та в рококовому палаці Мек Невена, у якому знаходиться Пам'ятник Франтішка Палацького та Франтішка Ладіслава Рігра. Природознавчий музей має антропологічне, палеонтологічне, ботанічне, зоологічне, ентомологічне, мікологічне, та мінерально-петрологічне відділення. Чеський музей музики складається з однойменного Чеського музею музики розташованого в колишньому костелі св. Марії Магдалини із 17 століття в стилі бароко, Музею Бедржиха Сметани, Музею Антоніна Дворжака та тзв. Синьої кімнати— Пам'ятника Ярославу Єжку. Музей Напрстка представляє Музей азійських, африканських та американських культур.