Найбільшу цінність являли собою рукописи (Кристинопільський апостол XII ст., Бучацьке XIII ст. і Перемиське XVI ст. євангелія, Номоканон XV ст., твір Петра Могили «Книга души, нарицаемая злото», літературна пам'ятка «Пересторога», «Львівський літопис» та ін.), архів Львівського Братства, ориґінали документів Володислава Опільського 1375, привілеї, грамоти, розпорядження польських королів 1522–1767, документи й листи молдавських господарів у справі Волоської церкви, Братської школи і друкарні 1558–1694, грамоти царгородських патріархів 1586–1670 та ін., листування й акти Львівського Братства; стародруки (зокрема церковні книги 16—17 ст.ст., граматика «Адельфотес», 1591), а також предмети церковного мистецтва. Опис музею Ставропігійського інституту дали Іларіон Свєнціцький (1908) та Ісидор Шараневич (Ruskie Muzeum Instytutu Stawropigijskiego we Lwowie, 1937).