Однак праця складалася повільно і з великими зусиллями, Фукідід правив і робив вставки, з урахуванням отриманих додатково відомостей або наступних подій. Датувати певні частини Історії дуже непросто, висновки найчастіше ненадійні; немає сумніву в тому, що в ній містяться періоди, внесені в чорновий текст, причому деякі — уже після капітуляції Афін (наприклад, ІІ. 65, 12).