Серед головних статей – «Пергаментні уривки рукописів у Празі», «Описання рукописів Тверського музею», «Златоуст Тверського музею XVI століття», «Слов’янські апокрифічні Євангелія», «Сербські хронографи...», «До історії перекладу Євангелія». Працюючи у Ніжині, М.Н. Сперанський займався також дослідженням біографії Миколи Васильовича Гоголя. Результатом наукових пошуків стали праці «Гимназия высших наук. Нежинский период жизни Н.В. Гоголя» (1902 р.) та «Один из учителей Н.В. Гоголя (И.Г. Кульжинский)» (1906 р.).