У 1640—1643 роках на замовлення Митрополита Петра Могили храм було реставровано у стилі українського бароко і розписано грецькими майстрами. За даними польського дослідника Пйотра Красного, автором перебудови церкви Спаса на Берестові був італійський архітектор Октавіано Манчіні. 1752 року під час капітального ремонту церква одержала п'ятиголове завершення. При перебудові використано з первісної будови збережену західну частину з нартексом і хорами, добудовано дві каплиці й поставлено 5 бань.