Фукідіду, від природи схильному до неупередженості, пішло на користь вигнання, що дозволило йому ознайомитися з ворогами Афін. Деякі зауваження відносно Спарти дозволяють припускати, що в цей час Фукідід зустрічався з Алківіадом. Після капітуляції Афін у 404 до н. е. Фукідід недовгий час пробув у місті; повідомляється, що його смерть була насильницькою, однак цей переказ, можливо, з'явився в зв'язку з несподіваним припиненням оповіді в VIII книзі Історії. Відповідно до іншого малодостовірного джерела, твір Фукідіда підготував до публікації історик Ксенофонт; і справді, Ксенофонт починає свою Грецьку історію з того місця, на якому зупинився Фукідід.