Після зруйнування Києва в 1240 році протягом декількох століть перебувала в занепаді. У 1640—1644 роках зусиллями Київського митрополита Петра Могили будівля церкви, від якої до того часу залишилась тільки західна частина, була відновлена в стилі українського бароко і заново розписана. На початку XIX ст. прибудована триярусна дзвіниця в стилі класицизму.