-амінокислоти входять до складу коротких (до 20 залишків) пептидів, що синтезуються ензиматично, а не на рибосомах. Ці пептиди у найбільшій кількості зустрічаються у складі клітинних стінок бактерій, завдяки чому останні є менш чутливими до дії протеаз. -амінокислоти містять також деякі пептидні антибіотики, наприклад валіноміцин, граміцидин A, актиноміцин D.