З 1590 року ввів практику щорічних соборів з присутністю на них представників духовенства, шляхти і братств. При Рагозі було заборонено світським особам керувати монастирями, прийнята нова процедура призначення єпископів і митрополита: король затверджує 1 з 4 кандидатур, прийнятих на щорічному соборі. Собор 1594 року підпорядкував братства церковним ієрархам, що посилило суперечки поміж ними (наприклад, в 1595 митрополит заборонив виступати з казаннями проповіднику віленського братства Стефану Зизанію).