Основні вододільні хребти Східного Алтаю складені в основному гранітами, граніто-гнейсами, слюдистими сланцями та іншими породами. Найчастіше вони мають вигляд вузьких альпійських гребенів. До основних водних артерій від цих хребтів відходять платоподібні нагір'я, які сильно розчленовані численними річками на вузькі гребні. Гірські долини з крутими схилами, як правило, звужені в нижній течії річок, а у верхів'ях широкі та відкриті.