Прхала категорично не сприймав процесу федералізації республіки і виступав проти надання автономних прав Словаччині та КУ, розглядаючи утворення автономних країв як крок до остаточного розпаду Чехо-Словаччини, і тому намагався жорсткими методами та військовою силою протистояти центробіжним тенденціям.