З 1947 як рядовий 21-ї дивізії королівських африканських стрільців відбував службу в Кенії (за офіційними угандійськими відомостями, Амін ще в ході Другої світової війни брав участь у бойових діях на території Бірми, одначе дослідники Амінової біографії вважають цей факт за породження пропаганди). В 1949 Амінову дивізію було переведено в Сомалі для боротьби з повстанцями шіфта. Після початку антиколоніального повстання в Кенії Амін з 1952 року боровся проти лідерів очолюваних Джомо Кеніатою повстанців «Мау-мау».