У 1594—1596 рр. жителі Човганського Каменя брали активну участь в повстанні, яке очолив Северин (Семерій) Наливайко. Поблизу Човганського Каменя проходив Чорний шлях, по якому татари набігали на українські землі. Особливо великого спустошення містечко зазнало в 1593 і 1618 роках.