Віротерпимість, впроваджувана законом від 3 травня 1883 року, змінювалася систематичним переслідуванням сектантів — пашковців, толстовців, духоборів, зокрема, штундистам 1894 року було заборонено збиратися на молитви. У західних українських губерніях і в Царстві Польському такі ж заборонні заходи запроваджувалися для унійців, які не визнавали себе православними. Пригнічувалися інородці й іновірці, зокрема ламаїсти (калмики і буряти).