Є підстави вважати, що під час травлення збільшується приплив крові до шлунка, щоб сприяти підвищенню концентрації CO2, що допомагає збільшити виділення шлункової кислоти під час травлення. Метаболізм алігатора також збільшується після їжі вчетверо порівняно з базовою швидкістю метаболізму. Алігатор також має сильно складчасту слизову оболонку в кишечнику для подальшого сприяння всмоктування поживних речовин. Завдяки складкам збільшується площа поверхні, якою всмоктуються поживні речовини.