Довгі конвеєри стають вкрай неефективними при виконанні команд, які змінюють хід виконання програми (тобто команд умовних та безумовних переходів). Ці команди за певних умов призводять до необхідності повного перезавантаження конвеєра, а чим більше стадій, тим більше часу для цього необхідно.