На території міста збереглося 63 археологічних пам'ятки. Це городища, кургани, стоянки і поселення людей з найдавніших часів до Середньовіччя, більшість з яких розташовані на лівому березі річки Об — у Нагірній частині Барнаула, у селищах Мохнатушка, Казенна Заїмка, Гоньба і Научний Городок.