Масхадову було висунуте заочне «звинувачення» в збройному заколоті, організації незаконних збройних формувань, а також у замаху на життя співробітників правоохоронних органів. До 2002 року Масхадов з невеликим загоном перебував переважно в гірській частині Чечні. У 2002 році на загальних зборах всіх польових командирів («Великий Меджліс») повстанці домовилися про єдине командування, і підрозділи раніше опозиційної терористичної організації «Маджлісуль Шура» Шаміля Басаєва і Хаттаба перейшли під командування Масхадова (був сформований новий колегіальний орган «Державний Комітет Оборони — Маджлісуль Шура», до якого, згідно з прийнятими поправками до конституції ЧРІ, на час війни переходила вся повнота влади).