В 1961 році став членом Політбюро ЦК Албанської партії праці. Ходжа обрав Алію з кількох причин. Передусім, Алія був активним послідовником його політики «спирання на власні сили» (на противагу тим, хто шукав союзу з Югославією Тіто). Крім того, до нього прихильно ставилася дружина Ходжі, Неджміє Ходжа, яка мала вплив у партії навіть після смерті чоловіка.