Регенсбург залишався важливим містом і за часів правління Карла І Великого. У 792 році тут проходила церковна частина генеральної асамблеї Карла І Великого. Рада єпископів визнала єрессю вчення адопціоністів, яке проповідувалося іспанськими єпископами Еліпандусом Толедським та Феліксом Ургельським.