Від другої дружини він мав трьох синів (відомо, зокрема про Федора, прямим нащадком якого є верховний отаман України та діаспори, маршал козацтва Дмитро Сагайдак), так само, як і від третьої дружини з київського періоду життя гетьмана. Політичні погляди Сагайдачного