Іван Брюховецький доручає Ракушці важливу справу реформування Ніжинського полку, й саме тоді Роман Ракушка вперше з'являється на Стародубщині як державний адміністратор і творець нового, окремого Стародубського полку. Відтоді Ракушка контролює в уряді Брюховецького діяльність сімох лівобережних полків (Ніжинського, Стародубського, Сосницького, Київського, Прилуцького, Лубенського та Полтавського) і одночасно відає усім млинарством Гетьманщини.