Класифікація за хімічною структурою, яку широко використовують в медичному середовищі, складається з наступних груп: Бета-лактамні антибіотики, що поділяються на чотири підгрупи: Пеніциліни — виробляються колоніями цвілевих грибів Penicillinum; Цефалоспорини — мають схожу структуру з пеніцилінами. Використовуються для боротьби з бактеріями, що стійкі до пеніциліну. Карбапенеми Монобактами