Сагайдачний провів реформу війська на Січі: поділив його на сотні та полки, поновив навчання. Разом із тим впровадив сувору дисципліну, заборонив пити горілку під час морських походів, а за провини «карав на смерть» («горло»). Позбавив козацькі лави від анархічних та кримінальних елементів, при цьому залучив до війська людей «осілих», пов'язаних із землею та хліборобством.