У в'язниці вченого піддавали постійним тривалим допитам, вимагаючи поставити свій підпис на підтримку звинувачення. Спочатку його «справу» намагалися зв'язати зі справою «Промпартії», проте Рожанський не знав нікого з фігурантів справи, і слідство незабаром відійшло від цього звинувачення.