Удостоєний медалі Жансена Французького астрономічного товариства (1904), а також Золотою медаллю Астрономічного товариства Мексики (1908) — обидві за дослідження Марса. Почесний професор астрономії Массачусетського технологічного інституту. На честь Лоуелла названі кратери на Місяці і на Марсі.