Дунайський басейн межує на півночі з водозбірними басейнами річок Везера, Ельби, Одеру, Вісли, на північному сході — Дністра, на заході та північному заході — Рейна. На південь від басейну Дунаю лежать басейни дрібних річок Адріатичного та Егейського морів. Дунай живиться дощовими водами, що стікають з водозбору, талими водами снігів та льодовиків Альп та Карпат, підземними водами.