Море юрського періоду було обширніше моря крейдового періоду; характерні юрські відкладання (у вигляді чорних глин) розташовані й на території Москви, та в її найближчих околицях, особливо — у долині річки Москви. Відкладання кам'яновугільного періоду у Московській області представлені доломітами, вапняками й мергелями. Виходи кам'яновугільних відкладів, багатих органічними залишками, мають місце на півдні (особливо в Серпуховському районі) і на заході області. Виявлені на території Московської області й девонські відкладення.