Через два роки, в 1582, митець їздив по Баварії в пошуках предметів античності, а також творів мистецтва і тварин, привезених з Нового Світу. Арчімбольдо отримав завдання зі збереження і поповнення колекції природних див і творів мистецтва, паралельно продовжив малювати полотна, замовлені імператором і його двором. На службі в Рудольфа II винайшов спосіб запису музики кольоровими позначками, гідравлічні машини, механізми для фонтанів, власний шифр. Повернення до Мілану