Перший задокументований візит європейців до Затоки Сан-Франциско відбувся 2 листопада 1769 року під час іспанської сухопутної експедиції під проводом Дона Ґаспара де Портоли. Через 7 років, 28 березня 1776 року, іспанці заснували Фортецю Сан-Франциско («Презідіо», , ). Нині це мікрорайон та парк на північному заході міста. Згодом іспанський дослідник Хуан Батіста де Анца заснував Місію Святого Франциска Ассізького, яка збереглася й донині.