7 вересня 1941 р. Провід бандерівського крила ОУН розіслав комунікат, в якому приписування вбивства Сеника та Сціборського було названо «провокацією». Однією з версій є здійснення вбивства німецькими окупантами, що доводять у своїх дослідженнях В. Гінда, І. Ковальчук, С. Стельникович. Похований 2 вересня на подвір'ї Спасо-Преображенського собору Житомира поруч з Миколою Сціборським. Вшанування пам'яті Омелян Сеник похований у Житомирі на подвір'ї Свято-Преображенського Собору.