Найнижча точка землі по відношенню до рівня моря (107 м над рівнем моря) знаходиться в Калі-на-Майні (Нижня Франконія) на кордоні з землею Гессен. Найвищою точкою Баварії і одночасно Німеччини є гора Цугшпітце (2962 м над рівнем моря) на півдні землі біля містечка Гарміш-Партенкірхен. Внутрішні води Найважливішою водною артерією Баварії є р. Дунай. Найбільшими притоками Дунаю, розглядаючи з заходу, є: праві: Іллер (Iller), Лех (Lech), Ізар (Isar) та Інн (річка) (Inn) ліві: Верніц (річка) (Wöhrnitz), Альтмюль (Altmühl), Нааб (Naab), Реген (річка) (Regen).