Забруднення річки Найхарактернішим забрудненням Самари є висока мінералізація її води, яка зумовлена скидом високомінералізованих шахтних вод Донецької області та ДХК «Павлоградвугілля». Високе значення сухого залишку (1790—3936 мг/дм³), вмісту хлоридів (240—783 мг/дм³) та сульфатів (652—1590 мг/дм³) спостерігається по всій течії річки від створу на кордоні області до гирла, незначні коливання якого залежать від періодичних скидів шахтних вод ДКХ «Павлоградвугілля» по балках Косьмінна та Свідовок.