Помітивши бідняцький рівень життя більшості її студентів, Петро Петрович став організатором дешевих їдалень для бідкавшихся студентів. Мало цього, він організував каси взаємодопомоги, чого не робило консервативне керівництво академії, включаючи і патронів академії з царської родини. Навіть цього йому здалося замалим і він декілька разів власними коштами допомагав особливо нужденним учням, рятуючи молодь від бідності і відчаю. За благодійну діяльність Академія мистецтв 1874 року обрала Семенова-Тян-Шанського П.П. своїм почесним членом.