У 1940 група провідних діячів ОУН почала вимагати відставки Сеника та Ярослава Барановського, що спричинило внутрішню кризу в ОУН і призвело до розколу організації. Сеник залишився у складі ОУН і у подальшому був одним з найближчих помічників Голови ПУН полк. Андрія Мельника..