Болотяні ґрунти часто зустрічаються в Мещерської і Верхньоволзької низовинах. По долинах великих річок — алювіальні ґрунти. Ґрунти Московської області сильно забруднені мінеральними добривами й отрутохімікатами, а також побутовими й виробничими відходами, сміттям. Особливо великий ступінь забруднення ґрунтів у приміській зоні Москви, а також на сході (в Орєхово-Зуєвскому і Ногінському районах) і південному сході області (у Воскресенському районі).