Для монастиря настали важкі часи. У 1690 р. він геть спорожнів, «братские келии были без жильцов и церковь стояла без пения». В цьому ж році монастир прийнято під опіку Києво-Межигірського монастиря, але вже не було можливості в такі тяжкі для всього Запоріжжя часи виправити і відновити в обителі монастирський лад. Після руйнування Січі