У 1593—1594 рр. викликаний Віленським братством для боротьби з унією. У Вільно був проповідником та учителем братської школи. Митрополит Михайло Рогоза домігся засудження Зизанія як єретика у січні 1596. На прохання Зизанія Берестейський собор (жовтень 1596 р.) поновив його у правах, і він знову почав викладати у Віленській братській школі.