Він продовжував писати батальні картини, присвячені героїзму громадянської війни. У 1918-1921 жив в Євпаторії, де створив понад 30 картин. Із 1922 — у м. Сімферополь, де заснував власну художню студію, яка стала основним регіональним центром художньої освіти. Постановою Раднаркому Криму на базі студії Самокиша було організовано 1937 року Кримське художнє училище імені М. С. Самокиша.