Сухопутну армію очолив Артафрен, син лідийського сатрапа з тим же ім'ям і племінник Дарія, а командуючим флотом був призначений мідиєць Датіс. За Геродотом, флот налічував 600 кораблів, але велика частина їх була транспортними судами для перекидання піхоти і кінноти. Обидва полководці отримали наказ захопити в полон і діставити Дарію афінян та еретрийців.