У новому кабінеті Пітта Каннінг зайняв посаду скарбничого флоту. З утворенням кабінету Гренвіля Каннінг став одним з головних діячів опозиції, а у наступному, торійському, міністерстві герцога Портлендського (1807) посів пост міністра закордонних справ і почав провадити курс на посилення зв'язків з Іспанією, що протистояла Наполеону.