Марія Стюарт не могла надати допомогу своїй матері: Амбуазька змова в березні 1560 підсилила вплив Ґізів при дворі, у Франції назрівали релігійні війни католиків з гугенотами, і Катерина Медічі не бажала загострювати відносини з Англією. 11 червня 1560 року померла Марія де Ґіз — остання перешкода на шляху руху Шотландії до протестантизму і союзу з Англією. Единбурзький договір, укладений між Францією і Англією 6 липня 1560 року, забезпечив відхід і англійських, і французьких військ із Шотландії і закріпив перемогу протестантизму в країні. Марія Стюарт відмовилася затвердити цей договір, оскільки в ньому містилося визнання Єлизавети I королевою Англії.