Проте тільки A-, B- і Z-форма ДНК спостерігалися в природних біологічних системах. Конформація, яку приймає ДНК, залежить від послідовності ДНК, величини та напрямку суперскрученості, хімічних модифікації основ і концентрації хімічних речовин у розчині, перш за все концентрацій іонів металів і поліамінів. B-форма, описана вище, є найпоширенішою. Альтернативні конформації подвійної спіралі відрізняються своєю геометрією та розмірами.