Сам першовідкривач помер 3 січня 1543 року і похований на острові Сан-Мігель, який назвали згодом його ім'ям Хуан Родрігес (Juan Rodriguez). Про своє плавання Кабрільо записав у журналі, який привіз його лоцман, і тепер він зберігається в одному з архівів Севільї (Іспанія).