У деяких випадках можливий одночасний аналіз цілих геномів, для чого використовуються ДНК-мікрочипи, тобто матриці, на які нанесені флюоресцентно мічені комплементарні ДНК, що дозволяє проведення порівняльної гібридизації геномів та аналіз рівня експресії багатьох генів одночасно (хоча в останньому випадку мова йде про детекцію РНК, а не ДНК).