Разом з тим після поразки гетьмана Жолкевського під Цецорою він один насмілився здійснити похід в Молдову і прогнати на короткий час султанського ставленика Стефана IX Томшу. Козаки зруйнували місто Сороки і перемогли сілістрійського пашу, який загинув у бою. Коли Сагайдачний вернувся з Варшави до козацького війська під Хотин, серед запорожців взяли гору ворожі до Якова Бородавки настрої. Як військовий провідник він був звинувачений у певних воєнних прорахунках і позбавлений гетьманської булави на користь Сагайдачного.