Марія Стюарт відмовилася послати шотландську делегацію на Тридентський собор, який завершив оформлення католицької доктрини. При цьому вона не поривала з Римом, продовжувала листування з папою, а при дворі служили католицьку месу. У підсумку з початком правління Марії Стюарт відзначено досягненням відносної політичної стабільності.