Також модифікації частин нуклеосоми, гістонів, можуть ускладнювати чи полегшувати цей процес, що призводить до активації чи пригнічення активності генів (див. пункт Структурні та регуляторні білки та епігенетика) Вищий рівень організації геному включає взаємодію нуклеосоми з лінкерними гістонами, формуючи структуру під назвою хроматосома