Для вивчення живих клітин використовують фазовоконтрастну, диференційну інтерференційно-контрастну, темнопольну мікроскопію та мікроскопію з високою роздільною здатністю (3D-SIM, STORM, PALM, і STED). Конфокальні мікроскопи дозволяють отримати тривимірне зображення та дозволяють покращити якість зображень, зокрема флуоресцентних.