З 1 листопада 1998 року, після набрання чинності Протоколу № 11, перші два з цих органів були об'єднані в один, постійно активний Європейський суд з прав людини. Його місцерозташуванням став Палац прав людини в Страсбурзі (Франція), де розташована і сама Рада Європи. За першою системою всі скарги, подані індивідуальними заявниками або державами — учасниками конвенції, ставали предметом попереднього розгляду Європейської комісії з прав людини. По-перше, вона розглядала питання про їх прийнятність і при позитивному рішенні передавала справу до Європейського суду з прав людини для прийняття остаточного рішення, що має обов'язкову силу.