Пізніше, вже за архімандритства Петра Могили, будучи об'єднаною з лаврською школою, Богоявленська братська стане частиною Києво-Могилянської колегії. Спонсором школи Богоявленського братства стала дружина мозирського воєводи Єлизавета (Галшка) Гулевич, яка пожертвувала на неї значну частину своїх маєтностей. Пізніше школою опікувався козацький гетьман Петро Сагайдачний, котрий разом з усіма січовиками записався до Богоявленського братства, допомагаючи їй у тому числі фінансово. На кошти козаків був зведений головний храм братства — Богоявленська церква.