У ході розслідування прихильники регента пред'явили як доказ невірності Марії Стюарт і її участі в змові проти чоловіка знамениті «Листи зі скриньки», кинуті Ботвеллом після його втечі. Судячи з усього, частина цих листів (наприклад, вірші, адресовані Ботвеллу) дійсно були справжніми, проте інша частина була фальшивою. Результатом розслідування став розпливчастий вердикт Єлизавети в 1569 році, який, проте, дозволив режиму Морея утвердитися в Шотландії і отримати визнання Англії.