Після смерті Єлисея Плетенецького 20 листопада 1624 року Захарія Копистенський був поставлений архімандритом Києво-Печерської Лаври. Копистенський — автор богословських трактатів: «Книга про віру єдину…» (1619–1621), «Книга про правдиву єдність православних християн» (1623), передмови до «Бесіди Івана Золотоустого» (1623) та «Номоканона» (1624), проповідей («На погреб Є. Плетенецького») тощо.