Інші ферменти можуть розрізати один з ланцюгів і проводити другий ланцюжок через розрив, а потім лігувати розрив в першому ланцюгу. Топоізомерази необхідні в багатьох процесах, пов'язаних з ДНК, таких як реплікація і транкрипція.