Обидві річки прямують західним краєм Східно-Африканського розлому, в середній частині Великої рифтової долини. Нижче злиття Блакитного і Білого Нілу єдиною великою притокою є річка Атбара, яка бере початок в Ефіопії, на північ від озера Тана, має довжину близько 800 км. Вона тече лише під час сезону дощів в Ефіопії і дуже швидко пересихає. Впадає в Ніл близько 300 км на північ від Хартуму.