Але за Плетенецького вступилися козаки і київська православна шляхта, а значна частина лаврських ченців відмовилася визнати владу представника греко-католицького митрополита. У лютому 1618 року Антоній Грекович був утоплений козаками в ополонці на Дніпрі. Аби убезпечити надалі Києво-Печерську Лавру від претензій Іпатія Потія, Єлисей Плетенецький добився для неї ставропігії, тобто безпосереднього підпорядкування патріарху Константинопольському, а не місцевій церковній владі (щоправда, король Сигізмунд ІІІ ще 1603 року на вимогу руських послів сейму відділив Лавру від київської митрополії).