1654 р., Ніжин, як і вся територія Лівобережжя, був окупований Московським царством. За переписом 1654 року, у Ніжині мешкали 11 600 осіб (у Києві тоді ж — 7 800 осіб). З 1657 р. (після смерті Б.Хмельницького) і до початку 1670-х рр. (період Руїни) ніжинські козаки брали участь у повстаннях, керованих М.Пушкарем (1658) та І.Богуном (1659).