В 1618 р. за Деулінською угодою, згідно з якої вся Сіверська земля з Черніговом входить до польсько-литовської держави, Ніжин офіційно закріплюється за Річчю Посполитою і входить до складу Київського воєводства. Король Речі Посполитої Сигізмунд ІІІ Ваза почав зміцнювати основні міста, і на місці старого городища зведено нове місто і земляну цитадель.