Голова ВАК України мав заступників. У ВАК України були також посади заступників голови, вченого секретаря. Голова ВАК України ніс персональну відповідальність перед Президентом України та Кабінетом Міністрів України за виконання покладених на ВАК України завдань і здійснення нею своїх функцій, розподіляв обов'язки між заступниками і вченим секретарем, визначав ступінь відповідальності заступників, вченого секретаря, керівників структурних підрозділів ВАК України