У місті діють три трамвайні маршрути та близько 20 маршрутів маршрутного таксі. Трамвайні перевезення безкоштовні, їх забезпечує КП «Конотопське трамвайне управління», що підпорядковане місту. Вартість одноразового проїзду маршруткою становить 15 ₴. Перевезення пасажирів на всіх маршрутах таксі забезпечують приватні перевізники.