Зовнішньоторговельні операції ніжинські підприємства здійснюють з 11-ма країнами світу, серед них: Росія, Білорусь, Індія, Бельгія, Литва, Естонія, Польща тощо. Транспорт Ніжин є важливим вузлом залізничних та автомобільних доріг. Неподалік міста є аеродром, підпорядкований МНС України.