Тоді ж прокладено залізницю «Ворожба—Конотоп», яка з'єднала села Конотопського повіту з містом. 1875 року розпочалося будівництво лінії від Конотопу до Москви. У 1890-х стає до ладу залізниця «Москва—Брянськ—Конотоп». Конотоп стає важливою вузловою станцією на лінії Московсько-Воронезько-Київської залізниці.