У 1843 році вийшов указ Синоду про присвоєння монастиреві 3-го класу, а ще через півроку — 15 травня 1844 року, на храмове свято, в день Святої Трійці відбулося урочисте відкриття монастиря. Але з відбудовою не поспішали. Тоді ж, у 1844 році, настоятелем у Густиню Синод призначив колишнього архімандрита одного з монастирів Санкт-Петербурзької єпархії Варсонофія. Як зазначає український письменник Олександр Кониський, «…першим ділом таких оновителів — знівечити в монастирі і по церквах все, що нагадує українську окремішність, усе, що не підходить під мірку й смак московсько-візантійського чернечого деспотизму й аскетизму».