1941–1943 — у місті діяла підпільна організація під керівництвом сліпого адвоката Я. П. Батюка. 15 вересня 1943 — Ніжин визволили від німецьких окупантів. див. також Перелік населених пунктів, що постраждали від Голодомору 1932—1933 (Чернігівська область). Доба незалежності