Найважливішими експонатами є: таблички з лінійним письмом А і фрагмент амфори зі знаками лінійного письма Б; розписані саркофаги і саркофаг із зображенням священного полювання з некрополя Армені; римські мозаїки з Ханьї із зображенням Посейдона і Амінони, Діоніса і Аріадни; статуетки класичної і елліністичної епох, колекція монет, скляні посудини грекоримських часів з Тарри. В Ханьї розташований Критський історичний архів і музей, в якому зберігаються різні колекції, архіви, церковні прибори, мапи, монети; в спеціальному залі експонуються особисті і пам'ятні речі Елефтеріоса Венізелоса, крім цього, цінна бібліотека і етнографічна колекція. Мореплавний музей Ханьї міститься в будівлі фортеці Фіркас і експонує макети кораблів, а також реліквії Грецького військово-морського флоту.