Найзначнішими печерами є: Диктійська печера (на Дикті, поблизу селища Психро), Ідейська печера (на Іді, поблизу селища Аногіа), Мелодонська печера (поблизу однойменного селища в провінції Апокорон), печера Омалоса в області Ханья (відома як печера-прірва Дзаніса) печера Сентоні у області Ретимно.