Під час навали орд хана Батия в 1240 р. Кирилівський монастир, ймовірно, розділив долю багатьох київських монастирів, що їх було пограбоване і спустошено. Післямонгольський період існування храму висвітлений лише кількома документами (1539 і 1555 рр.), що повідомляють про монастирські земельні володіння. Відродження монастиря у XVII ст.