Значне торговельне значення місто мало наприкінці XVII — сер. XIX ст.ст. — тоді тут відбувалися тричі на рік ярмарки — Троїцький, Покровський і Всеїдний (останній діяв до 1848 року), на які приїздили купці з Росії, Західної Європи, країн Сходу. Вже за незалежності України, починаючи від 1996 року, робляться спроби відновити славу ніжинського Покровського ярмарку. Також у місті діє Товарна біржа України.