Початково вважалося, що ареал йоржа дунайського обмежується винятково басейном Дунаю. Але наприкінці 80-х — на початку 90-х років ХХ сторіччя цю рибу було виявлено також і в середній частині басейну Дніпра: в Кременчуцькому та Канівському водосховищах, а також в притоках Дніпра — Десні та Прип'яті. Таким чином, в межах України ареал йоржа дунайського представлений двома ізольованими територіями: пониззя Дунаю та середня течія Дніпра; припускається, що цей вид може мешкати також і в українській частині басейну притоку Дунаю — р. Тиса, але достовірних знахідок в цьому регіоні досі не зроблено.