Наприкінці XVIII століття цей монастир був одним із найбагатших в Україні, але 1786 року російський уряд секуляризував його володіння. Катерина II, указом 1786 року перевела монастир до розряду «позаштатних», а з часом й зовсім ліквідувала. Після затвердження штатів для монастирів у 1793 році Густинський монастир був закритий. Більш ніж 50 років він простояв недіючим, огорожа, будівлі, церкви було пошкоджено, напівзруйновано.