До складу президії входили голова ВАК України, його заступники та вчений секретар ВАК України за посадами, керівники інших центральних органів виконавчої влади, а також провідні вчені-представники державних академій наук і державних вищих навчальних закладів. Склад президії затверджувався Кабінетом Міністрів України за поданням голови ВАК України терміном на 3 роки.