Від Смоленська до турецьких володінь у Причорномор'ї кордон і прикордонні кріпості, у тому числі і Ніжинська, як і гарнізони міст, керувалися Київським генерал-губернатором. Невдоволені фактичною зрадою московського царя, який уклавши це перемир'я порушив зобов'язання захищати українські землі, цього ж року в Україні спалахнуло повстання, ініційоване гетьманом І. Брюховецьким. У Ніжині воно вилилося в облогу залоги московських стрільців під орудою воєводи І. Ржевського, що зачинилися в Ніжинському замку (де й розміщувалися до цього), відомого як Ніжинське антимосковське повстання. Облога тривала до літа 1668 р. й була невдалою — активні військові дії періодично спалахували й згасали, навесні стрільці дочекалися підмоги — облогу було знято, а місто спалене військами князя Ф. Ромодановського, а 10 сотень Ніжинського полку передано до Стародубського козацького полку (нині територія Росії).