Першим прототипом міського музею стала т. зв. «Гоголівська кімната», яку влаштували з нагоди Гоголівських свят у місті, а вже першим публічним міським музеєм — Музей історії мистецтва та етнографії (відкрито 1920-го, але за 3 роки зачинено); за СРСР деякий час діяв Ніжинський окружний музей, закритий з посиленням тоталітарного сталінського режиму, і лише 1967 року свої двері відчинив головний музей Ніжинщини — Ніжинський краєзнавчий музей. Дивіться про це більш докладно: Початки музейної справи на Ніжинщині. Станом на осінь 2009 року в Ніжині функціонують такі музеї: