Московський уряд розглядав його як важливий стратегічний пункт у боротьбі з кримськими татарами й надіслав сюди 20 стрільців. Нова хвиля переселенців з Правобережжя значно примножила чисельність населення і призвела до створення у 1655–1658 роках Охтирського слобідського козацького полку, який проіснував до 1765 року, коли за наказом Катерини ІІ всі слобідські полки були ліквідовані. До складу полку входили Богодухівська, Боромлянська, Кириківська й Охтирська сотні. У 1692 до полку належали 12 міст, 27 сіл, кілька хуторів.