У цей самий час, почали складатися уявлення про зміну виду в ході розвитку живої природи. У підсумку, з'явилася еволюційна теорія Чарлза Дарвіна, викладена у його роботі «Походження видів шляхом природного добору» (див. також дарвінізм), яка показала свою необхідність для побудови природної філогенетичної системи, неодмінність умови виходити зі спадкоємності генетичного зв'язку між формами живих організмів.