Для цього запросили вмілих італійських інженерів, найвідомішим з яких був Мікеле Санмікелі, щоб ті склали проекти і звели такі роботи: фортифікаційні укріплення Кандії (Іракліону), стіни якої будувались впродовж ста років, фортифікаційні укріплення Ретимно — Фортеццу, і фортифікаційні укріплення Ханьї. Окрім початкових укріплень основних портів, обороноздатність острова укріпилась низкою фортець (кастеллі), які будувались у стратегічно важливих пунктах (Грамвуса, Спінолонга, Франгокастелло).