Три заклади вищої освіти міста мають III—IV рівень акредитації, забезпечуючи підготовку за рівнями бакалавра, магістра та нижчими; усі інші — I чи II рівня акредитації — здійснюють підготовку за освітньо-кваліфікаційним рівнем молодший бакалавр. У місті існують такі виші: Конотопський інститут СумДУ, у складі якого також діє політехнічний технікум; Конотопський індустріально-педагогічний фаховий коледж СумДУ; медичне училище; також приватні філії МАУП і Європейського університету.