У 1696 р. ніжинські греки, що клопоталися за новий статут Братства перед Київським митрополитом Варлаамом Ясинським, привезли йому особливого рекомендаційного листа від гетьмана. Тоді ж вони отримали від митрополита благословення на створення при Братстві школи для навчання дітей грецького і слов'янського письма та шпиталю «для препитания убогих й недужих» членів громади. А 19 квітня 1696 року гетьман І. Мазепа власним універсалом задекларував реформу Ніжинського грецького церковного Братства, підтвердив усі права, надані гетьманами-попередниками, та узяв ніжинських греків під особисту охорону, надаючи їм право безпосередньо апелювати для вирішення різних справ до гетьманської канцелярії.