Залишилися лише Успенська трапезна церква та церква Петра і Павла. Відновлення почалося з ігуменського, або Варваринського корпусу з келіями, брамою й дзвіницею. До 1672 року збудовано нові будівлі замість знищених, а у 1674–1676 роках коштом гетьмана Івана Самойловича було розпочато будівництво нової великої кам'яної п'ятиглавої Троїцької церкви, яка існує й понині. Розбудова і занепад 23 травня 1675 року Троїцька церква була освячена архієпископом Чернігівським Лазарем Барановичем.