Ендокраніум складається з мозкового черепа, який розвивається як переднє продовження осьового кістяка тулуба, що розростається навколо головного мозку, органів нюху і слуху, і лицьового (вісцерального черепа) — кістяка переднього відділу глотки. У дерматокраніумі розрізняють кістки даху (склепіння) і основи черепа, піднебінно-квадратного комплексу, нижньої щелепи, зябрової кришки і зябрової перетинки риб і нечисленних накладних окостенінь під'язичної і зябрової дуг. Порожнина черепу з'єднується великим потиличним отвором з хребетним каналом.