З 1903 р. став головним редактором «L'Aurore», в якій почав компанію по виправданні Дрейфуса; також гаряче підтримав Закон про розділення церков і держави 1905 року, розроблений урядом Луї-Еміля Комба. В березні–жовтні 1906 р. Клемансо був міністром внутрішніх справ. З жовтня 1906 р. по липень 1909 р. та в 1917–1920 рр. займав посаду голови Ради міністрів.