Перші їхні викопні рештки відомі із шарів віком 300 та 330 мільйонів років відповідно. Базуючись на структурних особливостях їхніх міхуроподібних зябер та на кількох інших характеристиках, об'єднання цих двох таксонів (Круглороті) раніше вважалося монофілетичним (таким, що містить їх спільного предка і всіх його нащадків), але в 2002 році було доведено, що це об'єднання парафілетичне. Відповідно до існуючих гіпотез, міксини та міноги є реліктовими давніми групами хребетних з великою кількістю примітивних рис в будові організму (відсутність щелеп, парних плавців, будова зябер у вигляді міхурів, наявність зовнішньо-стравоходного каналу, один напівкруглий канал у внутрішньому вусі тощо). Відповідно до сучасних теорій, примітивна будова тіла представників цих класів є наслідком їхнього давнього походження, а не вторинного спрощення завдяки притаманному ним зараз способу життя — паразитизму або харчуванню падлом.