У XVII столітті архімандритом монастиря був Петро Могила. 21 квітня 1718 року згоріли «всі будівлі, церква велика, дзвони, ризниця». У XVIII столітті Лавра стала найбільшим церковним феодалом в Україні: їй належали 3 міста, 7 містечок, близько 200 сіл і хуторів, понад 70 000 кріпаків, 2 паперові, 11 цегляних і 6 скляних виробень, понад 160 винокурень і вітряків, близько 200 шинків, 2 кінні фабрики.