Після 1623 року Єлецький монастир відремонтували і передали уніатам. Найвідомішим ігуменом монастиря того часу був Кирило Транквіліон-Ставровецький. У 1646 році він випустив першу в Чернігові друковану книгу «Перло многоцѣнное».