У період між засіданнями Інтеграційного комітету поточну роботу Співтовариства забезпечує Комісія постійних представників, призначуваних главами держав. Секретаріат Інтеграційного комітету здійснює організаційне й інформаційно-технічне забезпечення діяльності Міждержавної Ради й Інтеграційного Комітету. Дві третини персоналу Секретаріату перебувають у Москві, одна третина — в Алмати.