Розквіт монастирського життя тут пов'язаний з діяльністю ігумена Йова Заліза (1550–1651 р.), який преобразив обитель — ввів общинножиття монахів, оточив обитель огородою, створив типографію. 1649 року коштом Федора та Єви Домашевських зведено кам'яний храм в монастирі. Одна з святинь — Почаївська ікона Божої Матері; у 1675 р. завдяки молитві до цієї ікони турецько-татарські завойовники відступили від монастиря (події присвячена дума «Ой, зійшла зоря вечоровая»).