Пізніше монастир спорожнів і був занедбаний, але відновлений у XVI ст. патріархом Єремією, який підтримував добрі стосунки з Костянтином Острозьким. Останній не раз надавав кошти монастирям Святої Гори і тому, на його прохання, до цього монастиря приймали українців. Козацькі та пізніші часи На Афонській горі тривалий час жив Іван Вишенський (кінець XVI — початок XVII століть).