Після здобуття Незалежності України Після розвалу СРСР Лавра розширила діяльність: відкрився лаврський Свято-Духівський скит, в місті Крем'янець Лаврі була повернена будівля музею, з 1991 року відновилися лаврські освітні заклади — пастирські курси, духовне училище — з 1994 року як Духовна семінарія. З 1990 року намісники Лаври зазвичай знаходяться в єпископському сані, з титулом Почаївський, вікаріїв Тернопільської, з 2000 року — Київської єпархії. З 1996 року Лавра є ставропігіальним монастирем РПЦвУ.