ОС MINIX побудована на базі мікроядерної архітектури: код, який працює на рівні ядра, становить лише кілька тисяч рядків, решта працює на рівні користувача. Базове програмне оточення Minix увібрало в себе велику кількість стандартних для BSD-систем утиліт і бібліотек, портованих з NetBSD. Додатково в репозиторії представлено близько кількасот пакунків з різноманітними застосунками.