Після повернення в Київ — ігумен Києво-Печерської Лаври (1078-88). За час ігуменства Никона був прикрашений мозаїкою і розписаний фресками Успенський собор. Деякі вчені вважають, що він був автором продовження Київського літописного зведення 1037 і літописного Зводу 1073 — одного з джерел «Повісті минулих літ». На думку ряду дослідників, Никон увів до літопису переказ про поєдинок тмутараканського князя Мстислава Володимировича з касозьким князем Редедею (1022), обробив т. зв. корсунську версію про хрещення князя Володимира Святославича, оповідання про три помсти княгині Ольги древлянам (946) та ін.