У секретному протоколі також визнавалася зацікавленість Литви у Віленському краї, а Німеччина заявляла про повну незацікавленість у Бессарабії. Зазначені в цьому протоколі території в подальшому були швидко захоплені відповідно Третім Рейхом та Радянським Союзом.