Вони можуть бути однаковими або відрізнятись. Варіанти гену, які визначають різні стани однієї ознаки, згідно із сучасною термінологією називаються алелями, організми, які несуть два однакові алелі певного гена називають гомозиготними за цим геном, а ті, що несуть різні алелі, — гетерозиготними.