У місті 16—20 (6—10 за старим календарем) жовтня 1596 року за дорученням Папи Климентія VIII скликали церковний собор Київської метрополії для офіційного проголошення унії з Римською церквою. На цьому Соборі в соборній церкві святого Миколая 18 (8) жовтня 1596 року більшість ієрархів Київської метрополії прийняли унію. У 1614 році в Берестю закладений колегіум єзуїтів. У 1633 році отримало дозвіл на діяльність Колядне православне братство в Бересті.