Завершення навчання відзначилося написанням у 1856 році магістерської праці на тему: «Про єресі та розколи в Російській церкві» та незворотнім рішенням: Ніщинський вирішив обрати не духовну, а педагогічну кар'єру, не зважаючи на умовляння Антоніна, на той час вже архімандрита.