У цей період вона бере активну участь у «переговорах 2+4», які поклали початок чотиристоронній угоді про статус Берліна і його окупації союзниками, а також у переговорах з приводу об'єднання Німеччини, які Кондоліза Райс веде з Вашингтона. Щоб уникнути масованої еміграції на захід, Меркель без зволікання запустила процес інтеграції НДР у ринкову економіку і зону марки.