Відновлений лише після початку лібералізації в Росії, що розгорнулася після приходу до влади Олександра II, у 1857 році як Медико-хірургічна академія. Спочатку були створені тільки медичний і фармацевтичний факультети, однак незабаром полякам вдалося добитися відкриття факультетів права та державного управління, філології та історії, математики та фізики. У 1862 році університет був відкритий як Головна школа.