Від 1991 року А. Меркель віцеголова Християнсько-демократичного союзу. 1994 року перейшла на посаду міністерки навколишнього середовища. 1998 року партія ХДС була змушена піти в опозицію, а навколо Гельмута Коля вибухнув скандал із приводу незаконних зовнішніх пожертвувань на рахунки ХДС. Скандал зачепив також і голову ХДС Вольфганга Шойбле і той змушений був піти у відставку.