1689 року з китайською імперією Цін було укладено Нерчинський договір, який визначив кордон між двома державами по річці Аргун і далі Становим хребтом до берега Охотського моря. Того ж року Петро I перебрав на себе всю повноту влади а царівна Софія була відправлена спочатку до Святодухівського монастиря у Путивлі, пізніше переведена до Новодівичого монастиря в Москві. Після придушення повстання стрільців 1698 року, що мали намір покликати її на царство, пострижена в черниці.