Особливий науковий та організаційний поступ здійснено під головуванням Михайла Грушевського. Найвидатніший у майбутньому український історик прибув до Львова у 1894 році за рекомендаціями Володимира Антоновича та зайняв посаду завідувача кафедри історії у Львівському університеті, стає членом НТШ. У 1895 році Грушевський стає редактором «Записок НТШ», створює Археографічну комісію. У 1897 році Грушевського обрано головою Наукового Товариства імені Шевченка, а також головою Історично-філософської секції НТШ.