Однак у 1590-х та 1600-х роках більшість протестантської та православної шляхти прийняли римо-католицизм, і лише незначна частина дотримувалась православ'я чи протестантизму. У 1596 р. Внаслідок Брестської унії православні єпископи перевели Литовську (Київську) митрополію до Святого Престолу у вигляді Російської уніатської церкви. У 1632 р. Король і великий князь Владислав Ваза з метою збереження релігійного миру та зміцнення традиційної толерантности в Речі Посполитій офіційно відновив Київську митрополію Константинопольського патріархату, яка після війни між Московською державою та Річчю Посполитою в 1654—1667 рр. була анексована Московською церквою.