Більшість приток характеризуються переважанням осіннього стоку: на притоках із водозабором у Північній півкулі максимальний підйом води спостерігається у вересні — листопаді, у Південній — у квітні — травні. У середній та особливо у нижній течії сезонні коливання стоку в значній мірі згладжені через рівномірні поступання в річку вод її приток, оскільки великі частини басейну річки лежать вище і нижче екватора і принаймні в одній частині річки триває сезон дощів. Відтак, з усіх великих річок планети Конго відрізняється найбільшою природною зарегульованістю. Максимальні паводки спостерігаються у верхній течії — у листопаді — грудні, у середній та нижній — у травні — червні та у листопаді — грудні.