На початку царювання Федора III керівництво державою знаходилось у руках його найближчих родичів бояр Милославських; великим впливом при дворі також користувалися прозахідний патріарх Іоаким та вихователь Федора Олексійовича Симеон Полоцький. У подальшому вирішальний вплив на державні справи здобули фаворити Федора Олексійовича — І. Язиков та А. Лихачов.