Серед місцевих риб у річці водяться також хижі агресивні гігантські тигрові риби (). Два з найбільш незвичайних ендемічних видів цихлід — білуваті (не пігментовані) та сліпі лампролоґус летопс (), які, як вважають, живуть на глибині 160 метрів, та гетерохроміс (), які, як вважають, більш тісно пов'язані з американськими цихлідами, ніж інші африканські цихліди. Також на Конго водяться безліч ендемічних жаб та равликів. Для басейну річки Конго є характерними вузькорилі (Mecistops cataphractus), нільські (Crocodylus niloticus) та тупорилі крокодили (Osteolaemus tetraspis), а також кілька видів черепах.