Відомо, як монарх ставився до свого духовного наставника: «Під час польсько-литовських походів (1654—1656) Олексія Михайловича Никон залишався заступником царя в Москві. До нього на твердження надходили найважливіші державні справи, причому у формулі вироків ім'я Никона ставилося на місці царського: "святійший патріарх вказав і бояри приговорили". Від государева і свого імені він оголошує розпорядження наказам і розсилає грамоти до воєвод у справах цивільного і навіть військового управління...»