Дунаївці набули також важливого військового значення, оскільки в них розташували Командно-вимірювальний комплекс (КВК), що разом з аналогічним КВК та Центром управління польотами (ЦУП) в м. Євпаторії складають Наземний комплекс управління (НКУ). Також у Дунаївцях розташовувалося до Незалежності України 2 полки, які також займалися обслуговуванням шахтних пускових установок, що знаходилися в кількакілометровому радіусі від шахтного командного пункту в Дунаївцях. Дунаївці у незалежній Україні