Діяльність Товариства з перших років праці мала чітко окреслене націотворче та націозахисне спрямування. Скеровані на Схід друковані видання Товариства створювали ефективну протидію заборонам валуєвського і емського циркулярів, діячі НТШ від імені усієї інтелектуальної України представляли українство на міжнародних конгресах, а також на підросійських археологічних з'їздах, на ювілеї Івана Котляревського тощо. Наукові середовища НТШ, його чільні діячі чинили постійний тиск на польські шовіністичні кола з метою утвердження української присутності в університеті, вони очолювали змагання за український університет у Галичині. Діячі НТШ відіграли провідну роль в діяльності Таємного українського університету та в обороні українського шкільництва.