Також конче необхідним було прибрати релігійну опору держави в особі патріарха Никона — прихильника радикальних реформ щодо зміцнення позицій православной церкви на території Московського царства. Його вплив було нейтралізовано спочатку наклепом, а потім й більш радикальними мірами.