Керівним органом у галузі дошкільної, загально середньої та позашкільної освіти в місті є Управління освіти виконкому Миколаївської міської ради. У Миколаєві працюють декілька вищих навчальних закладів (як державні, так і приватної форми власності): Чорноморський національний університет імені Петра Могили; Миколаївський міжрегіональний інститут розвитку людини «Україна»