Повернувшись назад в Угнівщину, взяв активну участь у формуванні Української Повстанчої Армії. Його було включено до першого військового штабу ОУН у Галичині. Він відповідав за організацію військових структур УПА в чотирьох округах Львівщини. У січні 1944 р., після загострення українсько-польських стосунків на Волині Мирослава Онишкевича відряджено на Сокальщину та Равщину для вишколювання нових підрозділів УПА, в чому йому допомагав його рідний брат, сотник УПА Тарас Онишкевич («Галайда»).