Місто має міжнародний аеропорт Вільнюс, що розташований за 5 км від центру міста і має пряме залізничне сполучення зі станцією . У Вільнюсі є декілька залізничних станцій, провідна — станція Вільнюс, другорядні — Науйої-Вільня, Паняряй, Вайдотай, Вільнюський аеропорт.