У 1569 році до міста запрошений орден єзуїтів, який у 1570 заснував колегіум (з 1579 — академію; нині це Вільнюський університет). Після Берестейської церковної унії 1596 року утворилася община унійців, діяв чернечий орден василіан. Релігійна полеміка та інтелектуальні змагання 2-ї пол. 16 — 1-ї половини 17 ст. сприяли поширенню книговидання (друкарні Академії, Мамоничів, Карцана, василіан та ін.). У 17 — 1-й половині 18 ст. розвивалися в стилі бароко архітектура, мистецтво та література.