Єдиний син стольника Семена Івановича Шеїна, правнук Михайла Шеїна, страченого за звинуваченням у зраді в 1634 році. У 1680–1681 рр. — воєвода у Тобольську, у 1683–1684 рр. — в Курську. Брав участь у Кримських походах 1687 і 1689 рр. Був головнокомандувачем під час другого спільного походу московських і українських військ на Азов, а потім керував укріпленням міста і відбив напади кримських татар і ногайців на Азов (1697).