Вільнюс став губернським містом. Проте діяльність університету, Археологічної комісії та її Музею старовини, численних підпільних антиросійських організацій (філомати з участю Адама Міцкевича та ін.), участь вільнюсців у польському повстанні 1830—1831 і польському повстанні 1863—1864 зберегли за Вільнюсом значення центру громадсько-політичного і культурного життя земель колишнього ВКЛ. Однак репресії царського уряду після придушення повстань (закриття університету (1832) й Археологічної комісії (1855), заборона друку литовською мовою латинкою (1864) та ін.) негативно позначилися на розвитку міста.