Завданнями Головного управління та підпорядкованих йому відділів у регіонах є: організація, здійснення та координація оперативно-розшукових заходів щодо злочинів у сферах державного управління, валютно-фінансової системи, органів влади, легалізації доходів, контрабанди, організованих злочинних угрупувань (а також наркоугруповань) та інших особливо складних злочинів; виявлення, попередження, локалізації та припинення діяльності міжрегіональних організованих злочинних угруповань, які використовують методи насильства;