З листопада 1918 по лютий 1919 — в академії Генерального штабу. Потім — комісар внутрішніх справ Миколаївського повіту. З травня 1919 р. — комбриг Особливої Александрово-Гайської бригади, з червня — начальник 25-ї стрілецької дивізії, що брала участь в Бугульмінській і Белебеєвській операціях проти армії Колчака. Під керівництвом Чапаєва ця дивізія 9 червня 1919 зайняла Уфу, а 11 липня — Уральськ.