У 1671 році наказав, щоб усі працівники адміністративного апарату були мусульманами (згодом пом'якшено — впроваджено квоту у 50 % для індусів). У 1679 році повернута джизія (податок на невірних), що викликало найбільше обурення. Усіма цими діями Аурангзеб викликав низку повстань сикхів, раджпутів, маратхів, джатів, які з кінця 1670-х років вирували до самої смерті падишаха.