З 1926 року Данило Заболотний — дійсний член Академії наук СРСР. У 1928 р. переїхав у Київ. У 1928–1929 рр. Данило Кирилович перебував на посаді президент ВУАН (тепер Національна академія наук України), у складі якої заснував Інститут мікробіології та епідеміології (згодом Інститут мікробіології та вірусології імені Д. К. Заболотного НАН України).