Анатоль Вахнянин помер 11 лютого 1908 року у віці 66 років у Львові, похований у родинному гробівці на 72 полі Личаківського цвинтаря. Родина Племінник Анатоля Вахнянина, Богдан — також згодом відомий композитор, автор низки хорових творів на слова Шевченка.