Начальником управління є перша в Україні жінка-генерал Шугалей Людмила Миколаївна. Основними структурними підрозділами Військово-медичного управління СБУ є: Центральний госпіталь Служби безпеки України; Центральна поліклініка; Центральна військово-лікарська комісія; Військово-медичні служби регіональних органів СБУ в 23 областях України; Військово-медичні служби в 2-х центральних підрозділах СБУ; Військово-медичні служби в навчальних закладах та підрозділах СБУ; Лікарні відновного лікування з місцями дислокації смт Ворзель та м. Бровари Київської області;