З роками, якість води в річці Ялпуг погіршується, а її мінералізація поступово зростає за рахунок хлоридів, сульфатів, натрію та магнію. Середня мінералізація води річки за 2007—2012 рр. склала 4690,9 мг/дм³, що в 3,63 раза перевищує мінералізацію води цієї ж річки за 1947—1949 рр. Уміст хлоридів, сульфатів, натрію та магнію у воді річки за цей період зріс відповідно у 5,9, 4,09, 3,38 та 6,47 раза. На даний час вода річки Ялпуг є основним джерелом забруднення північної, відносно мілководної частини озера Ялпуг.