У цей час був учасником літературного гуртка «Плеяда». У 1891 році за підтримки кількох професорів Заболотному було дозволено скласти екстерном державні іспити в університеті на ступінь магістра природничих наук. Після цього він вступив на третій курс медичного факультету Київського університету Святого Володимира. Після завершення навчання виїхав на роботу до Кам'янця-Подільського.