АЄПР також організовує робочі групи та робочі групи з різних питань, що представляють інтерес для прикордонних та трансприкордонних регіонів Європи, до яких належать представники європейських інституцій та політичних комітетів, асоціацій та громадських груп, які мають консультативну функцію. «Дорадчий комітет з питань транскордонного співробітництва» складається з вчених та зацікавлених сторін, які консультують АЄПР з усіх питань, що стосуються транскордонного співробітництва. Цей комітет також може вносити пропозиції щодо вирішення питань у сфері транскордонного співробітництва.