6 грудня 1352 року митрополитом Феогностом Олексій був возведений у сан єпископа Владимирського і Суздальського, а 1354 року патріархом Філофеєм затверджений «архієпископом Києва й великої Русі з титулом всечесного митрополита й екзарха». З часу возведення Олексія в сан митрополита розпочалася його діяльність у відновленні церков та монастирів. 1361 року були відновлені монастирі: Чудов, Спасо-Андроніков й Олексіїв у Москві; в 1362 — Симонів, Серпухівський, Володарний за Москвою; у 1365 році — Костянтинів поблизу Владимира, Благовіщенський у Нижньому Новгороді.