Зрештою, через те, що на боці митрополита стояв і константинопольський патріарх Митрофан, ситуація зайшла в глухий кут. Відтак, щоб запобігти впадіння київської митрополії в єресь, у Москві уможливили Ісидорові втечу і він подався у Твер, а звідти через Литву дістався в Рим, де посів належне йому місце в раді кардиналів. Після втечі Ісидора Собор ієрархів обрав митрополитом Йону, що стало початком заснування автокефальної Московської митрополії.