Проте московський володар не захотів визнати це призначення. За наказом великого князя Пимен був заарештований і відправлений в Чухлому, де пробув в ув'язнені цілий рік, після чого його перевели до Твері. Константинопольський Патріарх не раз писав Великому Князю і переконував його прийняти Пимена у Москву, а Кипріана відправити.