Завданнями Центру спеціальних операцій боротьби з тероризмом і захисту учасників кримінального судочинства СБУ є запобігання, у взаємодії з оперативними підрозділами СБУ, терористичних актів, злочинів, що мають насильницький характер і створюють загрозу національним інтересам України, і інших злочинів, розслідування яких віднесено до компетенції СБУ. У складі підрозділів Центру діють спеціалізовані загони парашутистів (група «Крило»), бойових плавців і водолазів, альпіністів, снайперів, кінологів (команда «К»), піротехніків, фахівців з радіозв'язку, психологів, що спеціалізуються на переговорах з терористами. Ці підрозділи більше відомі, як спеціальний підрозділ СБУ «А» (Альфа). Також Центр уповноважений, згідно з рішенням суду, забезпечувати силами спеціальних підрозділів безпеку учасників кримінального судочинства (суддів, потерпілих, свідків, прокурорів, слідчих, обвинувачених).