กองทัพของอินโดนีเซียมักถูกกล่าวหาว่าละเมิดสิทธิมนุษยชนในระหว่างการต่อสู้เพื่อเอกราชของ GAM ซึ่งโดยทั่วไปแล้วข้อกล่าวหาที่กองทัพอินโดนีเซียปฏิเสธในขณะที่กล่าวหากลุ่มแบ่งแยกดินแดนกระทำการละเมิดสิทธิ
กองทัพของอินโดนีเซียถูกกล่าวหาว่าละเมิดสิทธิมนุษยชนในระหว่างการสู้รบกับ GAM ก่อนหน้านี้ ซึ่งข้อกล่าวหาโดยทั่วไปก็ปฏิเสธ