La secuenciación de lecturas cortas, como la realizada por equipos de secuenciación de Illumina, tiene algunas diferencias significativas con respecto a la secuenciación de lecturas largas, como la realizada por la tecnología de nanoporos. A continuación, se presentan algunas de las ventajas y desventajas de cada método:

Secuenciación con equipos de lecturas cortas tipo Illumina:

Ventajas:

Precisión: Las lecturas cortas son altamente precisas y confiables, lo que permite identificar pequeñas variaciones en el genoma.
Costo: La secuenciación de lecturas cortas es relativamente barata en comparación con otros métodos de secuenciación.
Velocidad: La secuenciación de lecturas cortas se realiza rápidamente, lo que permite obtener resultados en un corto período de tiempo.
Desventajas:

Cobertura: Debido a la longitud limitada de las lecturas, la cobertura de todo el genoma puede ser incompleta y pueden existir regiones difíciles de secuenciar o alinear.
Resolución de estructuras complejas: Las estructuras complejas, como las regiones de repeticiones o las fusiones de genes, pueden ser difíciles de resolver debido a la longitud limitada de las lecturas.
Secuenciación de lecturas largas tipo nanopore:

Ventajas:

Longitud de las lecturas: Las lecturas largas permiten secuenciar regiones del genoma que son difíciles de secuenciar con lecturas cortas.
Resolución de estructuras complejas: La longitud de las lecturas permite resolver estructuras complejas, como las regiones de repeticiones o las fusiones de genes.
Cobertura: La longitud de las lecturas permite una mejor cobertura del genoma.
Desventajas:

Precisión: Las lecturas largas pueden ser menos precisas que las lecturas cortas, lo que puede afectar la calidad de los datos obtenidos.
Costo: La secuenciación de lecturas largas es más costosa en comparación con la secuenciación de lecturas cortas.
Velocidad: La secuenciación de lecturas largas puede ser más lenta que la secuenciación de lecturas cortas.
การจัดลำดับการอ่านแบบสั้น เช่น ที่ทำโดยอุปกรณ์จัดลำดับของอิลลูมินา มีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญบางประการจากการจัดลำดับแบบอ่านยาว เช่น ที่ทำโดยเทคโนโลยีนาโนพอร์ ด้านล่างนี้คือข้อดีและข้อเสียบางประการของแต่ละวิธี: การเรียงลำดับด้วยอุปกรณ์อ่านสั้นของ Illumina: ข้อดี: ความแม่นยำ: การอ่านแบบสั้นมีความแม่นยำและเชื่อถือได้สูง ทำให้สามารถระบุความแปรผันเล็กน้อยในจีโนมได้ ค่าใช้จ่าย: การจัดลำดับการอ่านแบบสั้นมีราคาไม่แพงนักเมื่อเปรียบเทียบกับวิธีการจัดลำดับแบบอื่นๆ ความเร็ว: การจัดลำดับการอ่านสั้นๆ ดำเนินการอย่างรวดเร็ว ทำให้ได้ผลลัพธ์ในระยะเวลาอันสั้น ข้อเสีย: ความครอบคลุม: เนื่องจากการอ่านมีความยาวจำกัด ความครอบคลุมของจีโนมทั้งหมดจึงอาจไม่สมบูรณ์ และอาจมีบริเวณที่ยากต่อการจัดลำดับหรือจัดตำแหน่ง การแก้ไขโครงสร้างที่ซับซ้อน: โครงสร้างที่ซับซ้อน เช่น บริเวณที่ทำซ้ำหรือการรวมยีน อาจแก้ไขได้ยากเนื่องจากมีความยาวในการอ่านที่จำกัด การจัดลำดับการอ่านแบบยาวของ Nanopore: ข้อดี: ความยาวในการอ่าน: การอ่านแบบยาวช่วยให้สามารถจัดลำดับขอบเขตของจีโนมที่ยากต่อการจัดลำดับด้วยการอ่านแบบสั้น ความละเอียดของโครงสร้างที่ซับซ้อน: ความยาวของการอ่านช่วยให้สามารถแก้ไขโครงสร้างที่ซับซ้อนได้ เช่น บริเวณที่เกิดซ้ำหรือการรวมยีน ความครอบคลุม: ความยาวของการอ่านช่วยให้ครอบคลุมจีโนมได้ดีขึ้น ข้อเสีย: ความแม่นยำ: การอ่านแบบยาวอาจมีความแม่นยำน้อยกว่าการอ่านแบบสั้น ซึ่งอาจส่งผลต่อคุณภาพของข้อมูลที่ได้รับ ค่าใช้จ่าย: การจัดลำดับการอ่านแบบยาวมีราคาแพงกว่าเมื่อเปรียบเทียบกับการจัดลำดับการอ่านแบบสั้น ความเร็ว: การอ่านแบบยาวตามลำดับอาจช้ากว่าการอ่านแบบสั้นแบบเรียงลำดับ
spam fails_task lang_mismatch pii not_appropriate hate_speech sexual_content quality toxicity humor helpfulness creativity violence