爱国卫生运动是全党全民的事情，应实行条块结合，以块为主。爱卫会成员部门，应分别做好以下工作：
计划、财政、物资部门要把城乡除害灭病、卫生基本建设（包括农村“两管五改”）所需物资、经费纳入国家和地方计划。
农业、水利部门要结合农田、水利基本建设和新农村的发展规划，抓好农村饮用水的改良、粪便无害化处理和大办沼气。卫生部门应密切配合农业、水利部门搞好寄生虫病、地方病的防治工作。
工业部门要制订搞好环境卫生、防治环境污染的规划，抓好文明生产、劳动卫生、“三废”治理和职业危害的防治。
城建部门要把城市卫生基本建设纳入城市建设规划，有计划地增添卫生设施，加强环卫专业队伍的建设，搞好城市粪便、垃圾、污水的无害化处理。抓紧解决城市卫生基本建设中存在的问题。
商业、轻工、粮食、供销、工商等部门要结合经营管理，认真贯彻执行《中华人民共和国食品卫生管理条例》和国家有关食品卫生标准的各项规定，提高食品卫生质量，改善食品结构。搞好集市贸易的卫生管理。
化工、医药部门要负责生产高效低毒低残留的除害消毒药品和器械，以满足供应。
环保部门要根据《中华人民共和国环境保护法》，“全面规划，合理布局，综合利用，化害为利，依靠群众，大家动手，保护环境，造福人民”的方针，搞好环境保护，治理“三废”和噪音，保护自然资源，防治污染和其他公害。与卫生部门紧密配合搞好保护环境的监督工作。
卫生部门要做好除害灭病的技术指导、卫生科学知识的宣传和科研工作，搞好卫生监督，解决好医疗卫生部门的垃圾、污物、污水、粪便的无害化处理。
教育部门要加强对学生的卫生知识教育，认真贯彻中、小学生守则和卫生部、教育部制定的《中小学卫生工作暂行规定》等规定，改善学校环境，培养学生爱清洁、讲卫生的道德风尚，提高学生健康水平。组织学生积极参加爱国卫生运动和卫生宣传活动。
体育部门要坚持体育与卫生相结合，积极开展群众性体育活动，增强人民体质。
公安部门要根据人民警察职责条例、治安管理处罚条例和刑法有关内容的条款，加强对公共卫生和市容的管理。
工会、共青团、妇联要组织工人、共青团员、妇女积极参加爱国卫生运动，搞好个人和家庭卫生，进行社会公德教育，自觉遵守各项卫生规定。
宣传、文化、新闻部门要采取多种形式开展卫生宣传。报纸、电台、电视台以及影剧院要积极配合搞好卫生宣传工作。
上述各成员部门，应把各自承担的爱国卫生运动的任务与生产、工作、教学等各项工作有机结合起来，列入自己的计划，统筹安排，把搞好爱国卫生运动列为考核评奖条件之一。