Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pekalongan utawa STAIN Pekalongan ya iku Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri ing Pekalongan Provinsi Jawa Tengah, Indonésia. STAIN Pekalongan diadhekake adhedasar Surat Dudutan Présidhèn Nomor 11 Tanggal 21 Maret 1997 bertepatan kanti Tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H.

Sajarah

Jurusan 
 Jurusan Tarbiyah 
 Jurusan Syari’ah 
 Jurusan Ushuluddin
 Program Pascasarjana

Delenga Uga 
 Perguruan tinggi Islam nagari ing Indonésia
 Sekolah tinggi agama Islam nagari
 Pratélan perguruan tinggi Islam nagari Ing Indonésia

Pranala njaba 

Perguruan tinggi nagari di Jawa Tengah
Lembaga pendidikan Islam di Jawa Tengah
Pekalongan