Universitas Papua dicekak UNIPA yaiku universitas kang manggon ing kutha manokwari, Kang madheg wiwit 3 November 2000. Diresmikake dening Direktur Jenderal Pendidikan Nasional kang makili Menteri Pendidikan Nasional ing dina sétu tanggal 28 Juli 2011. Awal Ngadhék kanthi jeneng universitas negeri papua, kanthi tanggal 17 oktober 2014 diganti dadi universitas papua (tanpa negeri). Bab iki adhedhasar peraturan presiden nomer 155 tahun 2014. mula nganti saiki isih nggunakake jeneng mangkana kui.

Wiwitane pangadheke UNIPA diwiwiti Fakultas Pertanian Universitas Cenderawasih sing berkembang kanthi patang periode yaitu: periode fppk uncen (1964-1982), Periode Faperta uncen (1982-2000), Universitas Negeri Papua (2000-2014), Universitas Papua (2014-Saiki). Semono uga wiwit tahun 2000, unipa dipimpin dening lima rektor sing ganti saben limang tahun pisan yaiku: Prof. Dr. Frans Wanggai (2000-2008); Ir. Jan Pieter Karafir, M.Ec. (2008-2012) sing banjur diterusake dening PLT Rektor Dr. Ir. Merlyn Lekitoo, MS (2011-2012), rektor katelu dijabat dening Dr. Suriel S. Mofu S.Pd, M.Pd. TEFL, M.Phil. (2012-2015) kang diterusake dening PLT Rektor Dr. Ir. Onesimus Yoku MS (2015-2016), rektor kaping papat Dr. Ir. Jacob Manusawai, MH (2016-2020), banjur diganti dening Dr. Ir. Meky Sagrim SP, M.Si nganti saiki.

Kanthi saiki Universitas papua nduweni 12 fakultas lan 1 program pasca, yaiku:
1. Fakultas Pertanian
2. Fakultas Teknologi pertanian
3. Fakultas Ekonomi Bisnis
4. Fakultas Matematika lan ngelmu alam
5. Fakultas Keguruan lan ilmu pendidikan
6. Fakultas Perikanan lan ilmu kelautan
7. Fakultas Kedokteran
8. Fakultas Peternakan
9. Fakultas Kehutanan
10. Fakultas satra lan kebudayaan
11. Fakultas Teknik
12. Fakultas Teknik Pertambangan lan perminyakan
13. Program Pasca Sarjana