Hubungan Indonésia lan Malaysia ngalami pasang surut. Ing taun 1963, kadadéan konfrontasi antara Indonésia lan Malaysia. Perang iki diwiwiti kanthi anané niyat Malaysia arep nggabungaké Brunei, Sabah lan Sarawak karo Persekuthuan Tanah Melayu ing taun 1961 (Pirsani: Konfrontasi Indonésia-Malaysia). Hubungan antara Indonésia lan Malaysia uga mundur nalika taun 2002 kapulauan Sipadan lan Ligitan di klaim déning Malaysia minangka  wewengkoné, lan dhedhasar kaputusan Mahkamah Internasional (MI) ing Den Haag, Walanda sidané Sipadan lan Ligitan dadi wewengkon Malaysia.

Alamat Kedutaan

Kedutaan Indonésia ing Malaysia

Kedutaan Indonésia ing Kuala Lumpur 
 Duta Besar Da'i Bachtiar 
 No. 233, Jalan Tun Razak,
 50400 Kuala Lumpur, Malaysia
 (PO BOX 10889) 
 Telepon (603) 2421354, 2421151, 2415228, 2411421, 2431572, 
 Faks: (603) 2417908, 2423878, 2410737 
 E-Mail: kbrikl@po.jaring.my 
 Website: http://www.kbrikl.org.my

Konsulat Indonésia ing Johor Bahru 
 Konsulat Jenderal Marjadi Hadisuwiryo 
 No. 723, Jalan Anyer Molek 
 Johor Bahru 80000, Malaysia 
 Telepon: (60-7) 2212000, 2223396, 2229301 
 Faks: (60-7) 2248309 
 E-Mail: krijohor@tm.net.my

Konsulat Indonésia ing Pulau Pinang 
 Konsulat Jenderal Erick Hikmat Setiawan 
 No. 467, Jalan Burma 
 10350 Pulau Pinang, Malaysia
 (PO BOX 502) 
 Telepon (04) 227-412 
 Faks (04) 227-5887 
 E-Mail fakar@pc.jaring.my

Konsulat Indonésia ing Sabah 
 Konsulat Jenderal Kurniawan Roebadi 
 Lorong Kemajuan, Karamunsing, Kota Kinabalu, 
 88817 Sabah, Malaysia
 (PO BOX 11595) 
 Telepon: (60-88) 218600, 218258, 218518, 219110 
 Faks: (60-88) 215170 
 E-Mail: kjrikk99@tm.net.my

Kedutaan Malaysia ing Indonésia

Kedutaan Malaysia ing Jakarta 
 Duta Besar Datuk Syed Munshe Afdzaruddin b. Syed Hassan
 Jalan H.R. Rasuna Said,
 Kav. X/6, No.1-3 Kuningan,
 Jakarta Selatan 12950
 Telepon: (62-21) 5224947 
 Faks :(62-21) 5224974 
 E-Mail: mwjkarta@indosat.net.id 
 Website: http://www.kln.gov.my/perwakilan/jakarta

Pranala njaba 
 Berita konflik 

Malaysia
Indonésia