Endofit
Endofit adalah mikroorganisme yang hidup di dalam tumbuhan dan bersimbiosis dengan tumbuhan itu dengan menghasilkan metabolit sekunder yang membantu pertahanan tumbuhan tersebut. Endofit dapat berupa bakteri, kapang maupun khamir. Indonesia memiliki potensi endofit yang melimpah, tetapi masih sedikit penelitian yang telah dilakukan. Senyawa dari mikrob endofit bisa dikembangkan menjadi bahan obat.

Bakteri Endofit 
Bakteri endofit adalah bakteri yang hidup di dalam jaringan tanaman selama periode tertentu dari siklus hidupnya. Bakteri endofit dapat membentuk koloni dalam jaringan tanaman tanpa membahayakan inangnya. Dalam satu jaringan tanaman kemungkinan ditemukan beberapa jenis mikrob endofit. Bakteri endofit dapat diisolasi dari jaringan tanaman dan ditumbuhkan pada medium fermentasi tertentu. Di dalam medium fermentasi tersebut bakteri endofit umumnya dapat menghasilkan senyawa sejenis yang terkandung pada tanaman inang dengan bantuan aktivitas suatu enzim. Bakteri endofit mempunyai potensi yang dapat dimanfaatkan sebagai penghasil metabolit sekunder seperti yang terkandung di dalam tanaman inangnya. Asal isolat bakteri endofit, jenis bakteri dan kondisi perakaran tanaman inang akan menyebabkan kemampuan yang berbeda
dalam menghasilkan suatu senyawa metabolit sekunder. Hampir semua tanaman vascular memiliki endofit. Endofit masuk ke dalam jaringan tanaman umumnya melalui akar atau bagian lain dari tanaman. Pada situasi ini tanaman merupakan sumber makanan bagi mikroorganisme endofit dalam melengkapi siklusnya.

Beberapa bakteri endofit dapat menghasilkan hormon yang dapat merangsang pertumbuhan tanaman. Salah satu hormon yang dihasilkan oleh mikrob endofit adalah IAA (Indole Acetic Acid) atau yang lebih dikenal dengan sebutan auksin. Auksin berperan sebagai hormon pemacu pertumbuhan pada tanaman dan biasanya ditemukan pada jaringan meristem. Bakteri endofit tersebut dapat diisolasi dari beberapa tanaman vascular salah satunya adalah tanaman padi (Oryza sativa L.) yang digunakan sebagai tanaman pertanian di Indonesia. Padi merupakan tanaman turun temurun yang diwariskan oleh nenek moyang dan menjadi makanan pokok masyarakat Indonesia. Umur tanaman padi yang sangat lama memungkinkan bakteri endofit masuk ke dalam jaringan tanaman padi tersebut dan menetap serta menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang diduga sebagai akibat koevolusi atau transfer genetik (genetic recombination) dari tanaman inangnya ke dalam mikrob endofit. IAA yang dihasilkan oleh bakteri dalam tanaman meningkatkan jumlah rambut akar dan akar lateral tanaman. Hormon yang dihasilkan oleh bakteri akan diserap oleh tanaman sehingga tanaman akan tumbuh lebih cepat atau lebih besar. Hormon IAA ini mampu mensintesis substansi yang secara biologis dapat meningkatkan perkecambahan biji, tinggi dan pertumbuhan tanaman.

Referensi 

Bakteriologi
Simbiosis
Ekologi fungi