Indonesia dalam tahun 1999
menyajikan serangkaian peristiwa yang terjadi di Indonesia sepanjang tahun 1999.

Petahana 

 Presiden: 
 B.J. Habibie (sampai dengan 20 Oktober 1999).
 Abdurrahman Wahid (mulai 21 Oktober 1999).
 Wakil Presiden
 Megawati Soekarnoputri (mulai 21 Oktober 1999).

Peristiwa

Januari 
 17 Januari – Kerusuhan Sambas di Kalimantan Barat terjadi. Peristiwa ini merupakan konflik antarsuku antara suku Melayu dan suku Dayak melawan suku Madura.
 19 Januari – Konflik sektarian Maluku mulai berlangsung. Konflik ini baru berakhir setelah penandatanganan Piagam Malino II pada 13 Februari 2002.
 Skandal Bank Bali yang melibatkan direktur Bank Bali Rudy Ramli, direktur PT Era Giat Prima Djoko Tjandra, bendahara Partai Golkar Setya Novanto, dan Badan Penyehatan Perbankan Nasional.

Februari 

 1 Februari – Pengesahan Undang-Undang Nomor 2 Tahun 1999 tentang Partai Politik yang memungkinkan berdirinya banyak partai politik di Indonesia.

Maret 

 20 Maret – Penyerangan Hotel Wisata terjadi di Poso, Sulawesi Tengah.

Mei 
 5 Mei – Perserikatan Bangsa-Bangsa mempertemukan Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Portugal di New York untuk membahas pelaksanaan referendum Provinsi Timor Timur.
 7 Mei  – Pengesahan Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah yang memberikan keleluasaan kepada daerah untuk menyelenggarakan otonomi daerah.

Juni 
 7 Juni – Pemilu legislatif dilaksanakan untuk memilih 462 anggota Dewan Perwakilan Rakyat (DPR) serta anggota Dewan Perwakilan Rakyat Daerah (DPRD Provinsi maupun DPRD Kabupaten/Kota) untuk periode 1999–2004. Pemilu ini diikuti oleh 48 partai politik.

Agustus 
 30 Agustus – Referendum kemerdekaan dilaksanakan di Provinsi Timor Timur. Hasilnya, sebanyak 21,5% penduduk memilih untuk menerima status otonomi khusus dalam negara Indonesia, sedangkan 78,5% sisanya menolak dan memilih untuk memerdekakan diri.

September 

 28 September Dua mahasiswa Universitas Lampung meninggal dunia dan puluhan lainnya mengalami luka akibat kerusuhan dengan aparat.

Oktober 
 20 Oktober – Pemilihan presiden dilaksanakan untuk memilih Presiden Republik Indonesia. Sebanyak 700 anggota MPR mendapatkan hak pilih. Abdurrahman Wahid memenangkan pemilihan dengan meraih 373 suara (53,98%), mengalahkan Megawati Soekarnoputri yang memperoleh 313 (44,72%) suara.
 21 Oktober – Pemilihan wakil presiden dilaksanakan untuk memilih Wakil Presiden Republik Indonesia. Megawati Soekarnoputri meraih 396 (57,81%) suara dan menyisihkan Hamzah Haz yang memperoleh 284 (40,57%) suara.
 29 Oktober – Pembentukan Kabinet Persatuan Nasional.

Hari libur nasional di Indonesia 
Hari-hari libur nasional Indonesia untuk tahun 1999:

Referensi 

 
Indonesia menurut tahun