જનીન અભિવ્યક્તિને ક્રોમેટિન માળખામાં ફેરફાર કરીને નિયંત્રિત કરી શકાય છે.
યુકેરીયોટ્સમાં, ડીએનએના મોટા પ્રદેશોની સુલભતા તેના ક્રોમેટિન માળખા પર આધારિત હોઈ શકે છે, જે ડીએનએ મિથાઇલેશન, એનસીઆરએનએ અથવા ડીએનએ-બાઈન્ડીંગ પ્રોટીન દ્વારા નિર્દેશિત હિસ્ટોન ફેરફારોના પરિણામે બદલી શકાય છે. તેથી આ ફેરફારો જનીનની અભિવ્યક્તિને ઉપર અથવા નીચે નિયંત્રિત કરી શકે છે. આમાંના કેટલાક ફેરફારો જે જનીનની અભિવ્યક્તિને નિયંત્રિત કરે છે તે વારસાગત છે અને તેને એપિજેનેટિક નિયમન તરીકે ઓળખવામાં આવે છે.