क्या संविधान में चर्च और राज्य को अलग करने का आह्वान किया गया है?
जेफरसन और जेम्स मैडिसन की अलगाव की अवधारणाओं पर लंबे समय से बहस हो रही है। जेफरसन ने अपनी अध्यक्षता के दौरान कांग्रेस द्वारा उन्हें भेजे गए धन्यवाद दिवस की घोषणाओं को जारी करने से इनकार कर दिया, हालांकि उन्होंने वर्जीनिया के गवर्नर के रूप में एक धन्यवाद और प्रार्थना घोषणा जारी की थी। मैडिसन ने राष्ट्रपति के रूप में चार धार्मिक घोषणाएं जारी कीं, लेकिन दो बिलों को इस आधार पर वीटो कर दिया कि उन्होंने पहले संशोधन का उल्लंघन किया। दूसरी ओर, जेफरसन और मैडिसन दोनों ने कैपिटल में धार्मिक सेवाओं में भाग लिया। संविधान के अनुसमर्थन से कई साल पहले, मैडिसन ने तर्क दिया कि "क्योंकि यदि धर्म को बड़े पैमाने पर समाज के अधिकार से छूट दी जाती है, तो फिर भी यह विधायी निकाय के अधीन हो सकता है।" राष्ट्रपति पद से सेवानिवृत्त होने के बाद, मैडिसन ने "चर्च को राज्य से पूरी तरह से अलग करने" के बारे में लिखा। "संयुक्त राज्य अमेरिका के संविधान में धर्म और सरकार के बीच अलगाव के रूप में दृढ़ता से संरक्षित", और मैडिसन ने लिखा, और घोषणा की कि "एडवर्ड हाउस ने संयुक्त राज्य अमेरिका के संविधान में धर्म और सरकार के बीच अंतर को मजबूत करने के लिए अनिवार्य रूप से परिभाषित किया है, क्योंकि संविधान के मूल प्रावधानों के रूप में