पादप और पशु दोनों कोशिकाओं में मौजूद लाइसोसोम हैं
वैज्ञानिक परंपरा के अनुसार, लाइसोसोम शब्द केवल जानवरों में इन वेसिकुलर ऑर्गेनेलों पर लागू होता है, और वैक्यूल शब्द पौधों, कवक और शैवाल (कुछ पशु कोशिकाओं में वैक्यूल भी होते हैं) में उन पर लागू होता है। 1970 के दशक से पौधों की कोशिकाओं में खोजों ने इस परिभाषा को चुनौती देना शुरू कर दिया है। पौधों के वैक्यूल संरचना और कार्य में पहले की तुलना में बहुत अधिक विविध पाए जाते हैं। कुछ वैक्यूल में अपने स्वयं के हाइड्रोलाइटिक एंजाइम होते हैं और क्लासिक लाइसोसोमल गतिविधि करते हैं, जो ऑटोफैगी है। इन वैक्यूल को इसलिए पशु लाइसोसोम की भूमिका को पूरा करने के रूप में देखा जाता है। डी डुव के विवरण के आधार पर कि "केवल जब इन वैक्यूल शब्द को पौधों, कवक और शैवाल (कुछ पशु कोशिकाओं में वैक्यूल भी होते हैं) में शामिल एक प्रणाली के हिस्से के रूप में माना जाता है, तो शब्द लाइसोसोम एक शारीरिक इकाई का वर्णन करता है", कुछ वैक्यूलिस्टों ने दृढ़ता से तर्क दिया कि ये अपने स्वयं के हाइड्रोलाइटिक एंजाइम होते हैं और क्लासिक लाइसोसोमल गतिविधि करते हैं, जो ऑटोफै