जीन अभिव्यक्ति को क्रोमैटिन संरचना में बदलाव करके नियंत्रित किया जा सकता है।
यूकेरियोट्स में, डी. एन. ए. के बड़े क्षेत्रों की पहुंच इसकी क्रोमैटिन संरचना पर निर्भर कर सकती है, जिसे डी. एन. ए. मिथाइलेशन, एन. सी. आर. एन. ए., या डी. एन. ए.-बाइंडिंग प्रोटीन द्वारा निर्देशित हिस्टोन संशोधनों के परिणामस्वरूप बदला जा सकता है। इसलिए ये संशोधन एक जीन की अभिव्यक्ति को ऊपर या नीचे नियंत्रित कर सकते हैं। इनमें से कुछ संशोधन जो जीन अभिव्यक्ति को नियंत्रित करते हैं वे वंशानुगत हैं और इन्हें एपिजेनेटिक विनियमन के रूप में संदर्भित किया जाता है।